Juan Manuel Vidal

Ensaio 01

Será que podemos considerar os mecanismos de reparação que acontecem durante a replicação como um processo adaptação no nível molecular?
Uma adaptação, em termos biológicos, pode ser entendida como uma melhora que por seleção natural lhe permite a um organismo determinado manter-se com maior sucesso durante o tempo. Sob essa definição, os mecanismos de reparação de erros durante a replicação, lhe permitem aos organismos que os possuem, manter a estabilidade de seu material hereditário e, portanto, perdurar mais no tempo.
De fato, se considerarmos os mecanismos de reparo como uma adaptação e lhes compararmos com adaptações morfológicas clássicas como o mimetismo, podemos avaliar como semelhantes o fato de ambos mecanismos oferecer uma vantagem, ambos introduzindo modificações e ambos se amoldando a condições adversas. Talvez, o que diferencia os mecanismos de reparo de outro tipo de adaptações tanto morfológicas, fisiológicas ou etológicas e o fato destas últimas serem estáticas, entanto que as primeiras são dinâmicas, pois os mecanismos de reparo agem dependendo do tipo de mutação que seja inserida durante o processo de replicação.

Correção por Bruno F. Lima (24/03): Olá Juan. Seguindo os critérios que o Daniel comentou em aula sobre escrita científica, identifico alguns problemas no seu ensaio.
1) Acredito que não é muito bom começar o ensaio com uma pergunta; pode ser interessante para introduzir a questão, mas não é o ideal para a escrita científica.
2) Suas frases ficaram muito longas. É difícil acompanhar o seu raciocínio. Tenho o mesmo problema haha.
3) Há repetição de muitas palavras (por exemplo, na seguinte sentença: "…ambos mecanismos oferecer uma vantagem, ambos introduzindo modificações e ambos se amoldando a condições adversas." Há muita repetição da palavra "ambos").
4) Não entendi a ideia que você quis passar no final do seu ensaio, quando você diz que alguns tipos de adaptação são "dinâmicas" enquanto outras são "estáticas".
5) Por fim, alguns erros de português podem ser encontrados pelo seu texto.
Um ponto positivo é que achei que seu ensaio bem interessante e a ideia que você traz nele é bem inovadora, no meu entender.
Espero ter ajudado.
Atenciosamente, Bruno
PS: Obrigado pelas dicas no meu ensaio!

Ensaio 02

A teoria neutra da evolução molecular afirma que a maior parte das mutações fixadas no genoma vêm dadas por um processo estocástico mais do que determinístico. Essa proposta tem repercussões tanto epistemológicas quanto práticas. Epistemologicamente a teoria nos força a pensar na diversidade de alelos fixos numa população como sendo o produto de acontecimentos probabilísticos mais do que por forças de seleção natural. Isso levado à pratica da reconstrução histórica não só favorece como também exige que seja feito um tratamento estatístico dos dados que serão utilizados para tal reconstrução. Embora essa pratica tenha trazido vantagens quando é utilizada informação molecular, quando os dados vêm de caracteres morfológicos o tratamento estocástico se dificulta. Essa dificuldade é produto da impossibilidade de designar um espaço amostral que permitam fazer inferência estatística.


Correção ensaio (17/03/2017)

Hola Juan Manu,

- Eu acho que na primeira frase … vêm dadas por um processo estocástico mais do que determinístico, você queria dizer que é só estocástico, se não me engano, também precisei de ler a seguinte frase para compreende-la melhor … acontecimentos probabilísticos mais do que por forças de seleção natural… A construção da frase está certa e é atraente para o leitor.
- Tal vez você poderia ter desenvolvido mais a ideia de estatístico dos dados que serão utilizados para tal reconstrução… só para complementar e assim, reforçar a ideia.
- A dificuldade do tratamento estadístico dos dados morfológicos está bem explicado, mas acho que isso é independente da teoria neutra. A teoria Neutra compromete nosso entendimento da evolução e com certeza também o trabalho ao nível morfológico, mas não precisamente pelo tratamento dos dados. Acho que não entendi direito essa parte, você poderia esclarecer em um futuro.

Obrigada pelas suas correções!
Ángela Márquez

Ensaio 03

Seleção, deriva e tamanho da população.
O conceito de tamanho efetivo da população faz referência à variação do impacto que os processos de deriva e de seleção natural tem numa população com herança mendeliana de acordo com seu tamanho (Wright, 1931). Assim por exemplo, para uma população de grande tamanho o efeito que exerce a deriva genética é pequeno, mas para populações de tamanhos menores o seu efeito é muito forte. Já no caso da seleção natural seu efeito é o contrário, isto é, para populações de grande tamanho o efeito da seleção é grande entanto que para populações com poucos indivíduos seu efeito é baixo. A condição de dependência que os processos evolutivos de seleção e deriva tem com respeito ao tamanho da população, traz importantes implicações nas reconstruções históricas baseadas em diferenças genotípicas. Para diferenciar espécies segundo suas divergências no genoma, não é suficiente identificar os processos que geraram ditas diferencias, mas é imprescindível também levar a consideração o tamanho efetivo da população.

Referências
Wright, S. Evolution in Mendelian population. Genetics 16, 97-159 (1931)
Público alvo: Estudantes de graduação

Ensaio 05

A reconstrução filogenética tenta definir as relações evolutivas entre os organismos (Bock, W. 2004). O surgimento das diferentes metodologias utilizadas no processo da reconstrução, tentam refletir os princípios conceituais e filosóficos a partir dos quais são abordados os problemas das relações evolutivas. Apesar dessa tentativa de reflexo, as limitações impostas pelo poder de analise computacional dos dados podem influenciar de forma muito mais forte o desenvolvimento dos métodos de reconstrução. Essas limitações não nasceram a partir das revoluções tecnológicas do chamado “Big Data” (Boyd e Crawford, 2011), pois já estavam presentes desde o desenvolvimento dos primeiros métodos de reconstrução. No entanto, as tendências atuais a obter grandes quantidades de dados (Boyd e Crawford, 2011) podem fazer com que as implicações conceituais e filosóficas dos métodos de reconstrução sejam cada vez mais negligenciadas.

Referências
Bock, W.J. (2004). Explanations in systematics. Pp. 49-56. In Williams, D.M. and Forey, P.L. (eds) Milestones in Systematics. London: Systematics Association Special Volume Series 67. CRC Press, Boca Raton, Florida.
Boyd, D; Crawford, K (September 21, 2011). "Six Provocations for Big Data". Social Science Research Network: A Decade in Internet Time: Symposium on the Dynamics of the Internet and Society. doi:10.2139/ssrn.1926431.

Correção do ensaio por Victor Calvanese
Texto bastante coerente e com sentenças curtas, como recomendado pelo professor. Em minha opinião faltou apenas uma conclusão mais elaborada sobre as ideias apresentadas (que por sinal foram muito bem referenciadas)

Ensaio 06

Realidade, modelo e parâmetro

A inferência estatística é um processo de dedução das propriedades subjacentes de uma população estatística também chamada de distribuição (). Essas propriedades, que são definidas como os parâmetros da distribuição, podem ser obtidos por diversos métodos. Em termos estatísticos o método de máxima verossimilhança (maximum likelihood) é um pouco diferente das aproximações mais comuns baseadas em frecuencias. Nesta última aproximação o ênfase é dado na frequência de aparição dos dados para estimar os parâmetros. Entanto que na máxima verossimilhança os parâmetros são estimados a partir de um modelo utilizado para procurar o valor do parâmetro que maximiza a semelhança de obter as mesmas observações. No contesto da sistemática filogenética cada posição de uma sequência de DNA constitui o dado, e o modelo esta constituido pelas taxas de substituição dos nucleotídeos. É essa linha de pensamento a que pode ser descrita como realidade - modelo - parâmetro.

PD:

Tenho o dado, faço o modelo (não relacionado com o dado) e estimo o parâmetro para o modelo que não esta relacionado com a realidade? ou, faço o modelo, estimo os parâmetros do meu modelo e contrasto com a realidade? ou nenhuma das anteriores?
Entendo como funciona o método sendo usuário mas na hora de entender porque esse e não outro, vi que não entendi nada. As perguntas que me fez lá encima só tem suporte na minha ignorância, e mostram que eu não entendi muito bem a diferença. Até que ponto ser só usuário me ajuda e até onde me atrapalha? :(

Correção por Camila Chabi (26.05.17)

Escrita direta e sucinta. Mas vou apontar alguns itens, principalmente pontos que o Prof sempre enfoca:
1- Escolha um publico alvo para seu texto;
2- Acredito que você esqueceu de colocar referencias em algumas citações suas;
3- Compreendo sua deficiência em escrever em português, assim como teria se escrevesse em espanhol, mas vou apontar alguns erros: "frecuencias", correto "frequências "; " o ênfase" , correto " a ênfase"; "Entanto que na máxima verossimilhança", ficou estranho, poderia ser "No entanto, na máxima verossimilhança"; "contesto", correto "contexto";
4- Após essa aula acredito que o termo modelo e e parâmetro ficaram mais palpáveis, parâmetros são diferentes itens que devem ser computados ou não para a seleção do modelo. Quanto menor o numero de parâmetros, mais simples será o modelo. Sendo que o modelo de substituição pode ser selecionado automaticamente ou feito mais detalhadamente, com base em cada parâmetro. A aplicação do modelo pelo programa de reconstrução leva a mais provável foto da realidade, como base naquele mundo de possibilidades (não se se te ajudei!)

Ensaio 07

Modelos

No contexto das reconstruções filogenéticas a estimativa do modelo não faz referência à optimização do modelo por meio do cálculo dos seus parâmetros, mas sim à identificação de quais parâmetros devem ser incluídos no modelo. Dentro de qualquer modelo que trabalhe com dados nucleotídeos os primeiros parâmetros que devem ser testados para sua inclusão têm haver com a taxa de substituições dos nucleotídeos. Para isso, é utilizado teste de hipótese onde a hipótese nula é aquela na qual as substituições do tipo transições são mais simples do que as transversões e, portanto, assume-se essa como hipótese nula. Porém, isso não é uma regra pois dependendo dos grupos biológicos específicos as transversões podem ter uma grande ocorrência. Assim, a decisão de qual pode ser a hipótese nula dependerá do conjunto de dados específicos. Outros tipos de parâmetros importantes a se testar para sua inclusão, são a presença dos sítios invariáveis que podem acontecer por exemplo por causa de sítios ativos em proteínas; ou a variação entre sítios, conhecido como o parâmetro gamma que faz referência à variação nas posições do códon.
No final, esse e outros parâmetros são utilizados para testar por meio de máxima verossimilhança qual árvore reflete melhor os dados e portanto qual modelo é melhor para depois fazer a reconstrução filogenética.

Comentários:
De modo geral, achei o texto bom. O inicio ficou um pouco confuso para mim, mas do meio por fim está mais claro.
Achei sua frase tópico um pouco confusa, talvez por começar com uma negação e depois explicar o que é. Sugiro reescrever de uma maneira mais direta.
Tenha um pouco de cuidado com palavras repetidas na mesma frase, por exemplo, na terceira frase você repete a palavra hipótese três vezes. Essa mesma frase também ficou um pouco longa, talvez ficasse melhor dividi-la.
Uma única dica de português: a palavra "haver" vem do verbo existir. Acho que você queria usar no sentido de ter uma relação com, dai o correto seria "a ver".

Ensaio 08

Busca eficiente de arvores

Em sistemática filogenética a obtenção do melhor, ou dos melhores arvores, é uma característica altamente desejável. Garantir essa condição implica necessariamente fazer uma busca exaustiva dentro do espaço total de arvores possíveis. Porém, dado que esse espaço aumenta de maneira exponencial segundo o aumento de táxons terminais (Giribert, 2007), a possibilidade de uma solução ótima converte-se num problema computacional conhecido como NP-complexo. Em termos simples, e aplicado à área da sistemática, um problema NP-complexo significa que achar a melhor arvore não é possível em tempo polinomial (Papadimitriou, 2003). Frente a essa impossibilidade, o desenvolvimento de critérios de optimalidade são a única solução possível, pelo menos para os recursos computacionais com os que contamos na atualidade. Assim, os critérios de optimalidade atuam por meio de uma série de atalhos que limitam as regiões de busca dentro do espaço de arvores. Essa estratégia garante uma solução próxima da solução real num tempo computacionalmente possível. A utilização de algoritmos de optimização faz parte de todo o processo de busca, pois embora os métodos mais conhecidos como o TBR e o SBP são geralmente considerados os exemplos principais de optimização, na verdade, eles agem depois de um primeiro critério de redução do espaço de busca. Esse primeiro critério pode ser a construção de uma arvore de Wagner ou de uma arvore de distancias, os quais também funcionam como redutores do espaço e permitem um ponto de partida dos outros algoritmos. Em definitiva, a utilização de critérios de optimalidade são uma ferramenta fundamental para o tratamento dos dados em reconstruções filogenéticas e eles cobram ainda maior importância visto que a quantidade de dados genômicos disponíveis para reconstrução filogenética é cada vez maior.

Referências

Giribet, G. (2007). Efficient tree searches with available algorithms. Evolutionary Bioinformatics, 3.
Papadimitriou, C. H. (2003). Computational complexity (pp. 260-265). John Wiley and Sons Ltd..

Comentários por Edgar:
- Segundo as sugestões do professor; seria bom quebrar algumas sentencias ou tirar palavras que não prejudiquem o sentido da ideia para ficar com frases mais curtas (p. ex.“A utilização… espaço de busca”” Em definitiva…cada vez maior”).
- Quando eu penso em critério de optimalidade eu penso em parcimônia ou likelihood, e não em um sinônimo de métodos para a busca do melhor arvore (talvez seriam métodos de otimização da busca?). Assim, em algumas partes do texto (p. ex. em: “Assim, os critérios de optimalidade atuam por meio de uma série de atalhos que limitam as regiões de busca dentro do espaço de arvores.”) não usaria a frase “critérios de optimalidade”, mas sem algo do tipo “métodos de otimização da busca”.
- Desconheço se SBP seja outro método para a busca da melhor árvore ou se você quis dizer SPR. Só conferir.

De maneira geral achei o texto claro e fácil de entender. Também, gostei da ordem em que você colocou suas sentencias. Foi um texto legal!

Ensaio 09

Relógio molecular

A descoberta de que existem taxas de variação constantes ao nível molecular deram grandes luzes para entender o processo de variabilidade entre indivíduos e qual era seu impacto na evolução e na diversificação das espécies. Uma linha de evidencia de que as substituições de base se acumulam a taxas relativamente constantes surgiu de comparações de proteínas e de aminoácidos de espécies que continham registro fóssil (Zuckerkandl & Pauling. 1965). Os ungulados são uns dos melhores exemplos deste grupo taxonômico. Porém, a validade geral da teoria neutra não é mais aceita dado que foi observado que para grandes períodos de tempo essas taxas de variação, inicialmente constantes, sofrem variações não lineares e dependentes tanto do tipo especifico de gene avaliado como dos grupos taxonômicos estudados. Apesar disso, a teoria do relógio molecular deu suporte às descobertas de Kimura (Kimura, 1968) e permitiu estabelecer a teoria neutra da evolução molecular. No entanto sua funcionalidade no processo de reconstrução filogenética deve ser considerada caso a caso, geralmente funcionando para grupos taxonômicos próximos e com genes bem estabelecidos como por exemplo Citocromo Oxidasa I (COI). Nesse caso particular, as taxas de divergência são muito similares entre grupos irmãos e com pouco tempo de divergência.

Referencias
Kimura, M. (1968). «Evolutionary Rate at the Molecular Level». Nature 217: 624-626.
Zuckerkandl, E., y Pauling, L. (1965). Evolutionary divergence and convergence in proteins, pp. 97–166 in Evolving Genes and Proteins, edited by V. Bryson and H. J. Vogel. Academic Press, New York.

Ensaio 10

Ensaio autoavaliação

Em primeiro lugar, quero ressaltar que tendo feito já várias disciplinas durante meu mestrado e começo do Doutorado, que vejo a possibilidade de fazer uma autoavaliação. Considero esse tipo de processos de grande importância para a melhoria da forma de ministrar uma disciplina e como reflexão das habilidades e dificuldades identificadas por nós mesmos. Com respeito à disciplina em si, acho que os conteúdos estão acorde ao propósito da disciplina e que a estratégia de manter literatura previa às aulas facilita muito a discussão durante a mesma. Teve uma aula onde não foi dada uma base de literatura específica, e nessa aula especifica sentia-me um pouco perdido, situação que também aparecia quando nas discussões tinha alguns colegas com um maior “background” em temas de sistemática molecular. Achei uma boa estratégia a divisão das aulas em tarefas diferentes e com tempos definidos.

Com respeito a meu desempenho durante o curso, acho que foi muito bom. Inicialmente foi difícil para mim fazer os ensaios nos tempos definidos, mas com o passo do tempo fui ganhando um pouco mais de habilidades tanto para terminar os ensaios no tempo, quanto para tomar as sugestões do professor e aplicá-las aos meus escritos. Assisti a todas as aulas e considerei seriamente o desenvolvimento do tema da exposição: Trabalhamos em grupo, fazendo mais de uma reunião com os colegas do tema e definindo juntos o conteúdo que queríamos passar durante os 15 minutos de apresentação. Por todo o anterior minha autoavaliação é: 1

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