Beatriz

Ensaio Opcional (12 de Março de 2019)

Cresce desenfreadamente o interesse na Biologia Molecular, não por motivos quaisquer, mas por esta estabelecer uma base sólida e bem fundamentada para toda e quaisquer questões sobre a biologia, sobre a vida e sua evolução ao longo do tempo. É a partir de ferramentas moleculares que se desvendam e destrincham diversos tipos de informação advindas do material genético, cujo meio é riquíssimo em conteúdo quando bem avaliado. Porém, a utilização de informações tão bem definidas, não desfaz o mérito da observação, e de todas as outras ciências mais próximas aos sentidos e percepções humanas. As histórias da Teoria da Evolução de Darwin e o Sistema de modelo de Mendel utilizando ervilhas são provas de que a partir de ferramentas tão simples, como a observação, podem resultar em grandes descobertas, desde que se façam as questões certas. A Biologia Molecular vem como uma excelente ferramenta a ser utilizada.

Ensaio 1 (19 de Março de 2019) - Correção por Letícia (19 de Março de 2019)

O interesse na Biologia Molecular cresce desenfreadamente. Ela estabelece uma base sólida e bem fundamentada para toda e quaisquer questões sobre a biologia, a vida e sua evolução ao longo do tempo. A partir de ferramentas moleculares se desvenda diversos tipos de informações advindas do material genético. O uso desse tipo de dado não desfaz o mérito de outras ciências que dependem das percepções humanas. A Teoria da Evolução de Darwin e o Sistema de modelo de ervilhas utilizado por Mendel são provas de que se pode ter grandes resultados baseados em observação. Apesar disso, a biologia molecular se apresenta como uma excelente ferramenta para complementar os estudos científicos.

Ensaio 2 / Essay 2 (26 de Março de 2019)

The evolution is not only a set of changes accumulated over time. Focus only in the changes which bring alterations that we can see, are totally wrong. The neutral theory of molecular evolution asserts that at the molecular view, the variations founded between generations are selectively neutral. Could have a positive or a negative selection, or none of them in many points. Therefore is necessary known well what is your question about that specie/organism, and build well the hypothesis, and not only search a possible or an expected answer. For the construction of the methods is necessary establish well the scientific and technological challenges involved in you main question.

Ensaio 3 / Essay 3 (07 de Maio de 2019)

Phylogenetic trees

The benefits of ranking and organizing thinks is to helps us understand and standardize all of this, specially the biological diversity (1-3). The tree-thinking, although be a challenge to understand, is essential to build a correct line of thinking about the biological evolution (2, 3). Several methods of comparison have already been used, as the changes of morphological and physiological characters, but those are so complex and can present a bias, since the observer may under or overestimate some characteristic (1-3). With the advances in molecular biology, with its stability and reliability of data, its possible associate the molecular data with morphological/physiological characters and get more complete data from evolutionary history of organism (1). Not just the differences between the organisms are analyzed, but also the similarities, in both of the methods mentioned (1). But is essential to know the mechanisms of evolution to avoid misunderstandings in the interpretation and construction of phylogenetic trees (2, 3).

References
1- Nei M & Kumar S. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, 2000.
2- Baum D. A., Smith S. D. & Donovan S. S. 2005. The tree-thinking challenge. Science, 310:979–980.
3- Baum D. A. & Offner S. 2008. Phylogenics & tree-thinking. The American Biology Teacher, 70:222–229.

Ensaio 4 / Essay 4 (14 de Maio de 2019)

Dificuldades de escrita

Dificuldades pessoais: frases longas e descritivas como livros-texto, ou quando na tentativa de ser sucinta, as frases parecem soltas e fora da linha de raciocínio; necessita se fazer um meio termo entre ambos aspectos. Linha de raciocínio poderia ser mais bem delineada e clara, com começo, meio e fim bem definidos. Necessita usar mais a voz ativa.
Dificuldades de todos (no geral): muitos se esquecem da referência e de localiza-la no texto ao final de cada frase; formação de frases sucintas, diretas e claras.

Resumo após discussão na sala: principal problema são frases longas que diminuem a clareza da mesma.

Ensaio 5 / Essay 5 (21 de Maio de 2019)

Tools for Phylogenetics

The choice of tools for work is essential for the posterior analyses of your results. For the phylogenetic inference, there are two kinds of methods, the qualitative (e.g. Bayesian statistic) and quantitative (e.g. neighbor joining). The simplest method, the UPGMA (Unweighted pair-group method using arithmetic averages), consider basically the amount of substitutions and a constant evolution rate (Molecular Clock). But is necessary considers the effect of the method chosen, and the choice should be based in some factors, as the better for the kind, size and amount of data, efficiency, robustness, features and probabilities used for the method. Do not considering the complexity of the system, as the multiple substitutions in one site, brings consequences. Therefore, it is wise to choose complex models, which use multiple methods and algorithms for the construction of phylogenetic trees.

References
1- Sullivan J. & Joyce P. 2005. Model Selection in Phylogenetics. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 36:445–466.
2- Capítulo 5: Filogenia Molecular. Bioinformática da Biologia à flexibilidade molecular. Org. Hugo Verli. 1.ed. São Paulo: SBBq, 2014. 282p.

(04/11/18 de Junho de 2019)

Ponto escolhido: Ainda existe espaço para os métodos fenéticos na biologia moderna?

Público-alvo: corpo discente do ensino superior
Title: ‘Phenetic and Cladistic’

[Introduction]

[Paragraph 1] – Definitions

"Phenetic (or taximetric) is a method used to classify organisms based on overall similarity. For that, several features such as molecular, physiology, morphology, and other attributes are appointed. This method aims to regard the most set of features, considering phenotypic similarity, but just the current state of characteristics."

[Development]

[Paragraph 2] – Phenetic and Cladistic

"Phenetic was a traditional model used to artificial classification system based on few observable characters. And it was useful for a long time for its simplicity, and only known way to classify the organisms. However, with the Darwin’s theory, emerges a new perspective and interpretation about the relationships between the organisms and thereafter given origin to Cladistic by Henning. While phenetic is based in a degree of similarity, the cladistics considers the evolutionary relationship based on synapomorphies and assumes that all species in a group must have share a common ancestor."

[Paragraph 3] – Phenogram vs. cladogram

"Both methodologies are possible makes diagrams, the cladogram and the phenogram. The phenogram uses phenotypic similarities, while a cladogram uses only phylogenetically informative characters. They are not necessarily identical, but in a case as a linear relationship between the time of divergence and the degree of genetic, both may become identical. In practice, the phenogram could be used as an indicator of cladistics relationships for the cladogram. The Maximum Likelihood method requires an initial phylogeny, generally from the quantitative method, as the UPGMA (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Mean)."

[Paragraph 4] – Associations: phenetic as a complement and base (paper with example)

"No model or method is perfect, the analysis and results depends of the initial question and the obtained data. A character-state method are great, but use only a small fraction of the available data, and becoming less efficient than some distance-matrix methods without large number of informative data. But the distance-matrix methods need to transform character-state data into distance matrices, and in this process some information are lost."

[Conclusion] – Advantages of the association between both areas

[Paragraph 5]
"A phylogenetic analysis should consider several aspects at the same time. Both methodologies have advantages, but the analyses have to consider all dis- and advantages."

[References]
[1] Ciências genômicas: fundamentos e aplicações / Leandro Marcio Moreira (organizador). – Ribeirão Preto: Sociedade Brasileira de Genética, 2015. 403 p: il
[2] Filogenia Molecular (cap.5). Bioinformática da Biologia à flexibilidade molecular. Org. Hugo Verli. 1.ed. São Paulo: SBBq, 2014. 282p
[3] Nei M & Kumar S. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University Press, 2000.
[4] Sneath PHA & Sokal RR (1962). Numerical Taxonomy. Nature, 193(4818), 855–860. doi:10.1038/193855a0

(11 de Junho de 2019)

Nota: 0.78 (arredondada)
- Conteúdo: 0.7 – No quesito conteúdo, acredito que cerca de 70% de tudo o que foi dado foi realmente adquirido, sendo que o restante não o foi por dificuldades pessoais (afinal, nenhum dos temas eu havia visto na graduação) ou por talvez não ter lido todas as referências dadas pelo professor.
- Escrita: 0.6 – Não acredito que eu tenha desenvolvido tão bem as minhas habilidades de escrita científica, seguindo as sugestões do professor, também por dificuldades pessoais, principalmente por ser uma atividade que de mim exige um foco maior e mais tempo para melhorar (tento ser perfeccionista demais e resulta em nada, além da dificuldade de passer para o papel a linha de raciocínio).
- Interação (seminário e aula): 0.95 – Considero o melhor aspect, pois minha interação com a colega de seminário foi boa; ambas concordamos que poderíamos ter nos empenhado mais e dedicado mais tempo, mas fomos a dupla com uma semana de prazo. Em sala também considero boa pois pessoalmente sou tímida, e tenho crises de fobia social; porém em sala me senti a vontade de inclusive ler meus próprios textos e explicitar minhas dificuldades na atividade de escrita.
- Empenho: 0.8 – poderia ter me dedicado mais além do horário de aula em melhorar minha escrita, não só lendo como treinando a escrita. Dei prioridade a assuntos pessoais, quando eu tinha um compromisso com a aula (faltas).