Juliano Mimura Cortez

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Juliano, favor corrigir sua sintaxe abaixo. Apagar esta mensagem depois.

Ensaio1

O modelo que estrutura o dogma central da biologia molecular é baseado na descoberta de que 4 tipos diferentes de nucleotídeos formando trincas em 64 combinações possíveis determinam a ordem em que os aminoácidos aparecem em uma estrutura polipeptídica. Sendo assim partindo-se de uma sequencia de nucleotídeos em uma fita de DNA projeta-se a sequencia de aminoácidos em uma cadeia polipeptídica (ou uma proteína caso a sequencia no DNA corresponda a um gene).
A partir das 64 combinações possíveis dos 4 nucleotídeos 3 a 3, podemos associar pelo menos 20 aminoácidos diferentes. Sendo que um mesmo aminoácido pode estar relacionado a combinações diferentes. E também uma mesma combinação pode estar associada a um aminoácido diferente como é o caso do triptofano que em algumas bactérias pode ser codificado por uma combinação ou códon que no código genético em geral estabelece o fim do procedimento de tradução (códon de parada). Nesse exemplo do triptofano observa-se que a universalidade proposta no código inicialmente não deve ser aplicada em todos os casos e que modelos podem divergir entre os diferentes organismos e suas peculiaridades. Sendo assim, a analise filogenética baseada no dogma central deve procurar considerar a possibilidade de tais características divergirem em seus modelos e ferramentas de calculo afim de obter uma reconstrução satisfatória das relações filogenéticas.

Comentário Giulia

Acho que o dogma abrange mais coisas do que o que você menciona na primeira frase do texto. Poderia talvez simplificar essa frase.
No segundo parágrafo você dividiu as idéias com pontos finais, mas ela ainda parece uma frase única ("A partir das 64 combinações possíveis dos 4 nucleotídeos 3 a 3, podemos associar pelo menos 20 aminoácidos diferentes. Sendo que um mesmo aminoácido pode estar relacionado a combinações diferentes. E também uma mesma combinação pode estar associada a um aminoácido diferente como é o caso do triptofano…"). Ficou um pouco confuso
Acho que faltaram umas vírgulas talvez (tipo aqui: Nesse exemplo do triptofano, observa-se que a universalidade proposta…)
Gostei dos pontos que foram levantados e do encadeamento das idéias.
O ponto central do seu ensaio é sobre o uso do dogma em reconstruções ou do dogma em si? Talvez pudesse ter aparecido um pouco antes as recontruções.

Ensaio2

Vies de códons descreve o fenômeno em que as variantes do código genético universal de espécies diferentes são usados com frequência variável. Aparentemente certos códons do código são utilizados de um modo preferido e aparecem com maior frequência em certos indivíduos que outros. Determinar a frequência dos diferentes códons presentes ao final determina a concentração de tRNA dentro da célula. A utilização de codons desempenha um papel importante na regulação da biossíntese de proteínas. Códons raramente usados podem retardar a tradução, enquanto códons utilizados com frequência podem acelerar a tradução. Portanto é natural observar que genes de alta expressão apresentam os maiores vieses de códon.

Comentario

Sua escrita e clara e simples, parabéns. Ainda acho que pode simplificar ou quebrar suas frases. Por exemplo, sua primeire sentença:

Vies de códons descreve o fenômeno em que as variantes do código genético universal de espécies diferentes são usados com frequência variável.

Pode se simplificar (sugestão):

Vies de códons descreve como as variantes do código genético universal acontecem.

E pode ligar mas adiante o negócio das frequências variávels com o conceito de códons.

Também podería melhorar um pouco a conexão entre as frases, para que as ideias fiquem menos isoladas. Além disso não tenho comentarios.

Bom trabalho!

(Comentario por Juan Jiménez)

++Ensaio 3

O ponto mais importante da teoria neutralista é que quando vemos várias versões de um gene em uma população, é possível que suas frequências estejam ali apenas por deriva.
A teoria neutra não sugere que a deriva explique todas as trocas evolutivas. A seleção natural também é necessária para explicar a adaptação. No entanto, é possível que as adaptações observadas nos organismos necessitem apenas de uma pequena proporção de todas as trocas evolutivas que ocorrem atualmente no DNA. A teoria neutra pressupõe que a evolução no nível do DNA e das proteínas, mas não a adaptação, seja dominada por processos estocásticos. A maior parte da evolução no nível molecular seria, então, não adaptativa. Caso exista uma ampla classe de mutações aproximadamente neutras, a taxa de evolução flutuará com o tempo, quando o tamanho populacional aumentar ou diminuir. Ou seja, à medida que o tamanho populacional diminui, mais mutações levemente desvantajosas irão tornar-se efetivamente neutras. Elas também poderão ser fixadas, no caso, por deriva, e a taxa de evolução irá aumentar. Quando o tamanho populacional aumenta, as mutações levemente desvantajosas serão eliminadas por seleção e a taxa de evolução irá diminuir.

Comentário:

O texto está bom e escrito seguindo uma sequencia logica. De maneira geral, as frases estão curtas e transmitem a ideia.

A sentença tópico poderia ser um pouco mais direta. Na sequencia, sua segunda frase está focada no que a deriva não explica. Acredito que ficaria melhor começar a abordagem com as informações que ela explica e se pertinente, explicar suas lacunas e outros pontos de vista posteriormente.

Algumas das sentenças poderiam ser mais curtas e estruturadas de outra maneira para facilitar a compreensão.

Acho que faltou uma conclusão para finalizar o ensaio.

++ensaio 4
A teoria coalescente é baseada em um modelo estocástico retrospectivo de genética populacional e relaciona a diversidade genética em uma amostra com a história demográfica da população da qual foi amostrada. É um modelo que mostra o efeito da deriva genética, vista para trás no tempo. Compreende uma avaliação probabilística da variação no tempo da ascendência comum de alelos em uma amostra relativamente pequena de indivíduos. Isso inclui a consideração de todos os caminhos de herança através dos quais as cópias amostradas de um elemento de DNA homólogo são rastreadas até uma única cópia ancestral, conhecida como o Ancestral comum mais recente (MRCA) ou coancestral. As relações de herança entre os alelos são tipicamente representadas como uma genealogia, ou árvore genética, semelhante à forma de uma árvore filogenética.
Compreender as propriedades estatísticas da teoria coalescente sob diferentes pressupostos constitui sua base. Devido à recombinação, diferentes loci de genes seguem caminhos diferentes de ascendência, resultando em diferentes genealogias. A teoria coalescente não assume nenhuma recombinação, nenhuma seleção natural e nenhum fluxo de genes na estrutura populacional. A genealogia é independente do processo mutacional, de tal forma que mudanças na sequência do DNA não afetam a herança e podem ser consideradas separadamente (mesmo que todas as cópias dos genes sejam idênticas na seqüência, elas não estão igualmente relacionadas na árvore gênica). Sob este modelo, o tempo esperado entre sucessivos eventos de coalescência, pelo qual duas cópias de genes surgem de uma única cópia ancestral, aumenta quase exponencialmente no tempo (com grande variação).
Avanços na teoria coalescente devem incluir recombinação, seleção e praticamente qualquer modelo evolutivo ou demográfico arbitrariamente complexo na análise genética populacional.

Correção: Victor Calvanese
Texto muito bom entretanto algumas sentenças estão ainda demasiadamente longas. Senti falta de referências bibliográficas, já que grande quantidade de informação é fornecida. Achei a conclusão (última linha) um pouco confusa.

++ensaio 5
Os métodos de análise filogenética estão na base dos estudos de classificação mais modernos. Construir uma arvore filogenética mesmo com base em características morfológicas se torna uma tarefa mais simples quando utilizamos ferramentas computacionais desenvolvidas para esta finalidade. Porém, nem sempre os modelos e algoritmos utilizados são simples de compreender, pois envolvem, muitas vezes, conceitos matemáticos avançados e certa abstração, além de métodos de informática e bastante estatística.
Por exemplo, no caso de como escolher entre tantas possibilidades uma única árvore filogenética que represente, da melhor maneira possível, as relações históricas dos indivíduos em análise.
Em métodos de construção de árvores filogenéticas uma maneira seria, por exemplo, utilizar o conceito de Parcimônia, que assume que o mais simples é também o que maior chance apresenta de ser o correto. Assumindo a Parcimônia é possível desenvolver um algorítimo que encontra a árvore mais simples. Mas o que seria o mais simples? No caso de uma arvore construída a partir de características morfológicas, o mais simples seria representado em uma árvore onde as características morfológicas relevantes escolhidas apareçam o menor número de vezes possível.
Esse exemplo somente ilustra como seria fundamental assumir determinadas "verdades" ou generalizações na construção de modelos e como alguns conceitos e métodos já pre-estabelecidos facilitam essa elaboração.

Comentários Flávia
Gosto do tamanho das frases e da forma como o conteúdo foi colocado. Cuidado com algumas palavras como 'bastante', que não acho muito apropriada pois não passa a ideia de algo mensurável. Por fim, um pouco mais de atenção à construção das frases, dos conectores de palavras que faltam em algumas.

++ensaio 6

O clustering baseado em conectividade é uma família inteira de métodos que diferem pelo modo como as distâncias são computadas. Além da escolha usual de funções de distância, o usuário também precisa decidir sobre o critério de vinculação para usar (uma vez que um cluster consiste de vários objetos, existem vários candidatos para calcular a distância). As escolhas populares são conhecidas como clustering de ligação simples (o mínimo de distâncias de objetos), clustering de ligação completo (o máximo de distâncias de objeto) ou UPGMA ("Método de Grupo de Pares Não Ponderado com Média Aritmética"). Além disso, o agrupamento hierárquico pode ser aglomerado (começando com elementos únicos e agregando-os em clusters) ou divisivo (começando com o conjunto de dados completo e dividindo-o em partições).
Por suas propriedades, acima descritas, o método de UPGMA é facilmente aplicado em construção de arvores filogenéticas.
A partir dessa ideia e com intuito de adaptar o método inclui-se parametros novos, considerados relevantes, para utilização de dados moleculares. Por exemplo o metodo NJ (neighbor joining) que atribui "penalidades" para alterações de nucleotídeos, no caso de DNA, que apresentam pouca probabilidade de ocorrência.

Comentários Alfredo: Tema interessante. Frases podem ser mais curtas e diretas, exemplo: na primeira frase a palavra "inteira" pode ser retirada. O texto ficou coerente e coeso. Métodos foram bem explicados.

++ensaio 7

Seleção de modelos de evolução

Em geral, modelos mais complexos avaliam melhor os dados do que modelos simples. No entanto, quando se utilizam modelos complexos, os parâmetros precisam ser estimados, o que tem desvantagens. Primeiro, a análise torna-se computacionalmente difícil e requer tempo significativo. Segundo, como mais parâmetros precisam ser estimados a partir da mesma quantidade de dados, mais erros estariam incluídos nas estimativas. Idealmente, seria aconselhável incorporar tanto complexidade, conforme necessário; Ou seja, escolher um modelo complexo o suficiente para apresentar uma solução plausível, mas não tão complexa que requeira custo computacional muito elevado ou grandes conjuntos de dados para obter estimativas precisas. O modelo de evolução mais adequado para um dado conjunto de dados pode ser testes estatísticos. A adequação global de um determinado modelo pode ser testado usando um LRT por exemplo.

Comentário por Bruno F. Lima (02/06): Olá Juliano. Achei seu texto bem direto, com construções simples e frases bem formuladas. Porém, achei alguns erros gramaticais (bem básicos, mesmo, talvez por desatenção): achei estranha a construção "seria aconselhável incorporar tanto complexidade, conforme necessário"; talvez a melhor opção seria "é aconselhável incorporar a complexidade necessária ao modelo". A penúltima frase também ficou um pouco estranha: "O modelo de evolução mais adequado para um dado conjunto de dados pode ser testes estatísticos". Talvez você tenha querido dizer "pode ser obtido por testes estatísticos". Enfim, no mais, um ótimo texto e bem completo.

++ensaio 8

O desafio do desenvolvimento de novas ferramentas computacionais capazes de desempenhar cálculos sofisticados cresce com o aumento da quantidade de dados a serem considerados (big data). No caso de análise filogenética o problema de encontrar uma única árvore filogenética que descreva as relações entre os táxons se torna um desafio praticamente impossível quando se utiliza cada vez uma maior quantidades de dados de entrada, por exemplo genes envolvidos e táxons. Um problema conhecido como NP-completo. Onde os possíveis resultados crescem rapidamente com o aumento dos dados de entrada. Soluções heurísticas se fazem necessárias neste caso. Um exemplo seria o algoritmo de hill climbing que parte de uma solução encontrada por um algoritmo mais simples e caminha a partir dela, passo a passo, em uma direção definida até obter a solução aperfeiçoada. Essa é uma forma de evitar a necessidade de se avaliar todos os possíveis resultados o que em muitos casos seria computacionalmente muito difícil ou praticamente impossível.
A combinação de estratégias de pesquisa inteligentes ( métodos heurísticos), como buscas conduzidas e novos algoritmos, aumentou drasticamente o número de taxa que podem ser analisados em quantidades razoáveis de tempo. Finalmente, a adição de paralelismo ao conjunto de ferramentas de desenvolvimento do sistematizador praticante também teve um impacto positivo, permitindo a análise de conjuntos de dados complicados e com menor consumo de tempo e memória.

Comentário por Beatriz Gomes (09 de junho de 2017):
Ficou bem interessante o seu texto, Juliano. Bastante informativo e claro.

++ensaio 9

conceito de relógio molecular.

Partindo do princípio da constância da taxa de substituições de nucleotídeos em determinado gene e que essas substituições acontecem aleatoriamente, podemos inferir que quanto maior a quantidade de diferentes nucleotídeos entre esse gene e qualquer outro homólogo existente, maior o tempo de separação entre eles. Assim a teoria do relógio molecular é uma excelente ferramenta para a biologia, muito usado em análises filogenéticas. Ela embasa, inclusive, a teoria neutra, pois não poderíamos imaginar tal proposta sem o conceito de que existe uma maneira de calcular a taxa de substituição para determinado gene em determinada população.
Se a taxa de substituição é relativamente constante, então a quantidade de diferença genética entre duas espécies pode fornecer uma medida do tempo desde sua separação. Para calcular a taxa de substituição dividimos o número de diferentes nucleotídeos observados entre os genes homólogos de duas espécies pelo tempo observado a partir de um registro fóssil do ultimo ancestral comum, por exemplo.
O relógio molecular, então é usado para determinar a taxa evolutiva para um gene em especifico. Sendo assim os prazos moleculares podem informar sobre a história evolutiva de todos os organismos a partir do qual podemos obter sequências genéticas, o que é muito relevante também no caso de organismos com nenhum registro fóssil, como vírus, ou para os quais a amostragem do registro fóssil é incompleto. Claro que são métodos baseados em modelos idealizados.

Ensaio 10 - auto-avaliação

Gostei bastante de ter cursado a disciplina Princípios de Evolução Molecular Aplicados à Reconstrução Filogenética. Acho que os temas abordados e a estrutura como o curso foi organizado extremamente bem direcionados, original e transparente. Penso que é um modelo bastante produtivo e que estimula a discussão e a troca de ideias. Acho a sugestão de substituir simples correção do texto por uma discussão em grupo bastante interessante e considerando que já ouvi as sugestões aproveito para expressar minha opinião em favor dessa mudança para anos posteriores. Outra boa ideia seria a inclusão do fórum de discussão no PEMARF.
Outro assunto que gostaria de mencionar e que, no meu caso, quando fiz a matricula no curso estava bastante interessado em ir mais a fundo na questão dos métodos e modelos matemáticos apesar de que, mais uma vez reforçando, no meu caso foi extremamente útil a forma como os temas foram propostos e discutidos e sem essa base acho que seria difícil começar uma discussão com respeito a métodos e modelos.
Sobre avaliação pessoal pretendo utilizar um critério. O critério será baseado nas minhas notas até o momento. Minha nota até o momento esta em 5.7. Considerando que minha nota na prova final seja igual a da prova_1 (1.95) a nota seria então 7.65 + 0.15 desse ultimo. ou seja 78%. Aproximando 0.8 é a minha nota partindo desse critério. Nota: 0.8

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