Beatriz Machado Gomes

Ensaio Opcional (10 de março de 2017)

In a time when there was not enough knowledge of molecular genetic, Francis Crick introduced a remarkable concept in science of life: the central dogma of molecular biology. Since 1958 until now, that term is a keystone to understand the flow of information. In brief, a sequential information is transfered to another family of polymer. A sequence of nucleotides in the DNA is code for the amino acid sequence of a particular protein. The genetic code is universal and let scientists compare all living things. Today, after the central dogma proposed by Crick, bacteria and elephants can be in a same molecular matrix, in spite of its morphological differences.

Corrigido por Lyslaine Sato em 17-03-17,

Francis Crick introduced a remarkable concept in science of life, The Central Dogma of Molecular Biology. In a time when there was not enough knowledge of molecular genetic. Since 1958 until now, that term is a keystone to understand the flow of information. In brief, a sequential information is transfered to another family of polymer. A sequence of nucleotides in the DNA is code for the amino acid sequence of a particular protein. The genetic code is universal and let scientists compare all living organisms. Today, based in the central dogma, bacteria and elephants can be in a same molecular matrix, in spite of its morphological differences.

Ensaio 1 (17 de março de 2017)

O DNA é replicado por um mecanismo semi-conservativo. O processo de replicação do material genético utiliza uma fita do DNA como molde para gerar outra e, consequentemente, uma nova molécula. Há, portanto, uma duplicação da sequência nucleotídica original. A implicação desse modo de replicação nos permite concluir que o fundamento intelectual das reconstruções filogenéticas é a dicotomia. Em outras palavras, de uma linhagem passamos a ter duas. Foi o que Meselson & Stahl evidenciaram em meados do século XX. Apesar de o experimento científico inicial ter sido feito com a bactéria E. coli, o mecanismo semi-conservativo de replicação do DNA é universal para todos os organismos vivos.

Comentário por Pietro Vicari (24/03/17)
De forma geral gostei do ensaio, parabéns. É possível verificar a ideia de sentença-tópico no começo do ensaio. As frases estão curtas e objetivas, fazendo uso da voz ativa. Só faço uma observação na segunda frase. O "consequentemente" deixa a leitura um pouco quebrada. Acredito que a frase poderia ser dividida em duas sem perder valor semântico, como: "O processo de replicação do material genético utiliza uma fita DNA como molde para gerar uma nova fita complementar. A fita-mãe e a fita-filha juntas formam a nova molécula de DNA." Também seria interessante colocar a referência (Meselson & Stahl).

Ensaio 2 (24 de março de 2017)

Um dos fundamentos da evolução molecular é a teoria neutra. Kimura em 1968 propôs a teoria com base em experimentos com hemoglobina e na estimativa de Haldane. De acordo com Haldane (1957), um novo alelo poderia ser substituído em uma população a cada 300 gerações. Kimura observou que cada substituição de nucleotídeo levava à produção de um novo alelo. Logo, se isso ocorre em uma população a uma taxa de 1 substituição a cada 2 anos, o processo ficaria tão grande que nenhuma espécie de mamífero conseguiria suportar. Assim, Kimura assumiu que a maioria das mutações produzidas pelas substituições de nucleotídeos seriam quase neutras na seleção natural.

Haldane, J.B.S. 1957. J. Genet. 55: 511.
Kimura, M. 1968. Nature 217: 624.

Comentários por Rosana Cunha (31/03/17)
Boa "topic sentece", objetiva e direta sobre o assunto que seria desenvolvido ao longo do parágrafo. Gostei da proposta, só achei as ideias meio "quebradas" em alguns momentos. A linguagem está telegráfica, de fácil entendimento. Eu também coloco as referências no inicio das frases, mas, como foi dito em sala, fica melhor a informação vim antes do autor. Melhor colocar o ano entre parêntesis. A palavra "estimativa" ficou um pouco vaga, acho válido um complemento.

Ensaio 3 (31 de março de 2017)

The effective size of a population (Ne) is an important evolutionary factor (Charlesworth 2009). On molecular evolution, the Ne value affects DNA sequence variability, and the rates of DNA and protein sequence. In this sequence level, it is where the genetic drift is playing its role, which depends the size of population. For example, in a small population there is a random way to fixation an allele change and sometimes just one nucleotideo change is relevant to produce results in a population. However, in a large population this is not applicable. Finally, we can describe the effective size of a population through how many individuals are contributing to genetic pool to next generation.

Charlesworth, B. 2009. Effective population size and patterns of molecular evolution and variation. Nature Reviews 10: 195-205.

Comentários por Lyslaine Sato (05/05/17)
O texto está bem escrito, objetivo e claro. A topic sentence e as ideias do texto foram bem desenvolvidas.

Ensaio Opcional (28 de abril de 2017)

Público-alvo: estudantes de uma disciplina opcional de Evolução (curso de Ciências Biológicas)

A adaptação pode ser entendida como um efeito secundário ao longo da história evolutiva dos seres vivos. Essa abordagem surgiu como uma crítica ao programa adaptacionista em que a visão simplista de alguns biólogos evolutivos predominava. Esse ponto de vista tende a ignorar restrições estruturais ao focar exclusivamente na adaptação imediata a determinadas condições locais. A pergunta seria: qual o propósito (a real razão) de tão estrutura? Ou de tal comportamento biológico? Por exemplo, o canibalismo a partir de sacrifícios humanos na cultura Azteca poderia ser interpretado como uma necessidade biológica de ingestão de proteína, ao invés de acreditar que era uma pré-disposição genética ao canibalismo por si só. Seguindo o mesmo raciocínio, os tímpanos (Arquitetura) seriam espaços essenciais para estabilizar os arcos adjacentes de uma construção e não apenas "locais para serem pintados os evangelistas na Catedral de São Marcos, em Veneza" - metáforas utilizadas por Gould & Lewontin (1979) para explicar com exemplos não biológicos o princípio da adaptação biológica. Assim, ao analisar a adaptação como um todo, não separadamente, i.e., atributo por atributo, há uma crítica ao paradigma Panglossiano, que diz que uma coisa não pode ser outra coisa além do que é. A adaptação seria, então, um epifenômeno secundário que representa um uso frutífero de partes disponíveis, não apenas a causa primária de um sistema inteiro. Por fim, essa abordagem leva em consideração que os organismos são entidades integradas, não simplesmente uma coleção de objetos discretos.

Referência Bibliográfica:
S. J. Gould & R. C. Lewontin. 1979. The spandrels of San Marco and the Panglossian paradigm: a critique of the adaptationist programme. Proc. R. Soc. Lond. B 205: 581-598.

Ensaio 4 (05 de maio de 2017)

Público-alvo: estudantes de uma disciplina opcional de Evolução (curso de Ciências Biológicas)

A reconstrução filogenética histórica é um meio, não o fim. Em trabalhos cujo objetivo é realizar uma classificação de organismos, a reconstrução histórica é apenas uma ferramenta ou um método de análise. As árvores geradas a partir de determinada abordagem de reconstrução, por exemplo, máxima verossimilhança, são instrumentos para uma análise filogenética. Por meio dessa análise, podemos elucidar os parentescos entre espécies e/ou gêneros fazendo, assim, interpretações evolutivas. A topologia gerada por um programa de reconstrução histórica pode ser entendida como um ponto de partida para questionamentos mais profundos, o que caracteriza o tree thinking - modo de pensar da biologia evolutiva moderna (Sandvik 2008). Em síntese, a reconstrução histórica é uma das ferramentas para o entendimento da evolução dos seres vivos.

Referência Bibliográfica:
H. Sandvik. 2008. Tree thinking cannot taken for granted: challenges for teaching phylogenetics. Theory Biosci. 127: 45-51.

Comentários por Rosana Cunha (12/05/17)

Texto muito bom Beatriz. Gosto bastante de como você coloca sua "topic sentence", ela sempre fica bem objetiva e clara sobre a temática que você irá desenvolver no texto. Só achei um pouco extensa sua penúltima frase, mas, no geral, o parágrafo ficou bem explicativo e com uma linguagem telegráfica adequada. Parabéns!

Ensaio 5 (12 de maio de 2017)

Neighbor_Joining (NJ) é um método de reconstrução filogenética que agrega uma abordagem biológica à proposta fenética inicial do UPGMA. O NJ utiliza parâmetros diferentes para a evolução nucleotídica dando pesos distintos para as mudanças de base. Com base nesse princípio é realizado um cálculo e uma análise pair-wise para gerar a árvore mais parcimoniosa. Na prática, é um método muito usado para verificar erros na montagem do genoma total (se uma sequência está invertida, por exemplo); realizar uma análise exploratória inicial de um determinado conjunto de dados; comparar as relações entre os terminais; analisar comprimentos de ramos esdrúxulos; etc. Um exemplo prático seria verificar se as terceiras posições na sequência aminoácida são apenas ruídos ou não. Elimina-se as bases nessas posições e roda-se a análise por NJ. Em resumo, NJ ainda tem suas vantagens pela praticidade (curto tempo de análise) e por levar em consideração a "inconstância" biológica inerente aos organismos vivos ao aplicar parâmetros diferentes às mudanças de bases nucleotídicas.

Ensaio 6 (19 de maio de 2017)

A evolução do sexo nos seres vivos permeia dois mecanismos de reprodução: sexuada e assexuada. O último é menos custoso energeticamente e mais eficiente para o organismo, porém não inclui a recombinação gênica. Em outras palavras, a reprodução assexuada é mais prática, mas não incorpora ao processo algo essencial à evolução biológica que é a variabilidade genética. Ao contrário, a forma de reprodução sexuada, mesmo demandando mais energia e tempo, possui a vantagem da recombinação genética. O custo energético mais alto se deve ao fato de que no momento em que há a recombinação toda a maquinaria de reparo genético da célula é requisitada.

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