Domingo Lago Barcia

ENSAIOS

Redação ensaio opcional (10/03/2017)

It was very interesting to learn during the lesson, the reason why in certain studies, molecular phylogenies are based on nucleotides, and why in others, they are based on the amino acids expressed from the nucleotide chain. Amino acids are synthesised from different combinations of their base nucleotides, meaning different combinations of nucleotides may give the same amino acid. The three different positions in a triplet, influence in different proportions on what amino acid will be synthesised from the triplet, meaning each position poses different phylogenetic informativeness. The third position on a triplet is less informative than the other two. If we carry out a phylogenetic analysis using nucleotides, we will be adding changes between our terminals, that not necessarily correspond to a change on the amino acid synthesized, thus not resulting in a real difference between terminals. Instead, if we use amino acids, we will be leaving aside the phylogenetic informativeness of the third position, as the main unit of the study, in this case, would be the amino acid.

Comentários por Flávia Akemi:

Algumas frases no começo estão um pouco longas. Na segunda frase (Amino acids are…) seria legal colocar que as combinações são de três nucleotídeos, por mais que isso seha óbvio para nós, porque depois você já menciona as trincas, mas sem ter falado antes de que as combinações eram de três nucleotídeos.
O restante das frases de texto está em bom tamanho para entender :)
Eu só acho que seria legal terminar com uma frase que "feche" o assunto, para ter um começo, meio e fim mais marcado no parágrafo.

Redação ensaio #1 (17/03/2017)

A integração de distintas metodologias de identificação de espécies, pode ser uma ferramenta muito útil a hora de delimitar espécies. A quantidade de informação obtida a traves de um só método de identificação, frequentemente não é suficiente. Por exemplo, filogenias baseadas unicamente em dados morfológicos não conseguem delimitar espécies dentro de um conjunto de espécies crípticas. Adicionando outras metodologias, como analises moleculares, você consegue realizar uma delimitação mais abrangente. A pesar de ser mais trabalhoso, a integração de distintas metodologias fornece uma visão mais ampla da diversidade real.

- Correção por Alfredo Leonardo P. Sousa

A integração de distintas metodologias de identificação de espécies, (vírgula separando sentença) pode ser uma ferramenta muito útil a hora de delimitar espécies. A quantidade de informação obtida a traves (através) de um só método de identificação, (vírgula desnecessária) frequentemente não é suficiente. Por exemplo, filogenias baseadas unicamente em dados morfológicos não conseguem delimitar espécies dentro de um conjunto de espécies crípticas. Adicionando outras metodologias, como análises moleculares, (evitar aposto) você consegue realizar uma delimitação mais abrangente. A pesar (Apesar) de ser mais trabalhoso, a integração de distintas metodologias fornece uma visão mais ampla da diversidade real.

— Comentários
- Boa escolha de tema. A discussão sobre utilização de diferentes métodos é bastatate relevante e atual;
- A ideia central apareceu na primenra sentença como Topic sentence;
- A ideia foi bem desenvolvida. Argumentos e exemplos que sustentam a ideia central estão presentes e bem colocados no ensaio;
- Algumas sentenças foram construídas com virgulas desnecessárias. As duas primeiras sequências são exemplos disso;
- As sentenças não estão muito longas mas é possível modificar algumas construções;
- Alguns erros ortográficos;

Redação ensaio #2 (24/03/2017)

The neutral theory of molecular evolution was first proposed by Kimura and Motoo in 1968. It proposes that evolution at a molecular level is not influenced by natural selection. It is genetic drift that drives such evolution. Thus, not every mutation is equally influential. Some mutations will contribute with favourable changes to the organism. Others will bring disadvantageous changes, and others neutral changes. Kimura and Motoo realized that when comparing genomes of different species, most of the molecular differences are neutral. This means that most of the adaptations and mutations suffered by a species do not affect its chances of surviving. This proves that evolution, at a molecular level, is not influenced by natural selection.

-Correção por Lucas Denadai de Campos

O texto resume bem as ideias discutidas na última aula. As frase estão curtas com um sujeito e verbo como nos foi proposto.
Aproveitando sobre os comentários da aula de hoje sobre correção, você poderia retirar os nomes dos autores do texto e apenas referenciá-los ao final da frase. Pelo menos na segunda vez em que você diz: "Kimura and Motoo realized that…".
Fiquei um pouco em dúvida na penúltima frase: "This means that most…". Talvez isso seja devido a estruturação da frase, pois quando li pela segunda vez, entendi claramente o que quis dizer.

Redação ensaio #3 (31/03/2017)

Publico alvo: Alunos da nossa disciplina.
Population structure (not size) influences the genetic diversity inside a population. The neutral theory of molecular evolution presents two possibilities for a given gene with two alleles. It either fixes one of its alleles inside the population and looses the other one, or the other way round. Inside a homogenous ideal population with an effective population of 100%, an allele will get fixed or lost once, representing the whole diversity of that gene. In a structured population that presents subpopulations (that do not reproduce between each other and each presents an effective population of 100%) you will be able to fix one of the alleles of the gen in each subpopulation. If for example, we have four subpopulations inside our population, we will have four chances to fix an allele, generating higher diversity. A subdivided, structured population will present a higher genetic diversity.

Corrigido por Filipe Gudin: Achei o texto um pouco confuso, especialmente porque ele parece estar estruturado na primeira sentença, a qual contém alguns equívocos. O tamanho efetivo (Ne) da população também pode influenciar na diversidade genética em uma população. Sem estruturação populacional, populações com baixo Ne tendem a ter menor diversidade genética, pois a ação da deriva tende a fixar mais eficiente e rapidamente as mutações. Em contraste, populações com grande Ne tendem a apresentar maior diversidade genética, apesar de que seleção purificadora ou estabilizadora podem alterar essa diversidade. A questão da estruturação populacional é que ela pode aumentar a diversidade genética mesmo em populações com baixo tamanho efetivo.

Redação ensaio #4 (05/05/2017)

Público alvo: Alunos em uma disciplina sobre filosofia científica.
The understanding of natural systems, as well as the species problem can be understood in many ways. Classification is the grouping of objects, whilst systematization is the organization given to such classification (O'hara, 1993). Classifications and systems can be understood in different ways depending on several aspects. Such aspects can be the amount of information being analysed, how we analyse it and the importance given to such information. Though, certain issues may appear if we try to focus on a phylosophical aspect, rather than a scientific one. A consensus on the different definitions or aspects must be clarified at the beggining of every study, in order to evade misinterpretations.

Redação ensaio #5 (12/05/2017)

Público alvo: Alunos de graduação.
The different methods for evolutionary reconstruction are based on different assumptions. We could compare two simple methods such as the UPGMA and the Neighbour Joining. The UPGMA method is a simple method that assumes that rates of change between terminals are always constant (Howe et al., 2002). On the other hand, the Neighbour Joining method assumes that not all changes happen at a constant rate (Saitou & Nei, 1987). It assumes that changes suffered between two proximal terminals occur at different rates compared to distant terminals (Saitou & Nei, 1987). Computer simulations have proven that the Neighbour Joining methodologies offer a more precise understanding of evolutionary rates of change.

Redação ensaio #6 (19/05/2017)

Publico alvo: Alunos de graduação.
Maximum likelihood methods consider that the best hipothesis for a given set of data will be the hipothesis that makes the observed results the most correct (Felsenstein, 1988). Such methods incorporate evolutionary models to analyse the data with a different rate of substitution for each base pair mutation (Felsenstein, 1988). Depending on the arrangement of the different nucleotides, different models will adjust more or less to our data set (Yang, 1997). These methods may be very slow depending on the accuracy of the analysis, the dimensions of the set of data and the computational capacity used (Holder & Lewis, 2003). Now a days, maximum likelihood methods are one of the main methods used to develop molecular phylogenies, together with bayesian methodologies.

Bibliography:
· Felsenstein, J. (1988). Phylogenies from molecular sequences: inference and reliability. Ann. Rev. Genel. 22: 521-65.
· Holder, M. & Lewis, P. O. (2003). Phylogeny estimation: traditional and bayesian approaches. Nature Publishing Group. 4: 275-284.
· Howe, K., Bateman, A. & Durbin, R. (2002). QuickTree: building huge Neighbour-Joining trees of protein sequences. Bioinformatics. 18 (11): 1546-1547.
· O'Hara, R. J. (1993). Systematic Generalization, Historical Fate, and the Species Problem. Systematic Biology. 42 (3): 231-246.
· Saitou, N. & Nei, M. (1987). The neighbor-joining method: a new method for reconstructing phylogenetic trees. Mol Biol Evol. 4 (4): 406-425.
· Yang, Z. (1997). PAML: a program package for phylogenetic analysis by maximum likelihood. Cabios Applications Note. 13 (5): 555-556.

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