Beatriz Machado Gomes

Ensaio Opcional (10 de março de 2017)

In a time when there was not enough knowledge of molecular genetic, Francis Crick introduced a remarkable concept in science of life: the central dogma of molecular biology. Since 1958 until now, that term is a keystone to understand the flow of information. In brief, a sequential information is transfered to another family of polymer. A sequence of nucleotides in the DNA is code for the amino acid sequence of a particular protein. The genetic code is universal and let scientists compare all living things. Today, after the central dogma proposed by Crick, bacteria and elephants can be in a same molecular matrix, in spite of its morphological differences.

Corrigido por Lyslaine Sato em 17-03-17,

Francis Crick introduced a remarkable concept in science of life, The Central Dogma of Molecular Biology. In a time when there was not enough knowledge of molecular genetic. Since 1958 until now, that term is a keystone to understand the flow of information. In brief, a sequential information is transfered to another family of polymer. A sequence of nucleotides in the DNA is code for the amino acid sequence of a particular protein. The genetic code is universal and let scientists compare all living organisms. Today, based in the central dogma, bacteria and elephants can be in a same molecular matrix, in spite of its morphological differences.

Ensaio 1 (17 de março de 2017)

O DNA é replicado por um mecanismo semi-conservativo. O processo de replicação do material genético utiliza uma fita do DNA como molde para gerar outra e, consequentemente, uma nova molécula. Há, portanto, uma duplicação da sequência nucleotídica original. A implicação desse modo de replicação nos permite concluir que o fundamento intelectual das reconstruções filogenéticas é a dicotomia. Em outras palavras, de uma linhagem passamos a ter duas. Foi o que Meselson & Stahl evidenciaram em meados do século XX. Apesar de o experimento científico inicial ter sido feito com a bactéria E. coli, o mecanismo semi-conservativo de replicação do DNA é universal para todos os organismos vivos.

Comentário por Pietro Vicari (24/03/17)
De forma geral gostei do ensaio, parabéns. É possível verificar a ideia de sentença-tópico no começo do ensaio. As frases estão curtas e objetivas, fazendo uso da voz ativa. Só faço uma observação na segunda frase. O "consequentemente" deixa a leitura um pouco quebrada. Acredito que a frase poderia ser dividida em duas sem perder valor semântico, como: "O processo de replicação do material genético utiliza uma fita DNA como molde para gerar uma nova fita complementar. A fita-mãe e a fita-filha juntas formam a nova molécula de DNA." Também seria interessante colocar a referência (Meselson & Stahl).

Ensaio 2 (24 de março de 2017)

Um dos fundamentos da evolução molecular é a teoria neutra. Kimura em 1968 propôs a teoria com base em experimentos com hemoglobina e na estimativa de Haldane. De acordo com Haldane (1957), um novo alelo poderia ser substituído em uma população a cada 300 gerações. Kimura observou que cada substituição de nucleotídeo levava à produção de um novo alelo. Logo, se isso ocorre em uma população a uma taxa de 1 substituição a cada 2 anos, o processo ficaria tão grande que nenhuma espécie de mamífero conseguiria suportar. Assim, Kimura assumiu que a maioria das mutações produzidas pelas substituições de nucleotídeos seriam quase neutras na seleção natural.

Haldane, J.B.S. 1957. J. Genet. 55: 511.
Kimura, M. 1968. Nature 217: 624.

Comentários por Rosana Cunha (31/03/17)
Boa "topic sentece", objetiva e direta sobre o assunto que seria desenvolvido ao longo do parágrafo. Gostei da proposta, só achei as ideias meio "quebradas" em alguns momentos. A linguagem está telegráfica, de fácil entendimento. Eu também coloco as referências no inicio das frases, mas, como foi dito em sala, fica melhor a informação vim antes do autor. Melhor colocar o ano entre parêntesis. A palavra "estimativa" ficou um pouco vaga, acho válido um complemento.

Ensaio 3 (31 de março de 2017)

The effective size of a population (Ne) is an important evolutionary factor (Charlesworth 2009). On molecular evolution, the Ne value affects DNA sequence variability, and the rates of DNA and protein sequence. In this sequence level, it is where the genetic drift is playing its role, which depends the size of population. For example, in a small population there is a random way to fixation an allele change and sometimes just one nucleotideo change is relevant to produce results in a population. However, in a large population this is not applicable. Finally, we can describe the effective size of a population through how many individuals are contributing to genetic pool to next generation.

Charlesworth, B. 2009. Effective population size and patterns of molecular evolution and variation. Nature Reviews 10: 195-205.

Comentários por Lyslaine Sato (05/05/17)
O texto está bem escrito, objetivo e claro. A topic sentence e as ideias do texto foram bem desenvolvidas.

Ensaio Opcional (28 de abril de 2017)

Público-alvo: estudantes de uma disciplina opcional de Evolução (curso de Ciências Biológicas)

A adaptação pode ser entendida como um efeito secundário ao longo da história evolutiva dos seres vivos. Essa abordagem surgiu como uma crítica ao programa adaptacionista em que a visão simplista de alguns biólogos evolutivos predominava. Esse ponto de vista tende a ignorar restrições estruturais ao focar exclusivamente na adaptação imediata a determinadas condições locais. A pergunta seria: qual o propósito (a real razão) de tão estrutura? Ou de tal comportamento biológico? Por exemplo, o canibalismo a partir de sacrifícios humanos na cultura Azteca poderia ser interpretado como uma necessidade biológica de ingestão de proteína, ao invés de acreditar que era uma pré-disposição genética ao canibalismo por si só. Seguindo o mesmo raciocínio, os tímpanos (Arquitetura) seriam espaços essenciais para estabilizar os arcos adjacentes de uma construção e não apenas "locais para serem pintados os evangelistas na Catedral de São Marcos, em Veneza" - metáforas utilizadas por Gould & Lewontin (1979) para explicar com exemplos não biológicos o princípio da adaptação biológica. Assim, ao analisar a adaptação como um todo, não separadamente, i.e., atributo por atributo, há uma crítica ao paradigma Panglossiano, que diz que uma coisa não pode ser outra coisa além do que é. A adaptação seria, então, um epifenômeno secundário que representa um uso frutífero de partes disponíveis, não apenas a causa primária de um sistema inteiro. Por fim, essa abordagem leva em consideração que os organismos são entidades integradas, não simplesmente uma coleção de objetos discretos.

Referência Bibliográfica:
S. J. Gould & R. C. Lewontin. 1979. The spandrels of San Marco and the Panglossian paradigm: a critique of the adaptationist programme. Proc. R. Soc. Lond. B 205: 581-598.

Correção por Victor Calvanese: O texto está bastante interessante, informativo e bem referenciado, entretanto algumas sentenças ainda estão muito grandes.

Ensaio 4 (05 de maio de 2017)

Público-alvo: estudantes de uma disciplina opcional de Evolução (curso de Ciências Biológicas)

A reconstrução filogenética histórica é um meio, não o fim. Em trabalhos cujo objetivo é realizar uma classificação de organismos, a reconstrução histórica é apenas uma ferramenta ou um método de análise. As árvores geradas a partir de determinada abordagem de reconstrução, por exemplo, máxima verossimilhança, são instrumentos para uma análise filogenética. Por meio dessa análise, podemos elucidar os parentescos entre espécies e/ou gêneros fazendo, assim, interpretações evolutivas. A topologia gerada por um programa de reconstrução histórica pode ser entendida como um ponto de partida para questionamentos mais profundos, o que caracteriza o tree thinking - modo de pensar da biologia evolutiva moderna (Sandvik 2008). Em síntese, a reconstrução histórica é uma das ferramentas para o entendimento da evolução dos seres vivos.

Referência Bibliográfica:
H. Sandvik. 2008. Tree thinking cannot taken for granted: challenges for teaching phylogenetics. Theory Biosci. 127: 45-51.

Comentários por Rosana Cunha (12/05/17)

Texto muito bom Beatriz. Gosto bastante de como você coloca sua "topic sentence", ela sempre fica bem objetiva e clara sobre a temática que você irá desenvolver no texto. Só achei um pouco extensa sua penúltima frase, mas, no geral, o parágrafo ficou bem explicativo e com uma linguagem telegráfica adequada. Parabéns!

Ensaio 5 (12 de maio de 2017)

Neighbor_Joining (NJ) é um método de reconstrução filogenética que agrega uma abordagem biológica à proposta fenética inicial do UPGMA. O NJ utiliza parâmetros diferentes para a evolução nucleotídica dando pesos distintos para as mudanças de base. Com base nesse princípio é realizado um cálculo e uma análise pair-wise para gerar a árvore mais parcimoniosa. Na prática, é um método muito usado para verificar erros na montagem do genoma total (se uma sequência está invertida, por exemplo); realizar uma análise exploratória inicial de um determinado conjunto de dados; comparar as relações entre os terminais; analisar comprimentos de ramos esdrúxulos; etc. Um exemplo prático seria verificar se as terceiras posições na sequência aminoácida são apenas ruídos ou não. Elimina-se as bases nessas posições e roda-se a análise por NJ. Em resumo, NJ ainda tem suas vantagens pela praticidade (curto tempo de análise) e por levar em consideração a "inconstância" biológica inerente aos organismos vivos ao aplicar parâmetros diferentes às mudanças de bases nucleotídicas.

Ensaio 6 (19 de maio de 2017)

A evolução do sexo nos seres vivos permeia dois mecanismos de reprodução: sexuada e assexuada. O último é menos custoso energeticamente e mais eficiente para o organismo, porém não inclui a recombinação gênica. Em outras palavras, a reprodução assexuada é mais prática, mas não incorpora ao processo algo essencial à evolução biológica que é a variabilidade genética. Ao contrário, a forma de reprodução sexuada, mesmo demandando mais energia e tempo, possui a vantagem da recombinação genética. O custo energético mais alto se deve ao fato de que no momento em que há a recombinação toda a maquinaria de reparo genético da célula é requisitada.

Comentário por Lyslaine Sato (26/052017)
O texto foi escrito com uso de linguagem clara e objetiva. A sua topic sentence dá destaque ao texto.

Ensaio 7 (26 de maio de 2017)

Um modelo estatístico é obrigatoriamente uma redução da realidade. Levando em consideração que “todos os modelos estão errados, porém alguns úteis”, a ideia é buscar aquele que melhor se adapte ao seu conjunto de dados. Os modelos evolutivos calculam as taxas de substituição nucleotídica, aminoácida ou protéica. Em um modelo simples, Jukes-Cantor seria um exemplo, temos apenas um parâmetro, ou seja, a hipótese nula. O mais complexo, ao contrário, apresenta 12 parâmetros. Por fim, um dos parâmetros que mais impacta na qualidade do modelo é a variação de taxas entre-sítios (Gamma).

Comentário por Pietro Vicari
Beatriz, o texto é claro e sucinto. Bastante objetivo e a linguagem está de acordo.

Ensaio 8 (02 de junho de 2017)

Público-alvo: estudantes de graduação em Ciências Biológicas.
Tema da Aula: Reconstrução Filogenética – introdução geral sobre algoritmos

O processo de reconstrução filogenética engloba princípios biológicos, estatísticos e computacionais. O uso de algoritmos específicos procura otimizar esse processo. De acordo com a linguagem de programação de computadores, o algoritmo é uma instrução (sequência finita de passos) a ser executada visando a solução de um problema (Knuth 1973). Os algoritmos de busca exploram o espaço de árvores filogenéticas a fim de encontrar a árvore com a maior likelihood (ML - Máxima Likelihood) ou com o menor número de passos (MP - Máxima Parsimônia).

Referências Bibliográficas
Giribet, G. 2007. Efficient tree searches with available algorithms. Evol. Bioinform Online 3: 341-356.
Knuth, D.E. 1973. The art of computer programming. Volume 1. Fundamental Algorithms. Reading, MA: Addison-Wesley. 634p.

++comentário Juliano
O texto está claro e direto. Com frases curtas e boa associação de argumentos. Você poderia ter falado um pouco sobre o método.

Ensaio 9 (09 de junho de 2017)

Público alvo: estudantes de Ciências Biológicas (disciplina Reconstrução Filogenética)

Os métodos de relógio molecular ajudam a estimar a distância entre os clados. Em outras palavras, a aplicação desses métodos permite saber quando ocorreu a divergência entre clados. A ideia inicial do tema surgiu com Zuckerkandll & Pauling (1962), que observaram que as substituições vão se acumulando ao longo do tempo entre as espécies, ao analisarem a taxas relativas entre as hemoglobinas de determinados vertebrados. A premissa por trás tanto do método do relógio molecular estrito quanto do relaxado é que as substituições ocorrem regularmente, logo a taxa de substituição é proporcional ao tempo de divergência. Resumidamente, o relógio estrito considera taxas constantes entre as linhagens, enquanto o relaxado taxas variáveis.

Ensaio 10 (23 de junho de 2017)

Avaliação da Disciplina e Auto-Avaliação

Gostei bastante de tudo! Achei que os temas centrais abordados foram coerentes quanto ao propósito da disciplina. Os assuntos dos seminários também foram ricos e, de certa forma, complementares às aulas, permitindo um relativo aprofundamento do tema. As discussões sempre muito descontraídas e informais, o que permitiu uma participação de quase todos os estudantes. O professor Daniel foi um bom mediador e instigador das discussões, e sempre nos deixou a vontade para fazer qualquer pergunta, mesmo que básica (o que, na minha opinião, não acontece em outras disciplinas, de outros departamentos - que alguns professores diriam: "Como assim, você não sabe isto?"). Apesar de eu não ter gostado de no começo ele dizer que alguns ensaios estavam "uma merda". Neste caso não foi constrangedor porque não foram citados nomes. Ao contrário, não concordo com as notas das avaliações serem "públicas" (me parece que é uma prática na USP) - isso é constrangedor. Outro ponto que talvez seria legal melhorar, é com relação a divulgação dos temas das avaliações, que poderia ser um dia antes, por exemplo. Porém, foram poucos os pontos negativos. Na minha avaliação, pesou mais os positivos. Resumindo, como pairou um clima ameno sobre as aulas, o que é extremamente importante para o aprendizado e discussão construtiva, eu avalio como ótima a disciplina PEMARF de 2017.
Quanto a minha auto-avaliação, estou ciente de que preciso melhorar em vários aspectos. Por exemplo, me disciplinar a ler todos os textos, pois muitas vezes li apenas um dos sugeridos por aula; rever e re-escrever os ensaios; e participar mais das aulas, já que muitas vezes queria perguntar algo, mas não o fazia. Porém, de uma forma geral, me esforcei o máximo que pude. Eu tenho falhas na minha formação acadêmica, o que dificultou um pouco a fluência, mas me esforcei pra entender e fazer o meu melhor. Infelizmente, por esse motivo, não me senti preparada pra fazer a primeira avaliação. Assumo minha escolha. Mas o que vale pra mim é o aprendizado, o que consegui, mesmo que superficialmente. Assim, minha nota de auto-avaliação é 1.

Unless otherwise stated, the content of this page is licensed under Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 License