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Ensaio Opcional (12.III.2019)
Morphological and molecular attributes show important differences on their type of data. First, the number of molecular characters which we use for phylogenetic reconstruction is higher than the number of the morphological ones. It occurs due to the great number of base pairs (i.e., characters) present on molecular data. Moreover, it is more difficult to determine characters on morphological attributes. The determination of character states on morphology is also a hard task. However, the possible character states on molecular data are always four nucleotides (A, T/U, C, G). Also, scientists from different fields of study may work with molecular data of virtually any living group. For example, a herpetologist may easily work with DNA sequences of spiders. It happens because of the molecular analyses' standardized steps. On the other hand, it is virtually impossible to work with morphological data of every living group. It occurs due to the specific knowledge required for each group. All the practical benefits provided by molecular data justifies their wide application for phylogenetic reconstruction.
Ensaio 1 - Correção feita por Mariana Guilardi (19.III.2019)
The morphological and molecular characters have several important differences between them. First, the number of molecular characters in phylogenetic reconstruction are higher than those morphological. This is due the greater number of nucleotides in molecular matrices. Moreover, it is difficult to choose morphological attributes for phylogenetic matrices. For these, establishment of characters states are also a arduous task. However, molecular data has only four states (A, T/U, C and G nucleotides). Scientists from distinct fields may develop studies with molecular data of any living described group. As an example, a herpetologist can promote a study with spiders’ DNA sequences. This is possible as a result of molecular analyses’ standardized steps. On the other hand, it is not possible to research all taxonomic groups with morphological data. This is in virtue of specific knowledge required for each group. All the benefits provided by molecular data supports their wide application in phylogenetic reconstruction.
Comentário
O texto foi excelente e seguiu em boa parte as regras de ensaio dadas em sala de aula (sentença tópico e um verbo, uma sentença). Daria como sugestão ficar atento quanto ao uso de muitas conjunções. Muitas destas foram usadas em inícios de frase, porém poderiam ter sido retiradas. Outra sugestão é inclusão de título nos próximos ensaios. E, também, sugiro o uso de termos mais formais ao longo do texto. O Thesaurus é um bom site para busca de sinônimos e poderá ajudar na hora de encontrar esses termos!
Ensaio 2 (26.III.2019)
The dN/dS formula tests the possible occurrence of natural selection in nucleotide sequences. "dN" is the rate of non-synonym substitutions. On the other hand, "dS" is the rate of synonym substitutions. Figure 1 shows the mathematical estimations of dN and dS. We have three possible interpretations for dN/dS results (Fig. 2). The first interpretation occurs for equal values of both non-synonym and synonym substitution rates (dN=dS, Fig. 2a). dN=dS represents the occurrence of only neutral substitutions. That is, substitutions do not provide any benefit or disadvantage. The second interpretation occurs for a higher non-synonym than synonym substitution rate (dN>dS, Fig. 2b). dN>dS is evidence for adaptative selection. That is, when substitutions provide adaptations. The third interpretation occurs for a higher synonym than non-synonym substitution rate (dN<dS, Fig. 2c). dN<dS indicates purifying selection. That is, natural selection eliminates any possible non-synonym changes. Indeed, the dN/dS formula allows useful interpretations for molecular evolution inference.
Figure 1. Mathematical estimations of dN and dS.
Figure 2. Possible results and interpretations for dN/dS formula. a. When dN=dS, we infer the occurrence of neutral substitutions. In this case, substitutions do not provide benefit or disadvantage. b. When dN>dS, we infer the occurrence of adaptative selection. In this case, selected substitutions provide adaptations. c. When dN<dS, we infer the occurrence of purifying selection. In this case, natural selection eliminates any possible non-synonym changes in nucleotide sequence.
Ensaio 3 - Correção feita por Igor Salles de Oliveira (02.IV.2019)
Comentário
O texto está bem escrito, com coerência e coesão. Porém existem alguns pontos que podem ser melhorados:
(i) Poderia retirar a palavra "possible" da sentença tópico, você está testando a existência ou não da seleção.
(ii) Tentaria reduzir as sentenças que fala sobre a neutralidade, bem como, explicaria que ao invés de seleção essas sequências são moldadas pela deriva genética. O que poderia ser reescrito assim: "Equals values of non-synonym and synonyms rates represents the occurence of neutral substitution which are modeling by genetic drift."
(iii) Cuidado com o inglês: "synonymous" ao invés de "synonym".
(iv) Não precisaria definir mutação neutra, poderia ser cortado.
(v) Tente reduzir o uso do "that is". Por estar próximo permite inferir sobre o que está falando, mas cuidado.
(vi) Tiraria o "first", "second" e "third". Tentaria colocar na ordem quais as três ideias.
Ensaio 4 (30.IV.2019)
How systematists and paleontologists understand the position of fossil taxa in a phylogeny
Systematists and paleontologists have different interpretations about the phylogenetic position of fossil taxa. Systematists interpret fossil taxa as terminal taxa in a phylogenetic tree. However, paleontologists understand fossil taxa as lineages within the branches of a phylogenetic tree. The main reason for the different interpretations is the correct understanding of a phylogeny. Fossil taxa are always terminal taxa of a phylogenetic tree. Branches and nodes are hypothetical interpretations necessary for the generation of a phylogeny. Communication among systematists and paleontologists is an important step for the consensus of the interpretation of the position of fossil taxa in a phylogeny.
Ensaio 6 (14.V.2019)
Minha maior dificuldade em escrita científica está na redução do número de conjunções e outros conectivos entre frases. Frequentemente eu repito expressões como "that is" ou conjunções (e.g. "however") entre uma frase e outra. Quanto à escrita científica dos colegas, percebo dificuldade na redução do tamanho de frases. Frases muito extensas são encontradas com frequência nos ensaios.
Ensaio 8 (28.V.2019)
Ponto escolhido: Utilização de modelos em ciência com enfoque na reconstrução histórica
Tópicos:
- Uso dos modelos de substituição em reconstruções filogenéticas
- Tipos diferentes de modelos de substituição
- Por que usamos modelos de substituição?
- A complexidade dos modelos de substituição é necessária?
- Comparação entre trabalhos com escolha de modelos de substituição e com uso de modelo de substituição fixo
Imagens:
- Diagrama "Slide da aula 08" (representa um modelo de substituição)
- Diagrama "Selecting models of evolution" (Posada)
Ensaio 9 (04.VI.2019)
Ponto escolhido: Utilização de modelos em ciência com enfoque na reconstrução histórica
Parágrafos:
- Parágrafo 1: Utilidade dos modelos de substituição; Determinação dos modelos de substituição; Variedade dos modelos de substituição; Questionamento sobre a real necessidade da existência de vários modelos de substituição
"Substitution models are an important tool for phylogenetic inference."
- Parágrafo 2: Aplicação de diferentes modelos de substituição para diferentes dados
"Usually, scientists apply different substitution models for different molecular sequence data."
- Parágrafo 3:Exemplificação com um trabalho que utiliza modelos de substituição diferentes; Breve descrição do trabalho
"A study with [foco do trabalho] shows that [resumo dos resultados do trabalho]."
- Parágrafo 4: Breve descrição dos modelos de substituição do trabalho
"Here, I will describe the substitution models of [citação do trabalho descrito no parágrafo anterior]."
- Parágrafo 5: Aplicação de um modelo de substituição fixo para qualquer análise; Exemplificação com um trabalho que utiliza modelo de substituição fixo
"Some scientists support the application of a fixed substitution model."
- Parágrafo 6: Comparação entre resultados obtidos com modelo de substituição fixo e com modelo de substituição pré-determinado, para um mesmo conjunto de dados
"Here, I will compare results between analyses with a fixed an with a predetermined substitution model."
- Parágrafo 7: Resumo da comparação entre os trabalhos apresentados no ensaio; Situação geral da discussão sobre o uso de modelos de substituição
"My comparison shows that [o que é possível concluir de maneira geral a partir dos trabalhos apresentados]."
Ensaio 10 (11.VI.2019)
Auto-avaliação
Eu li as referências indicadas para cada aula, incluindo as relacionadas a escrita científica. Eu tive um maior desenvolvimento com relação à escrita, que eu já havia começado a desenvolver durante a disciplina PTEE, mas agora com foco na Língua Inglesa. Porém, eu poderia ter aproveitado e participado mais das discussões em sala. Além disso, eu faltei em 2 aulas (uma por causa de viagem de campo e outra por motivo de saúde).
Por esse motivo, minha auto-avaliação é de 0.9.