Juan Manuel Vidal

Ensaio 01

Será que podemos considerar os mecanismos de reparação que acontecem durante a replicação como um processo adaptação no nível molecular?
Uma adaptação, em termos biológicos, pode ser entendida como uma melhora que por seleção natural lhe permite a um organismo determinado manter-se com maior sucesso durante o tempo. Sob essa definição, os mecanismos de reparação de erros durante a replicação, lhe permitem aos organismos que os possuem, manter a estabilidade de seu material hereditário e, portanto, perdurar mais no tempo.
De fato, se considerarmos os mecanismos de reparo como uma adaptação e lhes compararmos com adaptações morfológicas clássicas como o mimetismo, podemos avaliar como semelhantes o fato de ambos mecanismos oferecer uma vantagem, ambos introduzindo modificações e ambos se amoldando a condições adversas. Talvez, o que diferencia os mecanismos de reparo de outro tipo de adaptações tanto morfológicas, fisiológicas ou etológicas e o fato destas últimas serem estáticas, entanto que as primeiras são dinâmicas, pois os mecanismos de reparo agem dependendo do tipo de mutação que seja inserida durante o processo de replicação.

Correção por Bruno F. Lima (24/03): Olá Juan. Seguindo os critérios que o Daniel comentou em aula sobre escrita científica, identifico alguns problemas no seu ensaio.
1) Acredito que não é muito bom começar o ensaio com uma pergunta; pode ser interessante para introduzir a questão, mas não é o ideal para a escrita científica.
2) Suas frases ficaram muito longas. É difícil acompanhar o seu raciocínio. Tenho o mesmo problema haha.
3) Há repetição de muitas palavras (por exemplo, na seguinte sentença: "…ambos mecanismos oferecer uma vantagem, ambos introduzindo modificações e ambos se amoldando a condições adversas." Há muita repetição da palavra "ambos").
4) Não entendi a ideia que você quis passar no final do seu ensaio, quando você diz que alguns tipos de adaptação são "dinâmicas" enquanto outras são "estáticas".
5) Por fim, alguns erros de português podem ser encontrados pelo seu texto.
Um ponto positivo é que achei que seu ensaio bem interessante e a ideia que você traz nele é bem inovadora, no meu entender.
Espero ter ajudado.
Atenciosamente, Bruno
PS: Obrigado pelas dicas no meu ensaio!

Ensaio 02

A teoria neutra da evolução molecular afirma que a maior parte das mutações fixadas no genoma vêm dadas por um processo estocástico mais do que determinístico. Essa proposta tem repercussões tanto epistemológicas quanto práticas. Epistemologicamente a teoria nos força a pensar na diversidade de alelos fixos numa população como sendo o produto de acontecimentos probabilísticos mais do que por forças de seleção natural. Isso levado à pratica da reconstrução histórica não só favorece como também exige que seja feito um tratamento estatístico dos dados que serão utilizados para tal reconstrução. Embora essa pratica tenha trazido vantagens quando é utilizada informação molecular, quando os dados vêm de caracteres morfológicos o tratamento estocástico se dificulta. Essa dificuldade é produto da impossibilidade de designar um espaço amostral que permitam fazer inferência estatística.


Correção ensaio (17/03/2017)

Hola Juan Manu,

- Eu acho que na primeira frase … vêm dadas por um processo estocástico mais do que determinístico, você queria dizer que é só estocástico, se não me engano, também precisei de ler a seguinte frase para compreende-la melhor … acontecimentos probabilísticos mais do que por forças de seleção natural… A construção da frase está certa e é atraente para o leitor.
- Tal vez você poderia ter desenvolvido mais a ideia de estatístico dos dados que serão utilizados para tal reconstrução… só para complementar e assim, reforçar a ideia.
- A dificuldade do tratamento estadístico dos dados morfológicos está bem explicado, mas acho que isso é independente da teoria neutra. A teoria Neutra compromete nosso entendimento da evolução e com certeza também o trabalho ao nível morfológico, mas não precisamente pelo tratamento dos dados. Acho que não entendi direito essa parte, você poderia esclarecer em um futuro.

Obrigada pelas suas correções!
Ángela Márquez

Ensaio 03

Seleção, deriva e tamanho da população.
O conceito de tamanho efetivo da população faz referência à variação do impacto que os processos de deriva e de seleção natural tem numa população com herança mendeliana de acordo com seu tamanho (Wright, 1931). Assim por exemplo, para uma população de grande tamanho o efeito que exerce a deriva genética é pequeno, mas para populações de tamanhos menores o seu efeito é muito forte. Já no caso da seleção natural seu efeito é o contrário, isto é, para populações de grande tamanho o efeito da seleção é grande entanto que para populações com poucos indivíduos seu efeito é baixo. A condição de dependência que os processos evolutivos de seleção e deriva tem com respeito ao tamanho da população, traz importantes implicações nas reconstruções históricas baseadas em diferenças genotípicas. Para diferenciar espécies segundo suas divergências no genoma, não é suficiente identificar os processos que geraram ditas diferencias, mas é imprescindível também levar a consideração o tamanho efetivo da população.

Referências
Wright, S. Evolution in Mendelian population. Genetics 16, 97-159 (1931)
Público alvo: Estudantes de graduação

Ensaio opcional

Conceito biológico e tipológico de espécie

A evolução lida com a mudança no espaço e no tempo dos organismos (Mayr, 1942). Portanto uma definição de um conceito de espécie como unidade dos estudos evolutivos é fundamental (Mayr, 2001). Para Mayr (2001), as varias definições no conceito de espécie tem gerado ampla confusão, principalmente no que diz respeito do trabalho taxonômico. O conceito taxonômico de espécie comummente utilizado no trabalho taxonômico é conhecido como conceito tipológico; segundo esse conceito, as espécies podem ser definidas segundo sua variação morfológica. Essa definição fera confusão pois em termos evolutivos esse conceito não inclui a característica básica de reprodução e isolamento os quais são considerados por Mayr (1998) como definitorias do conceito de espécie. Segundo ele (Mayr, 1998) o conceito tipológico não é mais do que uma abstração que facilita o trabalho taxonômico, mas que dificilmente reflete as variações espaço-temporal que caracteriza a evolução dos organismos.
Embora o conceito tipológico ou morfológico seja em muitos casos útil na separação de espécies, grande cuidado deve se ter para espécies cripticas ou espécies de grande variação morfológica

Referências

Mayr, E. (1942). Systematics and the origin of species, from the viewpoint of a zoologist. Harvard University Press.

Mayr, E. (1998). This is biology: the science of the living world. Harvard University Press.

Mayr, E. (2001). What Evolution Is. Basic Books. New York. ISBN 0-465-04426-3

Ensaio 4

Pensamento de árvore reflete o No contexto da sistemática filogenética o pensamento de árvore implica uma re-observação das árvores filogenéticas onde as espécies são entendidas como uma parte constituinte da árvore e não como uma réplica ou grupo que pode ser enxergado de modo totalmente independente dentro da árvore (O´Hara, R. 1997). Segundo O´Hara (1997) esse tipo de pensamento que contrasta com abordagens do tipo grupais ou de desenvolvimento, é a contraparte na sistemática filogenética ao que o pensamento populacional (Mayr, E. 1997) é na biologia evolutiva.
Para mim, no entanto, o pensamento da árvore não é uma contraparte ou um equivalente ao pensamento populacional e sim uma aplicação do pensamento populacional na metodologia das reconstruções históricas. Apoio minha sugestão nas seguintes ideias:
1. O pensamento populacional, mais do que o pensamento da árvore, marcou uma mudança na forma de entender todo o processo evolutivo. Ele é considerado por Mayr (2001) como uma ideia fundamental na teoria evolutiva atual.
2. A crítica principal do pensamento da árvore é contra o modo de pensamento grupal e de desenvolvimento os quais são por sua vez formas diferentes do pensamento essencialista ou tipológico para os quais o pensamento populacional já oferece uma desconstrução.

Mayr, E. (1997). Evolution and the diversity of life: Selected essays. Harvard University Press.
Mayr, E. (2001). The philosophical foundations of Darwinism. Proceedings of the American Philosophical Society, 145(4), 488-495.
O'Hara, R. J. (1997). Population thinking and tree thinking in systematics. Zoologica scripta, 26(4), 323-329.

Ensaio 5

A reconstrução filogenética tenta definir as relações evolutivas entre os organismos (Bock, W. 2004). O surgimento das diferentes metodologias utilizadas no processo da reconstrução, tentam refletir os princípios conceituais e filosóficos a partir dos quais são abordados os problemas das relações evolutivas. Apesar dessa tentativa de reflexo, as limitações impostas pelo poder de analise computacional dos dados podem influenciar de forma muito mais forte o desenvolvimento dos métodos de reconstrução. Essas limitações não nasceram a partir das revoluções tecnológicas do chamado “Big Data” (Boyd e Crawford, 2011), pois já estavam presentes desde o desenvolvimento dos primeiros métodos de reconstrução. No entanto, as tendências atuais a obter grandes quantidades de dados (Boyd e Crawford, 2011) podem fazer com que as implicações conceituais e filosóficas dos métodos de reconstrução sejam cada vez mais negligenciadas.

Referências
Bock, W.J. (2004). Explanations in systematics. Pp. 49-56. In Williams, D.M. and Forey, P.L. (eds) Milestones in Systematics. London: Systematics Association Special Volume Series 67. CRC Press, Boca Raton, Florida.
Boyd, D; Crawford, K (September 21, 2011). "Six Provocations for Big Data". Social Science Research Network: A Decade in Internet Time: Symposium on the Dynamics of the Internet and Society. doi:10.2139/ssrn.1926431.

Correção do ensaio por Victor Calvanese
Texto bastante coerente e com sentenças curtas, como recomendado pelo professor. Em minha opinião faltou apenas uma conclusão mais elaborada sobre as ideias apresentadas (que por sinal foram muito bem referenciadas)

Ensaio 6

Realidade, modelo e parâmetro

A inferência estatística é um processo de dedução das propriedades subjacentes de uma população estatística também chamada de distribuição (). Essas propriedades, que são definidas como os parâmetros da distribuição, podem ser obtidos por diversos métodos. Em termos estatísticos o método de máxima verossimilhança (maximum likelihood) é um pouco diferente das aproximações mais comuns baseadas em frecuencias. Nesta última aproximação o ênfase é dado na frequência de aparição dos dados para estimar os parâmetros. Entanto que na máxima verossimilhança os parâmetros são estimados a partir de um modelo utilizado para procurar o valor do parâmetro que maximiza a semelhança de obter as mesmas observações. No contesto da sistemática filogenética cada posição de uma sequência de DNA constitui o dado, e o modelo esta constituido pelas taxas de substituição dos nucleotídeos. É essa linha de pensamento a que pode ser descrita como realidade - modelo - parâmetro.

PD:

Tenho o dado, faço o modelo (não relacionado com o dado) e estimo o parâmetro para o modelo que não esta relacionado com a realidade? ou, faço o modelo, estimo os parâmetros do meu modelo e contrasto com a realidade? ou nenhuma das anteriores?
Entendo como funciona o método sendo usuário mas na hora de entender porque esse e não outro, vi que não entendi nada. As perguntas que me fez lá encima só tem suporte na minha ignorância, e mostram que eu não entendi muito bem a diferença. Até que ponto ser só usuário me ajuda e até onde me atrapalha? :(

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