Ana Laura Almeida Dos Santos

Ensaio Opcional (10/03/17)

O dogma central da Biologia, ao qual se refere Crick (1970), postula que há sempre um processo de transmissão de informação nos sistemas biológicos à nível molecular. Atrelando a este dogma a transmissão da informação com modificação, chegamos a definição de evolução de Charles Darwin, onde se estabelecem as bases de toda a Biologia. A partir dessa concepção podemos entender a Biologia de forma ampla e inferir reconstruções históricas dos organismos vivos também com dados moleculares, e não só com caracteres morfológicos, que podem apresentar limitações consideráveis para esta finalidade.

Correção pelo José Serrano

Gostei da relação que você fez das ideias do Darwin com o Crick, mas no ponto que você disse que o conceito de evolução do Darwin seria a base da biologia é um pouco "arriscado", a biologia evolutiva é só um ramo da biologia como ciência. Concordo com você na sua afirmação que os dados moleculares ajudam nas nas reconstruções históricas de diversos grupos, mas as limitações da morfologia dependem muito da pergunta que você está fazendo. Bom ensaio.

Ensaio 1 (17/03/17)

A perda acelerada de biodiversidade e a necessidade de considerá-la em muitos estudos, mesmo se tratando de espécies ainda não descritas, pressiona cientistas a encontrarem soluções para esse descompasso. A solução apresentada por Vieites et al., 2009 consiste na elaboração de categorias para alocar a biota pendente de descrição formal. As categorias referem-se a candidatas a espécies: (I) bem delimitadas por dados moleculares e por pelo menos mais uma fonte de dados; (II) delimitadas por dados moleculares, mas outras fontes de dados que confirmem esta condição são ausentes; e (III) espécies delimitadas molecularmente e, na presença de outras fontes de dados, não é possível diferenciá-las. A aplicação destas categorias, apesar da permanência na condição de espécies pendentes de descrição, é uma forma de considerar a riqueza de espécies de forma rápida, principalmente em tempos em que perdemos a biodiversidade de forma muito mais acelerada que nossa capacidade de descrevê-la.

Ensaio 2 (24/03/2017)

A Teoria Neutra da Evolução Molecular desenvolvida por Kimura (1968) trata da modelagem das taxas de substituição de nucleotídeos relacionadas as proteínas resultantes. Cálculos de taxas de substituição de pares de bases resultaram em um número muito maior que o esperado. Kimura notou também que muitas das mutações em fragmentos de DNA não resultavam em alterações nas proteínas relacionadas. Esses eram indícios de que a maioria das mutações resulta em evolução neutra ou quase neutra. Essa elevada taxa de mutação neutra mostra que a deriva genética estocástica tem papel fundamental na formação da estrutura genética das populações.

Correção por Jorge

A sentença tópico poderia ser mais clara e precisa. A modelagem das taxas de substituição é apenas uma ferramenta de estudo e não explica a teoria. Isso enfraquece a sentença tópico. Acho que aqui o ponto principal é destacar como a Teoria Neutra oferece um arcabouço explanatório para divergências nucleotídicas e presença de elementos neutros ou quase-neutros. Desse modo o parágrafo pode começar mais forte e preciso. ;)
Como comentado em aula, a autoridade do estudo deve estar limitada como referência entre parênteses. Os fatos devem explicitados de forma objetiva, evitando "contação de história". Por exemplo, as demais orações podem ser introduzida como fatos (o que elas são), para depois indicar como serviram de evidência para formulações da teoria neutra. Finalmente, a última sentença parece muito boa, com tom conclusivo, porém "deriva genética estocástica" é redundante. Só "deriva genética" seria suficiente ou então "processos estocásticos". Espero que tenha ajudado =)

Ensaio 3 (31/03/2017)

Evolutionary process and effective population size

Público alvo: Estudante de biologia e áreas correlatas

The effective population size (Ne) is extremely important to understanding the evolutionary processes witch a population is evolved. The Ne corresponding to the number of individuals that contributing for the next generation, so this represent a lower number of individuals when we compare with the real total size of the population. In a small size population the fixation or deletion of mutations occurs basically through the genetic drift process. However, in a big population the genetic drift continues to existing, but with less force, and the changes environments have bigger influence on the maintenance or eliminate of biological mutations. So, through the effective population size we can to infer if the principal evolutionary process that is occurring with determinate population is genetic drift or natural selection.

Corrigido por Marcos

- Sua 1° frase é boa (topic sentence).
- Suas frases são claras e curtas, isso é bom.
- Sugestão: acho que seu ensaio ficaria ainda melhor se você inclui-se uma frase explicando o que é deriva genética. Isso pq você fala de deriva em alguns momentos do ensaio, mas não o caracteriza.

Ensaio 4 (05/05/2017)

Learning about basic information in phylogenetc trees

Público alvo: Teachers of basic education system.

The central paradigm of evolutionary biology is the assumption that all organisms are linked by common ancestor on their different degrees of relations. This conception is largely represented by phylogenetic trees. Despite, initial students of evolution generally do not understand the signification and the information which contained in the trees. The process of teaching is important to resolve this intellectual deficit about those tools which the students will by users. The phylogenetic tree represents the relationship of any taxa integrating the evolution concepts. The basic and general information contained on this tools is that the final branches represent the live taxa agroupaments and the nodes represent an ancestor that originated at least two new species or others taxa level. We accept that the characteristics are raised only one time on the evolutionary history and it is fixed on new descendent species or lost. However, we recognize also the independent origin of traits in few cases. This is the more parsimonious explanation about the evolution processes, considered better by the scientific community. Those ideas of more parsimonious explanation (more common cases) and independent origins of similar characters allow the students to understand the differences and similarity and relationship in a phylogenetic tree.

Correção Maila:

- Não entendi muito bem a frase: " initial students of evolution generally do not…" seria alunos em inicio de curso de evolução?, talvez trocar por students in initial level in evolution
- Na frase: "…an ancestor that originated at least two new species or others taxa level." substituiria New species or other por two new lineages, mas curto e simples
Faltaram as referencias
fora esses detalhes o texto está claro e objetivo

Ensaio 5 (12/05/2017)

Similarity estimates by the UPGMA method

Público alvo: Studants of Biology

The origins of phylogenetic reconstruction activities occurs initially through the distance methods. This methods are currently little usual by many phylogeneticists. With this methods the trees are reconstructed purely by similarity. The UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean) is one of the more known methods of distance and was largely useful, principally by its simplicity and facility to application [1]. The UPGMA method is based on comparing nucleotides sequences pairwise and attributing numerical values to found mutations between this sequences. The next step is including this absolute values in a numerical matrix. This matrix is denominate matrix of distance. The value calculated at to pairwise of sequence is considered only one and for there is attributed value of the average of the original value between this sequences. This process is reproduced for the next sequences of the data set. The distance between sequences is calculated always starting from the minor value. This characterize the heuristic search of the tree. UPGMA assume that the evolutionary rates for all lineages are ever equal [2]. From This analysis the results are unrealistic ultra metric trees. The knowledge that the biological systems is not this way made many people stop using this method. However, for taxa that posses resembling evolutionary rate, UPGMA can offer acceptable results [1].

References:
[1] Russo CA de M, Miyaki CY, Pereira SL. Reconstrução filogenética: métodos geométricos. In: Biologia molecular e evolução. Ribeirão Preto: Holos; 2012.
[2] Michener, C.D., Sokal, R.R. (1957): A quantitative approach to a problem of classification. Evolution, 11:490–499.

Análise por Livia Moura

  • Atente-se na conjugação das suas frases. (ex: (1)The origins … occurs; (2) This methods). Foi um erro

Ensaio 6 (19/05/2017)

A Máxima Verossimilhança é o critério de inferência filogenética atualmente mais utilizado. Este critério de otimalidade consiste basicamente em estimar a likelihood de um conjunto de dados representarem um processo histórico verídico. Este critério é principalmente aplicado a dados moleculares. Assume-se que os caracteres moleculares são independentes entre si. Este método requer o uso de um modelo evolutivo. Quando se usa sequências de DNA, o método vai utilizar a probabilidade L de acordo com o modelo evolutivo O, que uma dada topologia T e o comprimento de seus ramos b expliquem a evolução das sequências D. As variáveis a serem estimadas são os comprimentos dos ramos e os parâmetros dos modelos evolutivos. Os modelos evolutivos diferem entre si no que consideram. O que se considera nesses modelos e a frequência de nucleotídeos, a taxa de evolução dos nucleotídeos e os modelos mais robustos consideram também a variável tempo. Estes modelos mais aproximados a nossa realidade garantem que as análises feitas através do critério de Verossimilhança chegarão tão próximas a realidade, quanto o conjunto de dados analisados permitirem.

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