Claudia

ENSAIO PRIMEIRA AULA - 12.03.2019

A reconstrução filogenética, correlaciona as informações morfológicas e moleculares das diversas formas vida existentes ou extintas, a fim de aproximar ou distanciar, evolutivamente, grupos e espécies, resultando em uma árvore filogenética. Para tanto, o conhecimento do Dogma Central e os mecanismos de hereditariedade são preceitos importantes. O código genético suporta este dogma, o qual, através de suas características de, especificidade, universalidade, redundância e continuidade, permite a diversidade e ao mesmo tempo a conservação de informações genéticas entre todos os organismos. Técnicas computacionais foram desenvolvidas para comparar aspectos morfológicos e sequências de genes e apontar as similaridades, porém o sucesso de uma análise ocorrerá com o conhecimento do código e a inferência do correto caráter a ser analisado.

Revisão - ENSAIO PRIMEIRA AULA - 12.03.2019

Revisor: Kleber Mathubara

A utilização de informações morfológicas e moleculares para reconstruções filogenéticas é uma prática que fundamental para gerar hipóteses de relcionamento e do histórico evolutivo os organismos. Diante da grande diversidade de organismos o princípio do Dógma Central é fundamental e justifica a utilização dos dados moleculares. Uma vez que o código genético é universal e degenerado, possibilitando a busca de partes correspondentes em diversos organismos de linhagens muito diferentes morfológicamente. Para o processamento e análise de dados tanto de morfologia quanto nucleares, foram desenvolvidas técnicas computacionais, assim é possível mapear as séries de transformações da cada carater analisado.

Olá Cláudia, parabéns pelo texto, fiz algumas alterações mais no sentido de contextualizar que as filogenias nada mais são do que hipóteses de relacionamento entre organismos e no fim a importância de entender as séries de transformações ao longo da evolução do grupo em estudo.
Mas de forma geral, acho está tudo bem!

ENSAIO 26.03.2019 - TEORIA NEUTRA DA EVOLUÇÃO

Mutações genômicas ocorrem de forma aleatória e em altas taxas, porém, na maioria das vezes, são mutações pontuais e sinônimas que não resultam na herança de um fenótipo distinto. É neste conceito que baseia-se a "Teoria Neutra da Evolução", proposta por Kimura em 1968. Modelos matemáticos foram propostos, com variantes moleculares reprodutíveis em qualquer população. Estas variantes leva em consideração as mutações acumuladas e as substituições ocorridas em uma população em determinado período de tempo. Entretanto, esta teoria não pretende sobrepor a teoria Darwiniana.

Comentário 02.04.2019 - feito por Marília Pessoa Silva

1- As frases devem ser mais curtas, contendo apenas uma ideia.
2- Terminar com a mesma ideia do princípio, fazendo um texto cíclico
3- Cuidado com singular e plural ao longo da frase

ENSAIO 30.04.2019 - ÁRVORE FILOGENÉTICA

Vários conceitos para espécie foram propostos, porém ainda não há um consenso para definição desta unidade fundamental da biodiversidade. Não obstante, as espécies são classificadas e agrupadas seguindo parâmetros de similaridades entre si e a um ancestral comum ao longo do tempo. A representação histórica da evolução das espécies, pode ser verificada por meio de uma árvore filogenética, o qual é um diagrama, também conhecido como cladograma, que varia de uma baixa a alta complexidade, dependendo dos níveis de caracteres que forem utilizados na comparação. Contudo, esta ferramenta de análise ainda apresenta-se complexa para abranger todas as características intrínsecas de cada espécie. Sendo assim, a definição de espécie não se torna menos emergente, que a própria forma de representá-la historicamente.

Comentário 07.05.19 - feito por Maria Catarina

1- "Vários conceitos para espécie foram propostos" seria interessante apresentar referência e também apresentar quais são os conceitos e porque eventualmente não há um consenso.
2- E cuidado com frases longas.

ENSAIO 07.05.2019 - CONSTRUÇÃO DE ÁRVORE FILOGENÉTICA POR UPGMA

A filogenética analisa as relações entre as espécies, comparando-as a um ancestral hipotético comum (Queiroz, Gauthier, 1991). Por sua vez, a árvore filogenética é um diagrama que representar estas relações. A construção de uma árvore pode-se basear em dois tipos de informações, os caractéres, que é uma base em uma posição específica na sequência de DNA das espécies, ou alinhamento de sequências DNA, comparando a distância entre as bases. Como exemplo de distância, há o UPGMA, do inglês (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean), o qual é um algoritmo eurístico, que utiliza como método o "quadrado mínimo". O quadrado mínimo, dentro de uma matriz de dados, representa a menor distância entre duas sequências nucleótídicas, caraterizando assim, uma menor distância entre duas espécies (Stettiner, Gabor, 2001).

REVISADO POR CLAUDIA - 14.05.2019

A filogenética como ramo da sistemática filogenética, estuda as relações evolutivas entre OTUs (unidades taxonômicas operacionais), comparando-as a um ancestral hipotético comum (Queiroz, Gauthier, 1991). Por sua vez, a árvore filogenética, é uma maneira de representar estas relações. A construção de uma árvore pode se basear em dois tipos de informações, os caractéres, que é uma base em uma posição específica na sequência de DNA das espécies, ou alinhamento em pares de sequências de DNA, comparando a distância entre as bases. Como exemplo de método de distância, há o UPGMA, do inglês (Unweighted Pair Group Method with Arithmetic mean), o qual é um algoritmo eurístico, que utiliza como método o "quadrado mínimo". O quadrado mínimo, dentro de uma matriz de dados, representa a menor distância entre o alinhamento de duas sequências nucleotídicas, caraterizando assim, uma menor distância evolutiva entre duas espécies (Stettiner, Gabor, 2001).

Minha maior dificuldade - problematizar

Colegas - concluir o texto

ENSAIO 07.05.2019 - MAXIMUM LIKELIHOOD

Construir uma árvore filogenética, é inferir uma dada relação evolutiva histórica entre OTUs. Métodos de construção de árvore, como Parsimônia e Compatibilidade, Matriz de distância e Likelihood, são atualmente utilizados. Likelihood, dentre todos, se ressalta por utilizar uma estimativa estatística da função P(D; T, M), onde M é o modelo, T é a árvore e D são os dados. Esta função é maximizada em T por Likelihood e maximiza a possibilidade de uma determinada relação evolutiva hipotetizada (Felsenstein, 1988).

ENSAIO - TÉCNICA DE RELÓGIO MOLECULAR NA DATAÇÃO DE FÓSSEIS

A técnica de relógio molecular baseia-se na taxa de evolução de um determinado gene ou proteína. A principal idéia é comparar sequências e inferir o tempo em que uma espécie está distante de outra.

OUTLINE
O QUÉ A TÉCNICA E O EMBASAMENTO DE RELÓGIO MOLECULAR?
COMO VISUALIZO ISTO NOS ALINHAMENTOS?
COMO AUXILIA NA DATAÇÃO DE FÓSSEIS
EXEMPLOS - EXPLOSÃO CAMBRIANA
CONCLUSÕES

ENSAIO - TÉCNICA DE RELÓGIO MOLECULAR NA DATAÇÃO DE FÓSSEIS

0 QUÉ A TÉCNICA E O EMBASAMENTO DE RELÓGIO MOLECULAR?

A técnica de relógio molecular, foi poposta em 1960 pelos pesquisadores Emile Zuckerkandl e Linus Pauling. A idéia principal é o acúmulo e a constância na taxa de evolução de genes ou proteínas. As sequências de genes ou proteínas são alinhadas e comparadas. Se houver

COMO VISUALIZO ISTO NOS ALINHAMENTOS?

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COMO AUXILIA NA DATAÇÃO DE FÓSSEIS - CALIBRAÇÃO

EXEMPLOS - EXPLOSÃO CAMBRIANA

CONCLUSÕES
Embora a taxa de variação de mutação pode variar entre organismos

AUTO-AVALIAÇÃO

NOTA: 0,85

Considero que tive limitações neste curso. Parte dela inerente à profundidade dos temas e falta de conhecimento em alguns assuntos. No entanto, considero válida minhas buscas ao que me era desconhecido. Meu pouco conhecimento na parte molecular me ajudou a entender os temas e avançar nos assuntos. Contudo, não creio que meu rendimento tenha sido o melhor que poderia, pois não li todos os artigos sugeridos. Portanto, nesta mescla de bom e ruim, me dou oitenta e cinco décimos.

ENSAIO - TÉCNICA DE RELÓGIO MOLECULAR NA DATAÇÃO DE FÓSSEIS

A técnica de relógio molecular, foi proposta em 1960 pelos pesquisadores Emile Zuckerkandl e Linus Pauling. A idéia principal é o acúmulo e a constância na taxa de evolução de genes e proteínas. As sequências de aminoácidos ou nucleotídicas são alinhadas e comparadas. O ponto de divergência entre as sequências, infere o momento da divergência e uma escala de tempo. Considere o seguinte esquema:

Ancestral comum sequência nucleotídica
AATTTGCGCCTAATCG

10 mil anos depois
AATTTGAGCCTAATCG
AATTTGCGCCTAATCT

20 mil anos depois
AATTTGACCCTAATCG
AATTTGCGCCTAATTT

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