Livia Maria Silva Moura

Ensaio opcional (10/03/2017)

Dogma Central e o Código Genético

O dogma central da biologia molecular, conceituado na década de 50 e reformulado nos anos 70 por F. Crick [1], explica o caminho de transmissão de informações genéticas nos seres vivos. Estas informações, ou código genético, estão codificadas em trincas de bases nitrogenadas conhecidas como códon. Em cada posição do códon pode ocorrer quatro diferentes nucleotídeos - adenina (A), guanina (G), timina (T), citosina (C) - possibilitando 64 diferentes combinações. Cada códon corresponde a um aminoácido específico ou a um sinal de parada do evento de síntese proteica. Como existe apenas 20 aminoácidos essenciais, uma ou mais combinações de trincas ocorre para cada aminoácido. O código genético é, portanto, dito como redundante ou degenerado. As duas primeiras posições de um códon (3') são as mais críticas na definição do aminoácido a ser sintetizado, enquanto a terceira posição (5') pode ocorrer um pareamento com outra base sem que altere o aminoácido de interesse. Entretanto, algumas mudanças podem ser drásticas como o caso do Triptofano (códon TGG) que, caso não bem pareado na síntese, pode se tornar um códon de parada devido a terceira base (códon TGA).

Bibliography
1. Crick, F (1970). "Central dogma of molecular biology." Nature. 227 (5258): 561–3
2. Robert J. O'Hara. Systematic Generalization, Historical Fate, and the Species Problem.Systematic Biology, Vol. 42, 1993: 231-246

Revisado por: Deyvid Amgarten

Comentários: O texto tem como objetivo descrever o dogma central da biologia de maneria resumida e com exemplos ilustrativos. É possível o reconhecimento de uma sentença tópico. Todavia, o texto termina um pouco abruptamente. Talvez uma frase concluindo a linha de pensamento ajudasse nesse sentido. O uso de vírgulas em orações explicativas, como em: "Estas informações, ou código genético, estão codificadas em trincas de bases nitrogenadas conhecidas como códon" ou do hífen como em "Em cada posição do códon pode ocorrer quatro diferentes nucleotídeos - adenina (A), guanina (G), timina (T), citosina (C) - possibilitando 64 diferentes combinações" podem dificultar a compreensão da informação. Não é em todo caso, mas vale a pena monitorar se não é um vício de linguagem.

Ensaio 1 (17/03/2017)

Replicação e Reparo

Apesar de altamente estável, o DNA sofre milhares de alterações em sua estrutura diariamente, sejam essas espontâneas ou pela exposição a agentes mutagênicos. A maioria dessas alterações são prontamente removidas pela maquinaria de reparo de DNA. Diferentes tipos de alterações desencadeiam diferentes tipos de mecanismo de reparo. Um exemplo são as lesões causadas pela radiação ultravioleta (UV). Esse tipo de radiação excita a molécula de DNA favorecendo a formação de dímeros entre pirimidinas adjacentes o que gera distorções da cadeia de dupla hélice. Esse tipo de lesão é corrigida pela via de reparo por excisão de nucleotídio (NER), que reconhece a lesão, excisa o fragmento da fita com a lesão, e sintetiza uma nova fita de DNA livre de erro utilizando a fita complementar como molde. Caso essas lesões não sejam reparadas, pode ocorrer um evento de mutação ou mesmo de morte celular, o que demonstra a importância dos eventos do reparo do DNA.

Revisado por: Camila Chabi

Texto muito bem escrito, entretanto tomar cuidado com as correções ortográficas (acentuação, concordância e vírgula). Exemplos: “Esse tipo de lesão é corrigida pela via de reparo”> “Esse tipo de lesão é corrigido pela via de reparo”; “nucleotídio”> “nucleotídeo”. Talvez a penúltima frase poderia ser subdividida em mais de uma frase, sendo mais objetiva.

Ensaio 2 (24/03/2017)

A evolução molecular ocorre através de vários processos evolutivos concomitantes. Embora inicialmente contrastantes, duas teorias evolutivas tentam explicar alguns desses eventos evolutivos. A primeiras delas é a seleção natural. Ela baseia-se na manutenção de mutações adaptativas favoráveis, e a eliminação das desfavoráveis, através de uma pressão seletiva externa (ex.: o ambiente). Um exemplo da ampla atuação da seleção natural são os casos endêmicos de malária nas populações africanas quando relacionados à doença anemia falciforme. Indivíduos homozigóticos da mutação que desencadeia a anemia falciforme morrem jovens, então sofrem forte pressão negativa. No caso de indivíduos heterozigotos para a mutação, o parasita da malária não consegue completar seu ciclo de vida na célula hospedeira, o eritrócito, tornando-os pouco susceptíveis à malária quando comparados a um indivíduo sem o traço falcêmico. Neste caso, existe uma seleção adaptativa para a permanência da mutação da anemia falciforme na população. A outra teoria evolutiva é a teoria neutra, que assume que a maioria das mutações que ocorre nos organismos são por eventos estocásticos de igual valor adaptativo, podendo ou não se fixar na população em um determinado tempo. Essa teoria ilustra-se através das milhares de substituições que ocorrem em regiões do genoma, sem nenhum dano aparente (ex: mutações sinônimas). Apesar de diferentes abordagens, essas teorias demostram uma complementariedade dentro do processo evolutivo do material genético dos organismos.

Revisado por: Flávia Akemi Nitta Fernandes

O texto está claro, simples e fácil de ler. Gostei muito que ele possui começo meio e fim muito bem delimitados.
O detalhe é que eu juntaria as frases "A primeiras delas é a seleção natural" e "Ela baseia-se na manutenção de mutações adaptativas favoráveis, e a eliminação das desfavoráveis, através de uma pressão seletiva externa (ex.: o ambiente)", acho que ficaria mais fluido. De resto, está muito bom :)

Ensaio 3 (31/03/2017)

Genética de populações
Público: graduação
O tamanho populacional de um organismo revela como eventos de deriva genética se comportam ao longo do tempo. Um novo alelo pode ser fixado ou eliminado ao longo das gerações e o tamanho dessa população está intimamente ligado com o tempo em que esse evento irá ocorrer. Pequenas populações demonstram sofrer um forte efeito da deriva genética. Novas mutações, sejam essas vantajosas ou não para o organismo, são rapidamente fixadas ou eliminadas ao longo das gerações, tendendo a uma homogeneidade populacional. Por outro lado, populações numerosas apresentam um efeito tamponado da deriva genética, levando muitas gerações para que a nova mutação se fixe, ou não, na população.

Revisado por Deyvid Amgarten
Ensaio está bom. Apresenta uma frase tópico e está de fácil compreensão. Todavia, talvez falte uma frase de conclusão.

Ensaio 4 (05/05/2017)

Quantidades exorbitantes de dados e informações geradas diariamente trouxe a necessidade da abstração para os dias atuais. A análise desses dados é um dos desafios modernos, e profissionais capacitados são requeridos para lidar com a onda do Big Data. A capacidade tecnológica e computacional do ser humano foi o que contribuiu para essa crescente área, porém, situações similares despertaram a atenção de pesquisadores anos antes. A generalização de padrões observados, e sua aplicação na a resolução de problemas, permite a extração de informações proveitosas. Tal técnica é empregada desde os primórdios através da generalização do espaço físico. Chamado de generalização cartográfica [2], a abstração de dados nunca esteve tão em alta e é aplicada para quase todas as situações. Debates sobre a real necessidade de tanta informação são frequentes. Há quem diga que informação demasiada dificulta uma conclusão, porém com toda essa riqueza de dados e foco, é possível desvendar muitos dos mistérios codificados em bits computacionais.

Comentado por Camila Chabi (12.05.17)

O texto está escrito de forma clara e sucinta. Parabéns! Mas segue algumas sugestões para melhorar ainda mais seu ensaio:
1- Seguindo os conselhos do Prof acredito que fica melhor você colocar um publico alvo e principalmente o tema;
2- Quando utilizar palavras em outra língua, sempre deixar em itálico;
3- Quando utilizar frases informais talvez fique melhor colocar em " ";
4- De preferencia, sempre colocar referencias.

Ensaio 5 (12/05/2017)

Métodos de análise filogenéticos por critérios quantitativos
alvo: Graduação
A análise filogenética envolve a comparação de sequências genômicas provenientes de diferentes organismos através de métodos com critérios quantitativos ou qualitativos. Os métodos quantitativos buscam contabilizar o número de diferenças entre duas sequências. Essas diferenças são demonstradas através de uma matriz de distância gerada para cada par de sequências. Pode-se obter uma arvore filogenética gerando o primeiro clado a partir da menor distância entre duas sequências, e os demais clados com as menores distâncias subjacentes. Esse método é conhecido como hierárquico, sendo o UPGMA o mais utilizado. O uso do UPGMA pressupõe que a taxa evolutiva manteve-se constante ao longo da história evolutiva de um dado conjunto de organismos e, devido a esse fato, vem sendo cada vez menos utilizado. Diferentemente deste, existe o método quantitativo por aglomeração, representado pelo Neighbor-Joining, que utiliza o princípio de evolução mínima ao calcular os comprimentos de cada ramo da árvore, refletindo um pouco mais o que espera-se visualizar numa comunidade.

Correção Ana Laura (19/05/17)

Olá, Lívia. Tudo bem? Abaixo estão os apontamentos sobre seu texto:

1-No público alvo, seria bom você especificar para qual graduação se refere seu texto, já que existem cursos de graduação para diversas áreas.

2-A primeira frase do seu ensaio está muito extensa. Você poderia quebra-la em duas partes. Há outras frases longas ao longo do seu ensaio. Claro que há também frases curtas e bem claras no seu ensaio.

3-Não é gerada uma matriz para cada par de sequência, como você diz. Distâncias entre pares de sequências são calculados e inserido em uma matriz. Estes valores passam a ocupar uma célula de uma matriz que não tem só esses valores, mas tem também os de outros cálculos de distância do mesmo conjunto de dados.

4-UPGMA foi o método de distância mais utilizado. Hoje em dia o mais utilizado é o Neighbor-Joining. A ideia que o seu texto me passa é que o UPGMA ainda é o mais usado.

5-Não entendi bem porque você colocou, na última frase do seu ensaio, que o uso do Neighbor-Joining reflete um pouco mais do que se pode esperar visualizar em uma COMUNIDADE. Não entendo a palavra comunidade nesse contexto. Posso estar equivocada, mas creio que seria mais adequado população ou algum nível hierárquico, como espécies, gêneros, famílias, etc. Comunidade refere-se a um conjunto de indivíduos de diversos grupos que ocupam um mesmo local. Esses grupos podem ser ou não filogeneticamente relacionados entre si.

Espero ter ajudado. E espero que as sugestões de correção tenham sido claras.

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