Domingo Lago Barcia

ENSAIOS

Redação ensaio opcional (10/03/2017)

It was very interesting to learn during the lesson, the reason why in certain studies, molecular phylogenies are based on nucleotides, and why in others, they are based on the amino acids expressed from the nucleotide chain. Amino acids are synthesised from different combinations of their base nucleotides, meaning different combinations of nucleotides may give the same amino acid. The three different positions in a triplet, influence in different proportions on what amino acid will be synthesised from the triplet, meaning each position poses different phylogenetic informativeness. The third position on a triplet is less informative than the other two. If we carry out a phylogenetic analysis using nucleotides, we will be adding changes between our terminals, that not necessarily correspond to a change on the amino acid synthesized, thus not resulting in a real difference between terminals. Instead, if we use amino acids, we will be leaving aside the phylogenetic informativeness of the third position, as the main unit of the study, in this case, would be the amino acid.

Comentários por Flávia Akemi:

Algumas frases no começo estão um pouco longas. Na segunda frase (Amino acids are…) seria legal colocar que as combinações são de três nucleotídeos, por mais que isso seha óbvio para nós, porque depois você já menciona as trincas, mas sem ter falado antes de que as combinações eram de três nucleotídeos.
O restante das frases de texto está em bom tamanho para entender :)
Eu só acho que seria legal terminar com uma frase que "feche" o assunto, para ter um começo, meio e fim mais marcado no parágrafo.


Redação ensaio #1 (17/03/2017)

A integração de distintas metodologias de identificação de espécies, pode ser uma ferramenta muito útil a hora de delimitar espécies. A quantidade de informação obtida a traves de um só método de identificação, frequentemente não é suficiente. Por exemplo, filogenias baseadas unicamente em dados morfológicos não conseguem delimitar espécies dentro de um conjunto de espécies crípticas. Adicionando outras metodologias, como analises moleculares, você consegue realizar uma delimitação mais abrangente. A pesar de ser mais trabalhoso, a integração de distintas metodologias fornece uma visão mais ampla da diversidade real.

- Correção por Alfredo Leonardo P. Sousa

A integração de distintas metodologias de identificação de espécies, (vírgula separando sentença) pode ser uma ferramenta muito útil a hora de delimitar espécies. A quantidade de informação obtida a traves (através) de um só método de identificação, (vírgula desnecessária) frequentemente não é suficiente. Por exemplo, filogenias baseadas unicamente em dados morfológicos não conseguem delimitar espécies dentro de um conjunto de espécies crípticas. Adicionando outras metodologias, como análises moleculares, (evitar aposto) você consegue realizar uma delimitação mais abrangente. A pesar (Apesar) de ser mais trabalhoso, a integração de distintas metodologias fornece uma visão mais ampla da diversidade real.

— Comentários
- Boa escolha de tema. A discussão sobre utilização de diferentes métodos é bastatate relevante e atual;
- A ideia central apareceu na primenra sentença como Topic sentence;
- A ideia foi bem desenvolvida. Argumentos e exemplos que sustentam a ideia central estão presentes e bem colocados no ensaio;
- Algumas sentenças foram construídas com virgulas desnecessárias. As duas primeiras sequências são exemplos disso;
- As sentenças não estão muito longas mas é possível modificar algumas construções;
- Alguns erros ortográficos;


Redação ensaio #2 (24/03/2017)

The neutral theory of molecular evolution was first proposed by Kimura and Motoo in 1968. It proposes that evolution at a molecular level is not influenced by natural selection. It is genetic drift that drives such evolution. Thus, not every mutation is equally influential. Some mutations will contribute with favourable changes to the organism. Others will bring disadvantageous changes, and others neutral changes. Kimura and Motoo realized that when comparing genomes of different species, most of the molecular differences are neutral. This means that most of the adaptations and mutations suffered by a species do not affect its chances of surviving. This proves that evolution, at a molecular level, is not influenced by natural selection.

-Correção por Lucas Denadai de Campos

O texto resume bem as ideias discutidas na última aula. As frase estão curtas com um sujeito e verbo como nos foi proposto.
Aproveitando sobre os comentários da aula de hoje sobre correção, você poderia retirar os nomes dos autores do texto e apenas referenciá-los ao final da frase. Pelo menos na segunda vez em que você diz: "Kimura and Motoo realized that…".
Fiquei um pouco em dúvida na penúltima frase: "This means that most…". Talvez isso seja devido a estruturação da frase, pois quando li pela segunda vez, entendi claramente o que quis dizer.


Redação ensaio #3 (31/03/2017)

Publico alvo: Alunos da nossa disciplina.
Population structure (not size) influences the genetic diversity inside a population. The neutral theory of molecular evolution presents two possibilities for a given gene with two alleles. It either fixes one of its alleles inside the population and looses the other one, or the other way round. Inside a homogenous ideal population with an effective population of 100%, an allele will get fixed or lost once, representing the whole diversity of that gene. In a structured population that presents subpopulations (that do not reproduce between each other and each presents an effective population of 100%) you will be able to fix one of the alleles of the gen in each subpopulation. If for example, we have four subpopulations inside our population, we will have four chances to fix an allele, generating higher diversity. A subdivided, structured population will present a higher genetic diversity.

Corrigido por Filipe Gudin: Achei o texto um pouco confuso, especialmente porque ele parece estar estruturado na primeira sentença, a qual contém alguns equívocos. O tamanho efetivo (Ne) da população também pode influenciar na diversidade genética em uma população. Sem estruturação populacional, populações com baixo Ne tendem a ter menor diversidade genética, pois a ação da deriva tende a fixar mais eficiente e rapidamente as mutações. Em contraste, populações com grande Ne tendem a apresentar maior diversidade genética, apesar de que seleção purificadora ou estabilizadora podem alterar essa diversidade. A questão da estruturação populacional é que ela pode aumentar a diversidade genética mesmo em populações com baixo tamanho efetivo.


Redação ensaio #4 (05/05/2017)

Título: Understanding natural systems.
Público alvo: Alunos em uma disciplina sobre filosofia científica.
The understanding of natural systems, as well as the species problem can be understood in many ways. Classification is the grouping of objects, whilst systematization is the organization given to such classification (O'hara, 1993). Classifications and systems can be understood in different ways depending on several aspects. Such aspects can be the amount of information being analysed, how we analyse it and the importance given to such information. Though, certain issues may appear if we try to focus on a philosophical aspect, rather than a scientific one. A consensus on the different definitions or aspects must be clarified at the beggining of every study, in order to evade misinterpretations.

[Bibliografia ao final da pagina/Bibliography at the end of page]

Correção Ana Laura. - OBRIGADISIMO ANA, CORRIGIDO!

Seu texto é bem escrito;
As frases são curtas e claras;
Creio que a palavras "phylosophical" deveria ser escrita "philosophical";
Seria bom colocar a referência completa após o texto;
Também seria interessante a inclusão de um título ao seu ensaio;
Gostei do texto.


Redação ensaio #5 (12/05/2017)

Público alvo: Alunos de graduação.
The different methods for evolutionary reconstruction are based on different assumptions. We could compare two simple methods such as the UPGMA and the Neighbour Joining. The UPGMA method is a simple method that assumes that rates of change between terminals are always constant (Howe et al., 2002). On the other hand, the Neighbour Joining method assumes that not all changes happen at a constant rate (Saitou & Nei, 1987). It assumes that changes suffered between two proximal terminals occur at different rates compared to distant terminals (Saitou & Nei, 1987). Computer simulations have proven that the Neighbour Joining methodologies offer a more precise understanding of evolutionary rates of change, compared to other known methods for evolutionary reconstruction.

[Bibliografia ao final da pagina/Bibliography at the end of page]

Corrigido por: Rosana Cunha - MUITO OBRIGADO ROSANA, CORRIGIDO!
Gostei do texto Domingo.
- Sua "topic sentence" está bem objetiva e explicativa, suas ideias corroboram com ela.
- A linguagem está telegráfica, como deve ser, mas bem construída e de fácil entendimento.
- Utilizou literatura para embasar seus argumentos, o que dar maior credibilidade à sua escrita.
- O inglês também está bem escrito.
- Eu só senti falta de uma conclusão no seu parágrafo, ficou meio que "pedindo mais" esse finalzinho.

Espero ter ajudado!


Redação ensaio #6 (19/05/2017)

Publico alvo: Alunos de graduação.
Maximum likelihood methods consider that the best hypothesis for a given set of data will be the hipothesis that makes the observed results the most correct (Felsenstein, 1988). Such methods incorporate evolutionary models to analyse the data with a different rate of substitution for each base pair mutation (Felsenstein, 1988). Depending on the arrangement of the different nucleotides, different models will adjust more or less to our data set (Yang, 1997). These methods may be very slow depending on the accuracy of the analysis, the dimensions of the set of data and the computational capacity used (Holder & Lewis, 2003). Now a days, maximum likelihood methods are one of the main methods used to develop molecular phylogenies, together with bayesian methodologies.

[Bibliografia ao final da pagina/Bibliography at the end of page]

Comentários por Flávia: OBRIGADISIMO FLÁVIA, CORRIGIDO!
Gostei do texto, achei bem claro. Todas as informações embasadas na literatura, o que é muito positivo.
O único detalhe que eu tomaria mais cuidado é na escrita das palavras (hipothesis por exemplo) e em uma finalização para o texto que desse um ar de conclusão. Parece que você tem mais coisas a dizer no final.
Mas gostei, está bem explicativo.


Redação ensaio #7 (26/05/2017)

Publico alvo: alunos da nosa disciplina (PEMARF).
Evolutionary models are probabilistic models of nucleotide substitution (David Posada - Selecting Models of Evolution). When analysing genetic sequences, the rates of substitution between the different nucleotides varies (David Posada - Selecting Models of Evolution). Substitutions don't ocure at the same pace between the different nucleotides, neither between different organisms. This reveals an approximation to reality, where we can estimate an evolutionary model to calculate more exact phylogenies (Sullivan & Joyce, 2005). The amount of evolutionary models is growing with time. Each new evolutionary model tries to describe the evolution of nucleotide chains in a more precise way. Even though they offer more accurate probabilistic formulas each day, they never get to explain the exact reality behind such rates of substitution.

[Bibliografia ao final da pagina/Bibliography at the end of page]

Correção por Camila Chabi - OBRIGADISIMO CAMILA, CORRIGIDO!

Seu texto é bem objetivo impessoal e possui frases curtas, muito bom! Mas seguem algumas sugestões para deixa-lo ainda melhor do meu ponto de vista:
1- Escolha um tema, isso direciona o leitor e a você também quando vai discorrer sobre o assunto;
2- Coloque as referencias em um único formato e depois as cite no final do texto com todas as informações;
3- Seu texto esta muito bom, apenas evitaria frases tipo " day by day", onde poderia ser substituída por "routinely"


Redação ensaio #8 (02/06/2017)

Publico alvo: alunos da nosa disciplina (PEMARF).
Mathematical algorithms such as heuristic solutions for optimality criterion phylogenetic methods, are in constant renewal (Giribet, 2007). The main optimality criteria methods are maximum likelihood and parsimony (Giribet, 2007), and both criteria are very time consuming due to the large number of trees they produce (Felsenstein, 1978). Heuristic procedures palliate the time consumption problem by building many initial trees (Goloboff, 1999). Nowadays, heuristic solutions are constantly being developed and improved (Giribet, 2007). Such improvement can be obtained by simplifying the mathematical operations that are needed to solve a given problem. Phylogenetic data is easier to obtain with the pass of time, and bigger sets of data need to be analysed each time, forcing heuristic solutions to evolve at the same pace.

[Bibliografia ao final da pagina/Bibliography at the end of page]

Correção por Victor Calvanese: o texto está bem legal, seguindo as recomendações propostas em aula. Entretanto em minha opinião, os seguintes pontos podem ser melhorados: as ideias apresentadas poderiam ter sido mais exploradas e somente apresentar bibliografia que apareça no texto. - MUITO OBRIGADO VICTOR!


Redação ensaio #9 (09/06/2017)

Título: Molecular clocks and their purpose.
Público alvo: Alunos da nossa disciplina (PEMARF).

Evolutionary models started being used a few decades ago and nowadays they are a valuable tool. Since the first application of a molecular clock in 1962, they have risen in importance as they have proven to be very useful (Kumar, 2005). It was first studied the diverging time of evolution between different haemoglobin families (Zuckerkandl and Pauling, 1962). Posterior studies, demonstrated the perfect calibration between amino-acid differentiation and evolution times which showed to be uniform between different species (Margoliash, 1963). Such proposals created a big controversy as different proteins and molecules have different rates of change, for example (Zuckerkandl and Pauling, 1962; Goodman, 1968). Many more devates were created along the years (Kumar, 2005). Up to date, such molecular clocks have shown to be very useful in evolutionary biology, aiding in studies such as population and species divergence, diversification of gene families and in the timing of gene duplications when having a lack of fossil or biogeographical evidences (Kumar, 2005). With an increase in the understanding of genes and genomes and evolutionary methodologies, molecular clocks will continue to offer important tools for the study of molecular evolution.

[Bibliografia ao final da pagina/Bibliography at the end of page]

Comentários de Stefany Archangelo:
Achei seu texto excelente. Sem nenhuma falha. Parabéns.
A unica coisa que eu mudaria é a frase tópico, já indicando que as informações à seguir seriam sobre Molecular clocks.


BIBLIOGRAPHY

· David Posada - Selecting Models of Evolution.
· Felsenstein J. (1978). The number of evolutionary trees. Systematic Zoology. 27:27–33.
· Felsenstein, J. (1988). Phylogenies from molecular sequences: inference and reliability. Ann. Rev. Genel. 22: 521-65.
· Giribet G., (2007). Efficient tree searches with available algorithms. Evol Bioinform Online 3: 341–356.
· Goloboff P. A. (1999). Analyzing large data sets in reasonable times: solutions for composite optima. Cladistics. 15:415–428.
· Goodman, M. (1968). Evolution of the catarrhine primates at the macromolecular level. Primates Med. 1: 10–26.
· Holder, M. & Lewis, P. O. (2003). Phylogeny estimation: traditional and bayesian approaches. Nature Publishing Group. 4: 275-284.
· Howe, K., Bateman, A. & Durbin, R. (2002). QuickTree: building huge Neighbour-Joining trees of protein sequences. Bioinformatics. 18 (11): 1546-1547.
· Kumar, S. (2005). Molecular clocks: four decades of evolution. Nature Reviews Genetics 6 (8): 654-662.
· Margoliash, E. (1963). Primary structure and evolution of cytochrome c. Proc. Natl Acad. Sci. USA 50: 672–679.
· O'Hara, R. J. (1993). Systematic Generalization, Historical Fate, and the Species Problem. Systematic Biology. 42 (3): 231-246.
· Saitou, N. & Nei, M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol. 4 (4): 406-425.
· Sullivan, J. & Joyce, P. (2005). Model Selection in Phylogenetics. Annual Review of Ecology, Evolution, and Systematics, 36:445–466.
· Yang, Z. (1997). PAML: a program package for phylogenetic analysis by maximum likelihood. Cabios Applications Note. 13 (5): 555-556.
· Zuckerkandl, E. & Pauling, L. (1962) in Horizons in Biochemistry (eds Kasha, M. & Pullman, B.) 189–225 (Academic Press, New York).


Redação ensaio #10 (23/06/2017)

When I first read the name of the discipline, I imagined I was going to be doing another molecular based subject. I expected we were going to focus on phylogenetics, and molecular reconstructions using computers and programs. Almost all subjects I’ve done based on phylogenetic reconstruction have focused on that. It was interesting to find out that the course was going to be done in a rather peculiar way. I found incredibly useful that the subject was mainly focused on learning how to write in a proper scientific way. Many of us students, need to practice our writing skills and this discipline was a fantastic way to do so. Specially uniting molecular phylogenetic concepts to correct scientific writing methods. The way in which the whole discipline was organized was exceptional aswell, from each lesson, to the way in which the subject is evaluated.

For me, it has been a brilliant way of improving my writing capacities. My improvement can be clearly seen in my “pagina pessoal”. I preferred not to modify my texts in order to be able to detect such improvement. I have also understood properly certain ideas inside molecular biology and phylogenetics, that I could not understand correctly just through studying scientific papers and books. It has been a very big deception for my self having to miss almost half of the subject. I was taking big advantage of the weekly lessons and discussions. I am deeply sorry for this. I have missed many presentations from class colleagues, from which much is learnt aswell. For the amount of subject content missed, I am going to grade my self with a 0’6.

Muito obrigado por todo Prof. Dan Lahr. A disciplina esta perfeitamente adaptada a á pós-graduação e muito enfocada no crescimento do individuo como cientifico e pessoa. Um trabalho ótimo e muito obrigado pela oportunidade de participar.

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