Arthur

ensaio opcional 12 mar

Desde meados do século XVIII a biodiversidade tem sido centro de atenções de diversos pesquisadores. Desde esse tempo, uma forma imperativa para melhor compreendermos essa questão tem sido o arranjo de organismos através de diferentes abordagens, classificando-os por utilidades (utilitaristas) ou categorizando similaridades (fenéticos) entre os organismos. Posteriormente, com advento de métodos filogenéticos, o enfoque tornou-se reconstruir a história evolutiva da vida, através da definição de grupos naturais, isto é, que compartilham ancestrais comuns exclusivos. Essa prática, inicialmente, foi baseada na construção de grandes matrizes de diferentes estados de caracteres morfológicos, que por sua vez são altamente dependentes do nível de conservação ou variação morfológica de cada grupo. Em virtude disso, o número de caracteres morfológicos utilizados em diferentes grupos é, frequentemente, destoante; podem ultrapassar mais de 100 caracteres em insetos hemípteros e não chegar a 60 em serpentes. Naturalmente, essa é uma questão problemática, uma vez que o nível de explicação dessas matrizes morfológicas será, potencialmente, diferente. Contudo, com o advento de técnicas moleculares, nosso poder para reconstruir histórias filogenéticas, geralmente através de árvores, vem aumentando gradativamente. Essa capacidade está diretamente relacionada à descoberta do Dogma Central da Biologia Molecular, isto é, ao fato de que todos os organismos são possuidores de material genético que, descrevendo sucintamente, envolve a replicação de DNA, transcrição de RNA e tradução de proteínas. Como obviamente concluível, se há um conjunto de caracteres comuns a todos os organismos, explorá-lo é uma abordagem potencialmente explicativa para reconstrução filogenética. Esse tem sido, portanto, o principal caminho para reconstruções filogenéticas, nas últimas décadas. Dessa forma, temos conseguido construir matrizes moleculares de milhares de pares de bases e conseguido resolver problemas taxonômicos e sistemáticos outrora impossíveis ou muito difíceis com abordagens unicamente morfológicas.

Ensaio 1 - Correção do ensaio opcional de 12 de março feita por Manuel em 19/03/19

Os métodos filogenéticos reconstroem a história evolutiva da vida definindo os grupos naturais. Tais grupos compartilham ancestrais comuns exclusivos. As primeiras metodologias utilizavam matrizes de diferentes estados de caracteres morfológicos para a busca dos grupos naturais. As quantidades de caracteres são destoantes entre diferentes grupos quando caracteres morfológicos são utilizados. Essa diferença de quantidade de caracteres pode resultar em níveis de explicação diferentes. O principal caminho para reconstruções filogenéticas nas últimas décadas tem sido explorar o Dogma Central da Biologia. Essa abordagem possibilita construir matrizes moleculares de milhares de pares de bases. Matrizes maiores resolvem problemas taxonômicos e sistemáticos outrora impossíveis com matrizes morfológicas.

Ensaio 2 - Teoria Neutra - 26/03/2019

A Teoria Neutra prediz que a maioria das substituições em nível genético são irrelevantes. As substituições são um processo que ocorre randomicamente ao longo de todo o genoma. Elas podem ser deletérias, adaptativas ou neutras. A Teoria Neutra evidencia um mecanismo evolutivo complementar à teoria por Seleção Natural. Enquanto esta explica a evolução através de visão adatapcionista, aquela se baseia em estocasticidade de substituições. Portanto, não é premissa da Teoria Neutra atribuir funções às mudanças. Substituições ocorrem e, mesmo neutras, são herdáveis. O polimorfismo gênico é sustentado por substituições neutras e adaptacionistas. A Teoria Evolutiva deve ser consistente com ambos fenômenos.

Ensaio 3 - Correção do Ensaio 2 por Rafaela - 02/04/2019

O parágrafo no geral está objetivo, sem frases longas e com sentenças informativas. Entretanto, tenho algumas sugestões:
1. Sempre colocar referências após as afirmações, uma vez que são baseadas em estudos já publicados;
2. Conforme discutido em aula, se possível colocar demonstrações que corroborem suas afirmações;
3. A frase "O polimorfismo gênico é sustentado por substituições neutras e adaptacionistas" ficou um pouco perdida no texto.

Ensaio 4 - Reconstrução histórica - 30/04/2019

A compreensão e classificação de padrões biológicos tem variado ao longo da história. Sob perspectiva evolutiva, a genealogia e o grau de semelhança são critérios que devem ser incorporados para classificações biológicas (Darwin 1859). Por atender ambos os critérios, a reconstrução filogenética é um método amplamente utilizado para categorização biológica (Mayr 2008). Através da metáfora da Árvore da Vida, o estabelecimento de proposições de relação entre caracteres homólogos resulta em hipóteses de parentesco histórico (Grant & Kluge 2004, Mindell 2013). A análise dessas hipóteses abre possibilidades para inferência dos processos que originaram padrões atuais. Finalmente, a compreensão de processos passados provê subsídios para previsões de padrões futuros.

Referências

Darwin, C. (859). On the origin of species by means of natural selection or the preservation of favored races in the struggle for life. London: Murray, 1859.

Grant, T., Kluge, A. G. (2004). Transformation series as an ideographic character concept. Cladistics, 20(1): 23-31.

Mayr, E. (2008). Isto é biologia: a ciência do mundo vivo. São Paulo: Companhia das Letras, 2008.

Mindell, D. P. (2013). The tree of life: metaphor, model, and heuristic device. Systematic biology, 62(3): 479-489.

Ensaio 5 - Correção do Ensaio 4 por Rafaela - 07/05/2019

Como corrigi o seu ensaio passado foi possível notar sua evolução.
O parágrafo está muito bom, com frases curtas e diretas e citações que podem embasar suas afirmações. Gostei também da primeira frase, que dá uma ideia geral sobre o que será discutido ao longo do parágrafo. Algumas sugestões: 1. colocar um título que dissesse um pouco mais sobre o assunto; 2. utilizar exemplos para suas afirmações.

Ensaio 6 - Dificuldades minhas e de colegas

1- Qual aspecto da escrita eu tenho maior dificuldade?

Enrolar muito até chegar ao assunto desejado. Isto é, partir de uma área muito ampla e demorar a chegar no ponto em que realmente preciso chegar. Isso fica evidente no primeiro ensaio, quando o desejo era relacionar o Dogma Central da Biologia Molecular aos métodos de inferência filogenética. Iniciei falando sobre o interesse dos humanos sobre o conhecimento da biodiversidade. Desnecessário e pouco informativo.

2- Qual aspecto da escrita meus colegas têm mais dificuldade?
Frases insuficientemente claras. Não percebi ocorrer muitas vezes, mas foi algo que se repetiu. Nesses casos, torna-se necessário ler a frase mais de uma vez, o que atrapalha a fluência do texto.

Ensaio 7 - Máxima Verossimilhança 21.05.2019

Diferentes métodos têm sido utilizados para reconstrução filogenética. Um dos mais utilizado é a máxima verossimilhança (ML). Esse método se utiliza de uma função de probabilidade estimada a partir dos dados e um modelo explícito (Felsenstein 1988). Por exemplo, em uma reconstrução filogenética molecular utilizando ML, os dados serão as sequências de alinhamento de nucleotídeos. Como modelo explícito, a taxa de substituição dos nucleotídeos. Assim, dado o modelo estabelecido, a árvore mais verossímil será a que representa a maior probabilidade de que os dados observados teriam ocorrido.

Referências

Felsenstein, J. (1988). Phylogenies from molecular sequences: inference and reliability. Annual review of genetics, 22(1), 521-565.

Ensaio 8 - Criar Outline, lista de figuras do ensaio final - 28/05/2019

Título: A reconstrução histórica como ferramenta de previsão de padrões futuros

1 - O que é “reconstrução histórica”?
Figura 1: gráficos geralmente utilizados para representar reconstruções

2 - Elementos que devem ser considerados para reconstrução histórica

3 - O resultado da reconstrução histórica estabelece hipóteses de parentesco

4 - A análise dessas hipóteses permite inferir processos que as originaram
Figura 2: imagem relacionando reconstrução e o processo potencialmente responsável

5 - A compreensão de processos passados potencializa previsões de padrões futuros

Ensaio 9 – Topic sentences do ensaio final – 04/06/19

Ideia 1 – Por que fazer reconstrução histórica?
Topic sentence: A compreensão e classificação de padrões biológicos tem variado ao longo da história.

Ideia 2 - Elementos que devem ser considerados para reconstrução histórica
Topic sentence: A genealogia e o grau de semelhança são critérios que devem ser incorporados para classificações biológicas.

Ideia 3 – O resultado da reconstrução histórica pode estabelecer hipóteses de parentesco
Topic sentence: O estabelecimento de proposições de relação entre caracteres homólogos resulta em hipóteses de parentesco histórico.

Ideia 4 – A análise dessas hipóteses permite inferir processos que as originaram
Topic sentence: A análise de hipóteses de parentesco possibilita inferências sobre processos que as originaram.

Ideia – 5 – Falar sobre processos passados e seu possível link com padrões futuros
Topic sentence: A compreensão de processos passados provê subsídios para previsões de padrões futuros.

Ideia – 6 - Conclusões
Topic sentence: A reconstrução histórica é um importante método para classificações biológicas.

Ensaio 10 – Auto avaliação – 11/06/19

Pontos positivos:
- Presenciei todas as aulas;
- Elaborei todos os ensaios em aula, sem exceder ao tempo pré-determinado;
- Busquei manter a apresentação do seminário dentro do período pré-determinado;
- Certamente houve evolução na forma de escrever e de avaliar a escrita de terceiros;
- De ponto de vista conteudista, saio melhor do que entrei.

Pontos negativos:
- Não me esforcei o suficiente para ler o conteúdo previamente disponibilizado para cada aula;
- Não fui satisfatoriamente participativo em discussões ao longo do curso;

Nota: 0,75

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