Alvaro Doria Dos Santos

Ensaio Opcional - 12 de março de 2019

A terra possui uma grande diversidade de seres vivos. Tal diversidade é refletida na morfologia destes grupos que apresentam uma gama de caracteres fenotípicos. Assim, aquele que se propõem a fazer estudos filogenéticos de um determinado grupo e pretende usar tais caracteres como ferramenta deve levar em conta que a interpretação destes dados pode ser subjetiva e não replicável. Isto ocorre pois a interpretação de caracteres morfológicos depende do nível de conhecimento anatômico do pesquisador sobre o objeto de estudo. Nível este que dificilmente será igual entre os seus pares. Por isso é importante ilustrar e delimitar de forma robusta tais evidências sendo que uma vez que sendo bem utilizadas, podem ser extremamente informativas na elucidação de árvores.

Ensaio 1 - Correção do Ensaio Opcional- Aula 2 - 19 de Março de 2019

** Corrigido por Igor Salles de Oliveira**
Correção do Ensaio Opcional realizado no dia 12 de Março de 2019

Português

Marcadores morfológicos apresentam vantagens e desvantagens para reconstruções filogenéticas. A variabilidade de fenótipos permite o uso de características morfológicas devido sua correlação com a biodiversidade. Além disso, as características morfológicas auxiliam na interpretação de padrões e processos evolutivos. No entanto, informações provenientes dos caracteres morfológicos podem se tornar subjetivas e não replicáveis. A correta diagnose desses caracteres está sujeita ao conhecimento do pesquisador sobre o objeto de estudo. Por isso, é necessário padronizar o uso dos dados morfológicos em reconstruções filogenéticas.

Inglês

Morphological markers have advantages and disadvantages in phylogenetic reconstructions. The realtionship among phenotypic variability and biodiversity allows the use of morphological characters in phylogenies. Moreover, the morphological characters help the interpretation of evolutionary processes and patterns. However, data from morphology could be subjective and not replicable. The diagnose of morphological characters depends on the knowledge of the researcher about the theme. Therefore, a pattern in use of morphological data is required in phylogenetic reconstructions.

Ensaio 2 - Aula 3 - 26 de Março de 2019

The neutral theory of molecular evolution represented a step stone in evolutionary works. This theory claims that random fixation of selectively neutral mutants is the cause of most evolutionary changes at molecular level. By assuming this claim, it is possible to build a theoretical framework in which neutral theory is the null hypotheses. For example: in order to support Darwinian selection in a model we most first reject the null hypotheses by observing a higher number of advantageous substitutions than neutral ones. In other words, neutral theory provided a stable platform to test evolutionary questions.

Duret, L. (2008). Neutral theory: the null hypothesis of molecular evolution. Nature Education, 1, 803-806.

Ensaio 2 - Correção do Ensaio - Aula 4 - 02 de Abril de 2019

** Corrigido por Maria Catarina de Alencar**
O ensaio está muito bem escrito, o que eventualmente faltou é a citação no texto e não só no final. E eventualmente um exemplo mesmo do que ou como ocorre, seu exemplo no texto está só demonstrando a teoria, sem realmente exemplifica-la.

Ensaio 3 - Aula 5 - 23 de Abril de 2019

One of the challenges in biology is recover the relationship between all livings organisms (Ciccarelli et al., 2006). Building the so called “tree of life” demands an answer to questions that may seem simple a priori. For example, what method should we use ? The best method available is the historical reconstruction through inference of phylogenetics trees. However it depends on establishing homology between OTUS. This may prove to be difficult with morphological characters. Molecular methods highly increased the number of evidence that can be used to infer phylogenetics trees (Hug et al. 2016). However, perspectives of a fully resolved tree are low since even data of complete genomes might not provide enough characters to resolve clades with rapid speciation (Delsuc et al., 2005). Despite advances in methods, partially solved tree of life is the best we can get for now.

Ciccarelli, F. D., Doerks, T., Von Mering, C., Creevey, C. J., Snel, B., & Bork, P. (2006). Toward automatic reconstruction of a highly resolved tree of life. science, 311(5765), 1283-1287.

Delsuc, F., Brinkmann, H., & Philippe, H. (2005). Phylogenomics and the reconstruction of the tree of life. Nature Reviews Genetics, 6(5), 361.

Hug, L. A., Baker, B. J., Anantharaman, K., Brown, C. T., Probst, A. J., Castelle, C. J., … & Suzuki, Y. (2016). A new view of the tree of life. Nature microbiology, 1(5), 16048.

Ensaio 3 - Correção do Ensaio - Aula 6 - 07 de Maio de 2019

** Corrigido por Jessica**

“Topic sentence” boa. A segunda frase e posterior questionamento não parecem um caminho muito interessante, uma vez que o método atualmente em voga é exatamente o de reconstrução de hipóteses filogenética. Talvez a melhor direção para o texto seja definir como é feita as reconstruções e discutir o uso de diferentes fontes de evidências (morfológica vs genética). Não esqueça de definir o que significa OTUS. Na penúltima frase, eu adicionaria mais exemplos de situações problema para o leitor compreender que “rapid speciation” não é o único problema que pode ser encontrado, ex. hibridização, incomplete lineage sorting, etc. Outra alternativa seria alterar “perspectives of a fully resolved tree are low since even data of complete genomes might not provide enough characters to resolve clades with rapid speciation” para “perspectives of a fully resolved tree are low since even data of complete genomes might not provide enough characters to resolve all clades”. Na conclusão substituiria “methods” por “evidences”.

Obs: poucos erros de inglês foram encontrados. Sugiro sempre usar um corretor ortográfico para ajudar.

Ensaio 4 - Aula 7 - 14 de Maio de 2019

Minha principal dificuldade em relação a elaboração de textos é a falta de planejamento adequado. Isto ficou evidente principalmente durante a avaliação I. Eu consigo fazer um brainstorm antes de começar o texto. Porém em geral eu acabo saindo do planejado. Na parte técnica da escrita eu ainda tenho dificuldade com a voz passiva e em manter linhas de raciocínio lógico. Durante os ensaios consegui reduzir o tamanho das minhas frases. As minhas topic sentences ainda precisam ser melhoradas.
Em relação aos meus colegas, acho que compartilhamos a dificuldade em manter a voz ativa e escolher topic sentences que contemplam o parágrafo inteiro. Sugiro aos meus colegas que tentem escrever alguns parágrafos em inglês.

Ensaio 5 - Aula 8 - 21 de Maio de 2019

Essay paragraph based on class discussion and Posada (2003).

Model matters.

One of the questions in phylogenetic reconstruction is: what model will best fit your evidence? Models are limited representations of “reality”. Powerful models allow us to make precise predictions with given evidence. Nucleotide substitutions does not share equal rates among different bases and genes. Models can be useful in molecular phylogenetics when it predicts the correct rate of change in nucleotide bases. Simple multiple substitutions models can lead to inconsistent phylogenetic trees by not considering all possibilities. On the other hand, more complex models can lead to an extended and sometimes useless (if can be done with a simple model) computational workload.

Posada, D. (2003). Selecting models of evolution. The phylogenetic handbook. A practical approach to DNA and protein phylogeny, 256, 82.

Aula 9 - 28 de Maio de 2019

Utilização de modelos em ciência com enfoque na reconstrução histórica.

1.What is a scientific model?
Esse parágrafo será a introdução sobre o tema. Rapidamente ele irá falar sobre o que são modelos científicos.

2.Models in phylogenetics.
Esse parágrafo vai comentar sobre como modelos são utilizados na sistemática, quais são os tipos de evidência que utilizamos?

3.Molecular characters.
Aqui pretendo comentar um pouco sobre o uso de caracteres moleculares, que eles utilizam geralmente os nucleotídeos e que os modelos que utilizam esse tipo de evidência devem levar em conta a substituição de nucleotídeos.

4.Maximum Likelihood.
Nesta parte vou falar um pouco sobre como funciona a ML e em qual momento os modelos de evolução entram nessa análise.

5.Model types.
Neste parágrafo gostaria de falar sobre os tipos de modelos que possuimos indo do mais simples ao mais complexo.

6.State of the art
Aqui pretendo comentar quais modelos estão sendo utilizados atualmente. One model fits all?

7.Conclusão
Vou recapitular o que foi comentado ao longo do texto e faço uma conclusão sobre.

Aula 10 - 04 de junho de 2019

Topic sentences
1. Scientific models are wrong (citar o george box). However, it can furnish an useful glimpse of our reality.

2. Historic reconstruction uses models of evolution to infer phylogenetic trees.

3. Models in molecular phylogenetics are fuelled by nucleotide substitutions.

4. Maximum likelihood compute trees based on a plethora of models.

5. Models can vary in complexity which ranges from simple (eg. all nucleotides have the same substitution rate) to complex (eg. different substitution rates)

6. Currently…

7. Conclusão, ainda não pensei na topic sentece

Aula 11 - 11 de junho de 2019

Auto avaliação

Acredito que o meu conhecimento sobre evolução molecular aplicado à reconstrução filogenética aumentou e que agora estou ciente de muitos aspectos teóricos que são importantes na parte prática. Não sei dizer se a minha escrita melhorou durante a disciplina. Acho que a melhora vai aparecer no decorrer dos anos conforme eu vou aplicando essa habilidade. Entretanto, eu posso afirmar que houve uma mudança nesse período e que eu estou ciente de muitos erros que eu cometo enquanto eu escrevo. Assim a disciplina serviu como um norte tanto na parte teórica de molecular quanto na parte de construção de textos. Por ter participado das aulas, feito os textos e participado ativamente das discussões eu acredito que correspondi ao que se esperava de um aluno dessa disciplina. Assim, me auto avalio com a nota máxima.

Nota final: 1,0