Bem-vindos!

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PEMARFF 2025

Prezados,

Iniciaremos nossos estudos no dia *3 de fevereiro*, as 8:30 da manhã.

Esta é uma disciplina introdutória que visa dar um amplo entendimento dos conceitos envolvidos na reconstrução histórica a partir de dados moleculares. A disciplina, pela primeira vez é teórico-prática. Enfatizaremos a descoberta e compreensão de temas fundamentais para estudos filogenéticos moleculares. Existe adicionalmente um forte enfoque no desenvolvimento das habilidades: leitura, escrita, apresentação oral e discussão acadêmica. Ao final da disciplina, é esperado que os alunos tenham:

1. produzido textos curtos de qualidade,
2. realizado a leitura e discussão cuidadosa de textos essenciais na área.
3. executado atividades práticas introdutórias com a lida de dados moleculares e reconstruções.

A disciplina aborda temas teóricos fundamentais de evolução molecular para sua aplicação em reconstruções históricas. A evolução molecular é disciplina desenvolvida ao longo de décadas e que possui um arcabouço de conceitos e ideias que não são necessariamente bem difundidos entre aqueles que aplicam seus métodos com o objetivo de criar reconstruções filogenéticas, e por consequência classificações e inferências evolutivas. Esta disciplina busca fornecer um fundamento introdutório para estudantes do programa de PG Zoo, e outros programas relacionados.

A disciplina é indicada para estudantes que tenham pouca familiaridade com evolução molecular, porém com conhecimento sobre sistemática filogenética. É indicada também àqueles estudantes cujos projetos não envolvem filogenias moleculares, porém querem ter conhecimento acadêmico sobre o assunto para facilitar a leitura e diálogo com esta disciplina fundamental.

A disciplina apresenta elementos práticos introdutórios — o foco não será desenvolver profundamente as práticas mas sim familiarizar os estudantes com os tipos de dados e questões.

Organização do curso

O curso está organizado em 8 dias inteiros, com com duas aulas por dia (uma na manhã e uma na tarde). Este curso segue uma estrutura bastante distinta do que os estudantes estão geralmente acostumados. É imperativo que você leia estes esclarecimentos, pois nem todas as pessoas vão conseguir se adaptar ao formato. Ao final destes esclarecimentos, o estudante deve entender que para obter conceito A na disciplina, recomenda-se a presença em TODAS as aulas, e obrigatoriamente a entrega de TODAS as avaliações. A falta em mais de duas aulas dificultará imensamente a obtenção de conceito A, pois depende de muita dedicação e consistência. Adicionalmente, o formato da disciplina pode não ser adequado para todos. Portanto, cuidado com viagens de campo, conferências etc. Verifique a data limite para "des"matricula com a seção de PG.

O calendário para 2025 segue.

Organização da Aula

Cada aula (sendo duas por dia) explora um grande tema de evolução molecular, que é fundamental em sua aplicação na reconstrução histórica. A estrutura de aula enfatiza conhecimento biológico, lógica, leitura, e formalização de raciocínios abstratos na forma de escrita científica. A agenda de cada dia segue de maneira geral o seguinte esquema:

Todas aulas se iniciarão com um apresentação sobre os conceitos canônicos do assunto, em formato de curta aula, sobre os aspectos canônicos do assunto em questão. Existem também vídeo-aulas disponíveis para todos os temas, estas video-aulas foram produzidas durante a pandemia COVID-19 e quase necessariamente serão diferentes das aulas ministradas no curso, pois a dinâmica de cada turma muda (em outras palavras, use com moderação!). Os estudantes devem assistir esta aula realizando anotações e consultando a bibliografia recomendada para a aula (essencial!). Para cada aula, existe um conjunto de artigos para leitura recomendados, e pelo menos um obrigatório, disponíveis na página Literatura. O horário estimado para esta atividade é das 13:00 as 14:00.

Seguindo esta apresentação geral, haverá um momento de discussão. Espera-se que neste momento sejam resolvidas e discutidas as questões centrais baseando-se na literatura recente.

Em seguida, os estudantes devem se organizar em grupos e trabalhar na escrita científica ou projeto, de acordo com o cronograma do bloco tarefas. Cada dia possui um objetivo a ser cumprido. Esta tarefa deve ser realizada de maneira conjunta utilizando o site Wiki.

Tarefas Escritas

Um dos objetivos desta disciplina é aproximar o estudante da escrita científica. Portanto, em cada aula do primeiro bloco, os estudantes deverão trabalhar na direção de produzir um ensaio a ser entregue no final do bloco, seguindo a seguinte estrutura:

Este ensaio será então sujeito a avaliação por pares de dois grupos externos, atividade que também será contabilizada.

Projeto/Seminário

O segundo objetivo é aproximar o estudante da prática de reconstrução filogenética/genômica moderna, desenvolvendo um pequeno projeto científico que será apresentado ao final do segundo bloco. A produção do projeto seguirá o seguinte esquema:

Avaliações

A avaliação é contínua, consistindo de 3 elementos:

1. entrega do ensaio ao final do primeiro bloco
2. entrega de duas revisões de ensaios de colegas, ao final do primeiro bloco
3. apresentação do projeto pelo seminário ao final do segundo bloco

Não serão oferecidas provas de recuperação, nem substitutiva — caso o aluno perder uma das avaliações, a resolução será feita caso-a-caso, desde que exista justificativa comprovada para a ausência (atestado médico, etc).

Composição final da nota

Cada elemento avaliativo recebe nota de 0 a 10. Subsequentemente cada elemento é corrigido pelo peso respectivo. A nota será composta da seguinte maneira, totalizando o valor 10:

Bloco 1 - Ensaio - Peso 0.3
Bloco 2 - Peer-review - Peso 0.2
Bloco 3 - Relatório + Seminário - Peso 0.4
Auto-Avaliação - Peso 0.1

Todas atividades (exceto a auto avaliação) são em trios. A avaliação no entanto é individual e funciona da seguinte maneira:

1. suponha que um grupo possui três pessoas
2. o grupo recebe a nota 7 pelo trabalho
3. os docentes então multiplicam a nota pelo número de pessoas e devolvem 21 pontos ao grupo
4. o grupo então entra em acordo sobre como será a divisão dos pontos por cada pessoa, e retorna aos docentes, exemplo: pessoa 1 nota 10, pessoa 2 nota 8, pessoa 3 nota 3
5. a nota é então tabelada para composição da nota final

6. Segundo as regras da PRPG-USP, a avaliação é dada na forma de conceitos (A, B, C ou R). A transformação das notas para esta disciplina seguirá a seguinte fórmula:

Nota	Conceito
8,3 - 10.0	A
6,6 - 8,2	B
5,1 - 6,5	C
0,0 - 5,0	R

+ PEMARFF 2024

PEMARFF 2024 - AGORA COM PRÁTICA!

PEMARFF 2024

Prezados,

Iniciaremos nossos estudos no dia *9 de agosto*, as 9:00 da manhã.

Esta é uma disciplina introdutória que visa dar um amplo entendimento dos conceitos envolvidos na reconstrução histórica a partir de dados moleculares. A disciplina, pela primeira vez é teórico-prática, e conta com a adição de um novo docente ao quadro. Enfatizaremos a descoberta e compreensão de temas fundamentais para estudos filogenéticos moleculares. Existe adicionalmente um forte enfoque no desenvolvimento das habilidades: leitura, escrita, apresentação oral e discussão acadêmica. Ao final da disciplina, é esperado que os alunos tenham:

1. produzido textos curtos de qualidade,
2. realizado a leitura e discussão cuidadosa de textos essenciais na área.
3. executado atividades práticas introdutórias com a lida de dados moleculares e reconstruções.

A disciplina aborda temas teóricos fundamentais de evolução molecular para sua aplicação em reconstruções históricas. A evolução molecular é disciplina desenvolvida ao longo de décadas e que possui um arcabouço de conceitos e ideias que não são necessariamente bem difundidos entre aqueles que aplicam seus métodos com o objetivo de criar reconstruções filogenéticas, e por consequência classificações e inferências evolutivas. Esta disciplina busca fornecer um fundamento introdutório para estudantes do programa de PG Zoo, e outros programas relacionados.

A disciplina é indicada para estudantes que tenham pouca familiaridade com evolução molecular, porém com conhecimento sobre sistemática filogenética. É indicada também àqueles estudantes cujos projetos não envolvem filogenias moleculares, porém querem ter conhecimento acadêmico sobre o assunto para facilitar a leitura e diálogo com esta disciplina fundamental. A disciplina apresenta pela primeira vez elementos práticos introdutórios — o foco não será desenvolver profundamente as práticas mas sim familiarizar os estudantes com os tipos de dados e questões.

Organização do curso

O curso está organizado em 9 dias inteiros, com com duas aulas por dia (uma na manhã e uma na tarde). Este curso segue uma estrutura bastante distinta do que os estudantes estão geralmente acostumados. É imperativo que você leia estes esclarecimentos, pois nem todas as pessoas vão conseguir se adaptar ao formato. Ao final destes esclarecimentos, o estudante deve entender que para obter conceito A na disciplina, recomenda-se a presença em TODAS as aulas, e obrigatoriamente a entrega de TODAS as avaliações. A falta em mais de duas aulas dificultará imensamente a obtenção de conceito A, pois depende de muita dedicação e consistência. Adicionalmente, o formato da disciplina pode não ser adequado para todos. Portanto, cuidado com viagens de campo, conferências etc. Verifique a data limite para "des"matricula com a seção de PG.

O calendário para 2024 segue.

Organização da Aula

Cada aula (sendo duas por dia) explora um grande tema de evolução molecular, que é fundamental em sua aplicação na reconstrução histórica. A estrutura de aula enfatiza conhecimento biológico, lógica, leitura, e formalização de raciocínios abstratos na forma de escrita científica. A agenda de cada dia segue de maneira geral o seguinte esquema:

Todas aulas se iniciarão com um apresentação sobre os conceitos canônicos do assunto, em formato de curta aula, sobre os aspectos canônicos do assunto em questão. Existem também vídeo-aulas disponíveis para todos os temas, estas video-aulas foram produzidas durante a pandemia COVID-19 e quase necessariamente serão diferentes das aulas ministradas no curso, pois a dinâmica de cada turma muda (em outras palavras, use com moderação!). Os estudantes devem assistir esta aula realizando anotações e consultando a bibliografia recomendada para a aula (essencial!). Para cada aula, existe um conjunto de artigos para leitura recomendados, e pelo menos um obrigatório, disponíveis na página Literatura. O horário estimado para esta atividade é das 13:00 as 14:00.

Seguindo esta apresentação geral, haverá um momento de discussão. Espera-se que neste momento sejam resolvidas e discutidas as questões centrais baseando-se na literatura recente.

Em seguida, os estudantes devem se organizar em grupos e trabalhar na escrita científica ou projeto, de acordo com o cronograma do bloco tarefas. Cada dia possui um objetivo a ser cumprido. Esta tarefa deve ser realizada de maneira conjunta utilizando o site Wiki.

Tarefas Escritas e Vídeo

Um dos objetivos desta disciplina é aproximar o estudante da escrita científica. Portanto, em cada aula, os estudantes deverão produzir textos, com os seguintes objetivos:

1. primeiro bloco - produzir um parágrafo;
2. segundo bloco - produzir uma proposta de projeto (700 palavras)
3. terceiro bloco - executar o projeto e produzir relatório (700 palavras) + seminário

Cada aula explorará, de maneira progressiva, desafios mais complexos da comunicação científica, de acordo com o cronograma.

Avaliações

A avaliação é contínua, consistindo de 3 elementos a serem entregues semanalmente:

1. um parágrafo (em grupo)
2. um proposta de projeto (em grupo)
3. um relatório e seminário (em grupo)

Não serão oferecidas provas de recuperação, nem substitutiva — caso o aluno perder uma das avaliações, a resolução será feita caso-a-caso, desde que exista justificativa comprovada para a ausência (atestado médico, etc).

Composição final da nota

Cada elemento avaliativo recebe nota de 0 a 10. Subsequentemente cada elemento é corrigido pelo peso respectivo. A nota será composta da seguinte maneira, totalizando o valor 10:

Bloco 1 - Parágrafo - Peso 2
Bloco 2 - Projeto - Peso 3
Bloco 3 - Relatório + Seminário - Peso 4
Auto-Avaliação - Peso 1

Todas atividades (exceto a auto avaliação) são em duplas ou trios. A avaliação no entanto é individual e funciona da seguinte maneira:

1. suponha que um grupo possui três pessoas
2. o grupo recebe a nota 7 pelo trabalho
3. os docentes então multiplicam a nota pelo número de pessoas e devolvem 21 pontos ao grupo
4. o grupo então entra em acordo sobre como será a divisão dos pontos por cada pessoa, e retorna aos docentes, exemplo: pessoa 1 nota 10, pessoa 2 nota 8, pessoa 3 nota 3
5. a nota é então tabelada para composição da nota final

6. Segundo as regras da PRPG-USP, a avaliação é dada na forma de conceitos (A, B, C ou R). A transformação das notas para esta disciplina seguirá a seguinte fórmula:

Nota	Conceito
8,3 - 10.0	A
6,6 - 8,2	B
5,1 - 6,5	C
0,0 - 5,0	R

+ Organização pós-pandemia

PEMARF 2023 - AO VIVO!

Prezados,

Iniciaremos nossos estudos no dia *11 de setembro*, as 13:00 da tarde.

Esta é uma disciplina introdutória que visa dar um amplo entendimento dos conceitos envolvidos na reconstrução histórica a partir de dados moleculares. A disciplina é teórica e enfatizará a descoberta e compreensão de temas fundamentais para estudos filogenéticos moleculares. Existe adicionalmente um forte enfoque no desenvolvimento das habilidades: leitura, escrita, apresentação oral e discussão acadêmica. Ao final da disciplina, é esperado que os alunos tenham:

1. produzido numerosos textos curtos de qualidade,
2. realizado a leitura e discussão cuidadosa de textos essenciais na área.

A disciplina aborda temas teóricos fundamentais de evolução molecular para sua aplicação em reconstruções históricas. A evolução molecular é disciplina desenvolvida ao longo de décadas e que possui um arcabouço de conceitos e ideias que não são necessariamente bem difundidos entre aqueles que aplicam seus métodos com o objetivo de criar reconstruções filogenéticas, e por consequência classificações e inferências evolutivas. Esta disciplina busca fornecer um fundamento introdutório para estudantes do programa de PG Zoo, e outros programas relacionados.

A disciplina é indicada para estudantes que tenham pouca familiaridade com evolução molecular, porém com conhecimento sobre sistemática filogenética. É indicada também àqueles estudantes cujos projetos não envolvem filogenias moleculares, porém querem ter conhecimento acadêmico sobre o assunto para facilitar a leitura e diálogo com esta disciplina fundamental. A disciplina é teórica e não enfatizará métodos de reconstrução, nem treinará a utilização de softwares específicos.

Organização do curso

O curso está organizado em 15 dias, sendo 12 dias de aulas e 3 dias de avaliações. Este curso segue uma estrutura bastante distinta do que os estudantes estão geralmente acostumados. É imperativo que você leia estes esclarecimentos, pois nem todas as pessoas vão conseguir se adaptar ao formato. Ao final destes esclarecimentos, o estudante deve entender que para obter conceito A na disciplina, recomenda-se a presença em TODAS as aulas, e obrigatoriamente a entrega de TODAS as avaliações. A falta em mais de duas aulas dificultará imensamente a obtenção de conceito A, pois depende de muita dedicação e consistência. Adicionalmente, o formato da disciplina pode não ser adequado para todos. Portanto, cuidado com viagens de campo, conferências etc. Verifique a data limite para "des"matricula com a seção de PG.

O calendário para 2023 segue.

Organização da Aula

Cada aula explora um grande tema de evolução molecular, que é fundamental em sua aplicação na reconstrução histórica. A estrutura de aula enfatiza conhecimento biológico, lógica, leitura, e formalização de raciocínios abstratos na forma de escrita científica. A agenda de cada aula é, com exceção da Aula 1:

Todas aulas se iniciarão com um apresentação sobre os conceitos canônicos do assunto, em formato de curta aula, sobre os aspectos canônicos do assunto em questão. Existe também uma vídeo-aula disponível para todos os temas. Os estudantes devem assistir esta aula realizando anotações e consultando a bibliografia recomendada para a aula (essencial!). Para cada aula, existe um conjunto de artigos para leitura recomendados, e pelo menos um obrigatório, disponíveis na página Literatura. O horário estimado para esta atividade é das 13:00 as 14:00.

Seguindo esta apresentação geral, haverá um momento de discussão. Espera-se que neste momento sejam resolvidas e discutidas as questões centrais baseando-se na literatura recente. O horário estimado será das 14:00 as 15:00 para esta atividade.

Em seguida, os estudantes devem se organizar em grupos e trabalhar na escrita científica, de acordo com o cronograma semanal de tarefas. Cada dia possui um objetivo a ser cumprido. Esta tarefa deve ser realizada de maneira conjunta utilizando o site Wiki, exceto na última semana que é individual (porém o debate é estimulado para quem estiver interessado). O horário sugerido para execução é das 15:00 as 16:00.

A partir das 16:00, sugiro que as pessoas finalizem suas tarefas de forma individual e se preparem para as atividades do dia seguinte.

Tarefas Escritas e Vídeo

Um dos objetivos desta disciplina é aproximar o estudante da escrita científica. Portanto, em cada aula, cada estudante deverá ter trabalhado na direção de produzir material escrito relativo ao assunto discutido no dia. Este texto não deve abranger todo o assunto discutido, pelo contrário, deve se fixar em apenas um aspecto e apresentar as características de um bom texto científico: ser sucinto, claro e objetivo. Durante as primeiras 2 semanas, este exercício será realizado em grupos de 3 pessoas, e na última semana, será realizado individualmente.

O último dia de cada semana é dedicado ao trabalho e finalização destes textos, sem nenhuma atividade presencial conjunta. Os textos devem ser entregues até as 18:00 da sexta-feira impreterivelmente. Estes textos serão produzidos e publicados online, dentro do contexto deste site WIKI que será produzido pelos próprios alunos — em páginas de grupos e também cada um com sua própria página pessoal.

Cada semana explorará, de maneira progressiva, desafios mais complexos da comunicação científica, de acordo com o cronograma acima.

Avaliações

A avaliação é contínua, consistindo de 3 elementos a serem entregues semanalmente:

1. um parágrafo ao final da primeira semana (em grupo)
2. um mini-ensaio ao final da segunda semana (em grupo)
3. um texto individual a partir de tema sorteado ao final da terceira semana

Não serão oferecidas provas de recuperação, nem substitutiva — caso o aluno perder uma das avaliações, a resolução será feita caso-a-caso, desde que exista justificativa comprovada para a ausência (atestado médico, etc).

As avaliação final consiste de ensaio escrito sobre um tema, seguindo o modelo de concurso público. Na semana anterior, será divulgado em aula e no site uma lista de 5 à 10 pontos baseada nas discussões feitas em sala de aula. No dia 1 da última semana, será realizado o sorteio de um ponto. Os estudantes terão então até a sexta-feira, dia 29 de setembro 18:00 para entregar o estudo completo. Expectativas do ensaio:

1. Devem ser escritos de acordo com conceitos sobre escrita científica discutidos em sala.
2. Devem ser entregues preferencialmente em inglês, porém podem também ser entregues em português sem prejuízo. Não podem ser entregues em espanhol.
3. Devem conter referências.
4. Devem ter no máximo 1500 palavras.
5. Devem ser utilizados recursos de ilustração, links externos, vídeos, etc.

Composição final da nota

A nota será composta da seguinte maneira, totalizando o valor 10:

6. Segundo as regras da PRPG-USP, a avaliação é dada na forma de conceitos (A, B, C ou R). A transformação das notas para esta disciplina seguirá a seguinte fórmula:

Nota	Conceito
8,3 - 10.0	A
6,6 - 8,2	B
5,1 - 6,5	C
0,0 - 5,0	R

+ Organização pandemia

PEMARF 2021 - online!

Prezados,

Iniciaremos nossos estudos no dia *13 de setembro*, as 8:00 da manhã.

Esta é uma disciplina introdutória que visa dar um amplo entendimento dos conceitos envolvidos na reconstrução histórica a partir de dados moleculares. A disciplina é teórica e enfatizará a descoberta e compreensão de temas fundamentais para estudos filogenéticos moleculares. Existe adicionalmente um forte enfoque no desenvolvimento das habilidades: leitura, escrita, apresentação oral e discussão acadêmica. Ao final da disciplina, é esperado que os alunos tenham:

1. produzido numerosos textos curtos de qualidade,
2. produzido um curto produto de mídia para divulgação científica,
3. realizado a leitura e discussão cuidadosa de textos essenciais na área.

A disciplina aborda temas teóricos fundamentais de evolução molecular para sua aplicação em reconstruções históricas. A evolução molecular é disciplina desenvolvida ao longo de décadas e que possui um arcabouço de conceitos e ideias que não são necessariamente bem difundidos entre aqueles que aplicam seus métodos com o objetivo de criar reconstruções filogenéticas, e por consequência classificações e inferências evolutivas. Esta disciplina busca fornecer um fundamento introdutório para estudantes do programa de PG Zoo, e outros programas relacionados.

A disciplina é indicada para estudantes que tenham pouca familiaridade com evolução molecular, porém com conhecimento sobre sistemática filogenética. É indicada também àqueles estudantes cujos projetos não envolvem filogenias moleculares, porém querem ter conhecimento acadêmico sobre o assunto para facilitar a leitura e diálogo com esta disciplina fundamental. A disciplina é teórica e não enfatizará métodos de reconstrução, nem treinará a utilização de softwares específicos.

Organização do curso online

O curso está organizado em 16 dias, sendo 12 dias de aulas e 4 dias de avaliações. Este curso segue uma estrutura bastante distinta do que os estudantes estão geralmente acostumados. É imperativo que você leia estes esclarecimentos, pois nem todas as pessoas vão conseguir se adaptar ao formato. Ao final destes esclarecimentos, o estudante deve entender que para obter conceito A na disciplina, recomenda-se a presença em TODAS as aulas, e obrigatoriamente a entrega de TODAS as avaliações. A falta em mais de duas aulas dificultará imensamente a obtenção de conceito A, pois depende de muita dedicação e consistência. Adicionalmente, o formato da disciplina pode não ser adequado para todos. Portanto, cuidado com viagens de campo, conferências etc. A data limite para "des"matricula na disciplina é dia 19 de setembro de 2021.

O calendário para 2021 segue.

Organização da Aula

Cada aula explora um grande tema de evolução molecular, que é fundamental em sua aplicação na reconstrução histórica. A estrutura de aula enfatiza conhecimento biológico, lógica, leitura, e formalização de raciocínios abstratos na forma de escrita científica. A agenda de cada aula é, com exceção da Aula 1:

Todas aulas se iniciarão com um apresentação sobre os conceitos canônicos do assunto, em formato de curta aula gravada online, feita pelo docente, sobre os aspectos canônicos do assunto em questão. Os estudantes devem assistir esta aula individualmente, realizando anotações e consultando a bibliografia recomendada para a aula (essencial!). Para cada aula, existe um conjunto de artigos para leitura recomendados, e pelo menos um obrigatório, disponíveis na página Literatura. O horário sugerido para esta atividade é das 8:00-9:00.

Seguindo esta apresentação geral, haverá um momento de discussão, realizada de maneira síncrona utilizando a plataforma Discord (à princípio). Espera-se que neste momento sejam resolvidas e discutidas as questões centrais baseando-se na literatura recente. O horário será das 9:00 as 10:00 para esta atividade.

Em seguida, os estudantes devem se organizar em grupos e trabalhar na escrita científica (ou vídeo), de acordo com o cronograma semanal de tarefas. Cada dia possui um objetivo a ser cumprido. Esta tarefa deve ser realizada de maneira conjunta utilizando a plataforma Discord e o site Wiki, exceto na última semana que é individual (porém o debate é estimulado para quem estiver interessado, a plataforma ficará disponível). O horário para execução é das 10:00 as 11:00.

A partir das 11:00, o professor visitará cada grupo na plataforma Discord para discutir os progressos e debater sugestões.

Tarefas Escritas e Vídeo

Um dos objetivos desta disciplina é aproximar o estudante da escrita científica. Portanto, em cada aula, cada estudante deverá ter trabalhado na direção de produzir material escrito (ou mídia, na terceira semana) relativo ao assunto discutido no dia. Este texto não deve abranger todo o assunto discutido, pelo contrário, deve se fixar em apenas um aspecto e apresentar as características de um bom texto científico: ser sucinto, claro e objetivo. Durante as primeiras 3 semanas, este exercício será realizado em grupos de 3 pessoas, e na última semana, será realizado individualmente.

O último dia de cada semana é dedicado ao trabalho e finalização destes textos. Os textos devem ser entregues até as 12:00 (meio dia) da quinta-feira impreterivelmente. Estes textos serão produzidos e publicados online, dentro do contexto deste site WIKI que será produzido pelos próprios alunos — em páginas de grupos e também cada um com sua própria página pessoal.

Cada semana explorará, de maneira progressiva, desafios mais complexos da comunicação científica, de acordo com o cronograma acima.

Vídeos

Ao invés de seminários, neste ano cada grupo produzirá vídeos durante a terceira semana da disciplina. Os vídeos devem possuir no máximo 1 minuto de duração, devem ser embebidos na página do grupo no site wiki (pode ser uppado no youtube ou qualquer outro, desde que esteja disponível para visualização na página tbm). A metodologia de produção deste conteúdo é completamente livre. No entanto, os preceitos de escrita científica se aplicam 100% a esta atividade.

Avaliações

A avaliação é contínua, consistindo de 4 elementos a serem entregues semanalmente:

1. um parágrafo ao final da primeira semana (em grupo)
2. um mini-ensaio ao final da segunda semana (em grupo)
3. uma produção midiática de 1 minuto ao final da terceira semana (em grupo)
4. um texto individual a partir de tema sorteado ao final da quarta semana

Não serão oferecidas provas de recuperação, nem substitutiva — caso o aluno perder uma das avaliações, a resolução será feita caso-a-caso, desde que exista justificativa comprovada para a ausência (atestado médico, etc).

As avaliação final consiste de ensaio escrito sobre um tema, seguindo o modelo de concurso público. Na semana anterior, será divulgado em aula e no site uma lista de 5 à 10 pontos baseada nas discussões feitas em sala de aula. No dia 1 da última semana, será realizado o sorteio de um ponto. Os estudantes terão então até a quinta-feira, dia 7 de outurbo ao meio-dia para entregar o estudo completo. Expectativas do ensaio:

1. Devem ser escritos de acordo com conceitos sobre escrita científica discutidos em sala.
2. Devem ser entregues preferencialmente em inglês, porém podem também ser entregues em português sem prejuízo. Não podem ser entregues em espanhol.
3. Devem conter referências.
4. Devem ter no máximo 1500 palavras.
5. Devem ser utilizados recursos de ilustração, links externos, vídeos, etc.

Composição final da nota

A nota será composta da seguinte maneira, cada atividade será avaliada numa escala 0 a 10, e corrigida pelos pesos respectivos - totalizando o valor 10:

Parágrafo (Bloco 1) - Peso 2
Projeto (Bloco 2) - Peso 3
Seminário + Relatório - Peso 4 (2+2)
Auto avaliação - Peso 1

6. Segundo as regras da PRPG-USP, a avaliação é dada na forma de conceitos (A, B, C ou R). A transformação das notas para esta disciplina seguirá a seguinte fórmula:

Nota	Conceito
8,3 - 10.0	A
6,6 - 8,2	B
5,1 - 6,5	C
0,0 - 5,0	R

+ Organização Ordinária pré-pandemia

Início das aulas 2019: terça-feira, dia 12 de março às 14 horas na sala de Multimídia do Centro Didático.

Esta é uma disciplina introdutória que visa dar um amplo entendimento dos conceitos envolvidos na reconstrução histórica a partir de dados moleculares. A disciplina é teórica e enfatizará a descoberta e compreensão de temas fundamentais para estudos filogenéticos moleculares. Existe adicionalmente um forte enfoque no desenvolvimento das habilidades: leitura, escrita, apresentação oral e discussão acadêmica. Ao final da disciplina, é esperado que os alunos tenham:

1. produzido numerosos textos curtos de qualidade,
2. realizado pelo menos uma apresentação oral no formato de apresentações em conferências,
3. realizado a leitura e discussão cuidadosa de textos essenciais na área.

A disciplina aborda temas teóricos fundamentais de evolução molecular para sua aplicação em reconstruções históricas. A evolução molecular é disciplina desenvolvida ao longo de décadas e que possui um arcabouço de conceitos e ideias que não são necessariamente bem difundidos entre aqueles que aplicam seus métodos com o objetivo de criar reconstruções filogenéticas, e por consequência classificações e inferências evolutivas. Esta disciplina busca fornecer um fundamento introdutório para estudantes do programa de PG Zoo, e outros programas relacionados.

A disciplina é indicada para estudantes que tenham pouca familiaridade com evolução molecular, porém com conhecimento sobre sistemática filogenética. É indicada também àqueles estudantes cujos projetos não envolvem filogenias moleculares, porém querem ter conhecimento acadêmico sobre o assunto para facilitar a leitura e diálogo com esta disciplina fundamental. A disciplina é teórica e não enfatizará métodos de reconstrução, nem treinará a utilização de softwares específicos.

Organização do curso

O curso está organizado em 14 dias, sendo 12 aulas e 2 avaliações maiores. Este curso segue uma estrutura bastante distinta do que os estudantes estão geralmente acostumados. É imperativo que você leia estes esclarecimentos, pois nem todas as pessoas vão conseguir se adaptar ao formato. Ao final destes esclarecimentos, o estudante deve entender que para obter conceito A na disciplina, recomenda-se a presença em TODAS as aulas. A falta em mais de duas aulas dificultará imensamente a obtenção de conceito A, pois depende de muita dedicação e consistência. Adicionalmente, o formato da disciplina pode não ser adequado para todos. Portanto, cuidado com viagens de campo, conferências etc. A data limite para "des"matricula na disciplina é dia 05 de abril.

O calendário para 2019 segue, atenção pois devido à necessidade de uso de computadores, e conflito com outras disciplinas, a maior parte das aulas ocorrerá na Multimídia, com exceção do dia 4 de junho. Teremos laptops a nossa disposição. Se vc preferir, pode trazer seu próprio laptop.

Data	Aula	Local
12 março	A1 - Estrutura da Informação Genética	Multimídia (CD)
19 março	A2 - Replicação e Reparo	Multimídia (CD)
26 março	A3 - Teoria Neutra	Multimídia (CD)
02 abril	A4 - Tamanho Efetivo da População	Multimídia (CD)
09 abril	P1 - Avaliação 1	sem aula
23 abril	A5 - Discussão da Avaliação	Multimídia (CD)
30 abril	A6 - Objetivos da Reconstrução Histórica	Multimídia (CD)
07 maio	A7 - UPGMA, NJ, Similaridade	Multimídia (CD)
14 maio	A8 - Maximum Likelihood	Multimídia (CD)
21 maio	A9 - Modelos	Multimídia (CD)
28 maio	A10 - Estratégias de Busca	Multimídia (CD)
04 junho	A11 - Relógio Molecular	Anatomia (CD)
11 junho	A12 - Estados Ancestrais e Discussão Geral	Multimídia (CD)
18 junho	P2 - Avaliação 2	sem aula

Organização da Aula

Cada aula explora um grande tema de evolução molecular, que é fundamental em sua aplicação na reconstrução histórica. A estrutura de aula enfatiza conhecimento biológico, lógica, leitura, e formalização de raciocínios abstratos na forma de escrita científica. A agenda de cada aula é:

Atividade	Tempo
Apresentação Geral do Tema	30 min
Discussão ampla	60 min
Intervalo	15 min
Seminários dos estudantes	30 min
Correção ensaio aula anterior	45 min
Redação ensaio	45 min

Todas aulas se iniciarão com um apresentação ampla, feita pelo docente, sobre os aspectos canônicos do assunto em questão. Seguindo esta apresentação geral, haverá um momento de discussão e leitura. Espera-se que neste momento sejam resolvidas e discutidas as questões centrais baseando-se na literatura recente. Para cada aula, existe um conjunto de artigos para leitura recomendados, e pelo menos um obrigatório, disponíveis na página Literatura. É importante que a leitura seja feita antes da aula. A literatura é inteira e exclusivamente em inglês, não serão oferecidas traduções dos textos.

Ensaios

Um dos objetivos desta disciplina é aproximar o estudante da escrita científica. Portanto, em cada aula, cada estudante deverá ter produzido um pequeno texto (um parágrafo) relativo ao assunto discutido no dia. Este texto não deve abranger todo o assunto discutido, pelo contrário, deve se fixar em apenas um aspecto e apresentar as características de um bom texto científico: ser sucinto, claro e objetivo.

A entrega de cada texto deve ser feita durante a aula, e cada texto entregue tem valor de 0,25 na nota final. Note que a entrega vale 0,25, não a correção. Estes textos serão produzidos e publicados online, dentro do contexto deste site WIKI que será produzido pelos próprios alunos — cada um com sua própria página pessoal.

Os textos serão corrigidos pelos próprios colegas na aula seguinte, desenvolvendo a habilidade de leitura de manuscritos e atitude perante críticas (peer review), essenciais e obrigatórias para a vida acadêmica. Durante o semestre, estas qualidades serão desenvolvidas e testadas nas duas avaliações.

Seminários

Em cada uma das 10 aulas após a primeira (excetuando, portanto, os dois dias de avaliação e o dia de discussão), haverá o espaço para apresentação de seminários. Neste ano, o tema geral dos seminários será "Contribuições da Evolução Molecular à Questões Centrais na Biologia Evolutiva". Como temos cerca de 30 alunos e 10 dias para seminários, grupos de 3 apresentarão os seminários de 15 minutos seguido por 15 minutos de perguntas. Os seminários também tem um valor na nota final. Os tópicos para seminários estão disponíveis na página seminarios.

Avaliações

Serão realizadas duas avaliações. A primeira prova será realizada após 4 aulas, e a segunda no último dia, após as remanescentes aulas. Não serão oferecidas provas de recuperação, nem substitutiva — caso o aluno perder uma das avaliações, a resolução será feita caso-a-caso, desde que exista justificativa comprovada para a ausência (atestado médico, etc).

As duas avaliações consistem de ensaios escritos sobre um tema, seguindo o modelo de concurso público. Na semana anterior, será divulgado em aula e no site uma lista de 5 à 10 pontos baseada nas discussões feitas em sala de aula. No dia da prova, será realizado o sorteio de um ponto. O ponto sorteado será divulgado neste site online à 00 hora da sexta feira. Os estudantes terão então o prazo de 24 horas para entregar o ensaio em Google form a ser disponibilizado neste site, o prazo encerrando às 23:59 da sexta-feira. Expectativas do ensaio:

1. Devem ser escritos de acordo com conceitos sobre escrita científica discutidos em sala.
2. Devem ser entregues preferencialmente em inglês, porém podem também ser entregues em português. Não podem ser entregues em espanhol.
3. Devem conter referências.
4. Devem ter no máximo 1300 palavras.
5. Podem ser utilizados recursos de ilustração, links externos, vídeos, etc.

Composição final da nota

A nota será composta da seguinte maneira, totalizando o valor 10:

1. Cada um dos dez ensaios (E1 - E10) terá valor de 0,25 na nota final, totalizando 2,5.

2. Existe a possibilidade de realizar um ensaio opcional, com valor extra de 0,25. Este ensaio deverá ser produzido exclusivamente no primeiro dia de aula (10/03), ou no dia da discussão da primeira avaliação (28/04).

3. O seminário (S) terá valor de 1,5.

4. Cada avaliação (A1, A2) terá valor de 2,5 pontos, totalizando 5.

5. Uma auto-avaliação final feita pelo próprio estudante terá valor 1,0.

6. Segundo as regras da PRPG-USP, a avaliação é dada na forma de conceitos (A, B, C ou R). A transformação das notas seguirá a seguinte fórmula:

Nota	Conceito
8,3 - 10.0	A
6,6 - 8,2	B
5,1 - 6,5	C
0,0 - 5,0	R