Juliano Mimura Cortez

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Ensaio1

O modelo que estrutura o dogma central da biologia molecular é baseado na descoberta de que 4 tipos diferentes de nucleotídeos formando trincas em 64 combinações possíveis determinam a ordem em que os aminoácidos aparecem em uma estrutura polipeptídica. Sendo assim partindo-se de uma sequencia de nucleotídeos em uma fita de DNA projeta-se a sequencia de aminoácidos em uma cadeia polipeptídica (ou uma proteína caso a sequencia no DNA corresponda a um gene).
A partir das 64 combinações possíveis dos 4 nucleotídeos 3 a 3, podemos associar pelo menos 20 aminoácidos diferentes. Sendo que um mesmo aminoácido pode estar relacionado a combinações diferentes. E também uma mesma combinação pode estar associada a um aminoácido diferente como é o caso do triptofano que em algumas bactérias pode ser codificado por uma combinação ou códon que no código genético em geral estabelece o fim do procedimento de tradução (códon de parada). Nesse exemplo do triptofano observa-se que a universalidade proposta no código inicialmente não deve ser aplicada em todos os casos e que modelos podem divergir entre os diferentes organismos e suas peculiaridades. Sendo assim, a analise filogenética baseada no dogma central deve procurar considerar a possibilidade de tais características divergirem em seus modelos e ferramentas de calculo afim de obter uma reconstrução satisfatória das relações filogenéticas.

Comentário Giulia

Acho que o dogma abrange mais coisas do que o que você menciona na primeira frase do texto. Poderia talvez simplificar essa frase.
No segundo parágrafo você dividiu as idéias com pontos finais, mas ela ainda parece uma frase única ("A partir das 64 combinações possíveis dos 4 nucleotídeos 3 a 3, podemos associar pelo menos 20 aminoácidos diferentes. Sendo que um mesmo aminoácido pode estar relacionado a combinações diferentes. E também uma mesma combinação pode estar associada a um aminoácido diferente como é o caso do triptofano…"). Ficou um pouco confuso
Acho que faltaram umas vírgulas talvez (tipo aqui: Nesse exemplo do triptofano, observa-se que a universalidade proposta…)
Gostei dos pontos que foram levantados e do encadeamento das idéias.
O ponto central do seu ensaio é sobre o uso do dogma em reconstruções ou do dogma em si? Talvez pudesse ter aparecido um pouco antes as recontruções.

Ensaio2

Vies de códons descreve o fenômeno em que as variantes do código genético universal de espécies diferentes são usados com frequência variável. Aparentemente certos códons do código são utilizados de um modo preferido e aparecem com maior frequência em certos indivíduos que outros. Determinar a frequência dos diferentes códons presentes ao final determina a concentração de tRNA dentro da célula. A utilização de codons desempenha um papel importante na regulação da biossíntese de proteínas. Códons raramente usados podem retardar a tradução, enquanto códons utilizados com frequência podem acelerar a tradução. Portanto é natural observar que genes de alta expressão apresentam os maiores vieses de códon.

Comentario

Sua escrita e clara e simples, parabéns. Ainda acho que pode simplificar ou quebrar suas frases. Por exemplo, sua primeire sentença:

Vies de códons descreve o fenômeno em que as variantes do código genético universal de espécies diferentes são usados com frequência variável.

Pode se simplificar (sugestão):

Vies de códons descreve como as variantes do código genético universal acontecem.

E pode ligar mas adiante o negócio das frequências variávels com o conceito de códons.

Também podería melhorar um pouco a conexão entre as frases, para que as ideias fiquem menos isoladas. Além disso não tenho comentarios.

Bom trabalho!

(Comentario por Juan Jiménez)

++Ensaio 3

O ponto mais importante da teoria neutralista é que quando vemos várias versões de um gene em uma população, é possível que suas frequências estejam ali apenas por deriva.
A teoria neutra não sugere que a deriva explique todas as trocas evolutivas. A seleção natural também é necessária para explicar a adaptação. No entanto, é possível que as adaptações observadas nos organismos necessitem apenas de uma pequena proporção de todas as trocas evolutivas que ocorrem atualmente no DNA. A teoria neutra pressupõe que a evolução no nível do DNA e das proteínas, mas não a adaptação, seja dominada por processos estocásticos. A maior parte da evolução no nível molecular seria, então, não adaptativa. Caso exista uma ampla classe de mutações aproximadamente neutras, a taxa de evolução flutuará com o tempo, quando o tamanho populacional aumentar ou diminuir. Ou seja, à medida que o tamanho populacional diminui, mais mutações levemente desvantajosas irão tornar-se efetivamente neutras. Elas também poderão ser fixadas, no caso, por deriva, e a taxa de evolução irá aumentar. Quando o tamanho populacional aumenta, as mutações levemente desvantajosas serão eliminadas por seleção e a taxa de evolução irá diminuir.

Comentário:

O texto está bom e escrito seguindo uma sequencia logica. De maneira geral, as frases estão curtas e transmitem a ideia.

A sentença tópico poderia ser um pouco mais direta. Na sequencia, sua segunda frase está focada no que a deriva não explica. Acredito que ficaria melhor começar a abordagem com as informações que ela explica e se pertinente, explicar suas lacunas e outros pontos de vista posteriormente.

Algumas das sentenças poderiam ser mais curtas e estruturadas de outra maneira para facilitar a compreensão.

Acho que faltou uma conclusão para finalizar o ensaio.

++ensaio 4
A teoria coalescente é baseada em um modelo estocástico retrospectivo de genética populacional e relaciona a diversidade genética em uma amostra com a história demográfica da população da qual foi amostrada. É um modelo que mostra o efeito da deriva genética, vista para trás no tempo. Compreende uma avaliação probabilística da variação no tempo da ascendência comum de alelos em uma amostra relativamente pequena de indivíduos. Isso inclui a consideração de todos os caminhos de herança através dos quais as cópias amostradas de um elemento de DNA homólogo são rastreadas até uma única cópia ancestral, conhecida como o Ancestral comum mais recente (MRCA) ou coancestral. As relações de herança entre os alelos são tipicamente representadas como uma genealogia, ou árvore genética, semelhante à forma de uma árvore filogenética.
Compreender as propriedades estatísticas da teoria coalescente sob diferentes pressupostos constitui sua base. Devido à recombinação, diferentes loci de genes seguem caminhos diferentes de ascendência, resultando em diferentes genealogias. A teoria coalescente não assume nenhuma recombinação, nenhuma seleção natural e nenhum fluxo de genes na estrutura populacional. A genealogia é independente do processo mutacional, de tal forma que mudanças na sequência do DNA não afetam a herança e podem ser consideradas separadamente (mesmo que todas as cópias dos genes sejam idênticas na seqüência, elas não estão igualmente relacionadas na árvore gênica). Sob este modelo, o tempo esperado entre sucessivos eventos de coalescência, pelo qual duas cópias de genes surgem de uma única cópia ancestral, aumenta quase exponencialmente no tempo (com grande variação).
Avanços na teoria coalescente devem incluir recombinação, seleção e praticamente qualquer modelo evolutivo ou demográfico arbitrariamente complexo na análise genética populacional.

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