Lucas Denadai De Campos

Ensaio opcional (10/03) - Estrutura da informação em sistemas genéticas

O dogma central da biologia molecular diz respeito a transmissão de informação que é dada através do material genético em sistemas biológicos, DNA, RNA até a formação das proteínas e suas estruturas. Esse fluxo de informação pode ser conhecido em diferentes vias, que são: as gerais (DNA-DNA, DNA-RNA, RNA-proteína), as especiais (RNA-RNA, RNA-DNA, DNA-proteína) e as desconhecidas (proteína-proteína, proteína-DNA, proteína-RNA), sendo que algumas já deixaram de serem desconhecidas atualmente, como as enzimas que adicionam marcas epigenéticas em DNA. Através de toda essa informação armazenada, transmitida e que envolve completamente os sistemas biológicos nos permite comparar praticamente todos os seres vivos e tem um papel fundamental no entendimento da evolução da vida e também qual poderia ser o seu caminho, auxiliando diversos tipos de estudos no estudo da biologia.

Correção por Ángela Márquez

Correção: Seu texto resume bem os conceitos compartidos na aula. Achei muito útil como texto sucinto de um tema tão amplo, quanto o tratado.
Com base nos três itens a revisar, propostos pelo Daniel na aula, eu acho que uma forma de melhorar seu escrito, seria: enunciar o contexto histórico no começo do parágrafo para que sua ideia, …sendo que algumas já deixaram de serem desconhecidas atualmente…, possa ser interpretada no contexto discutido do Crick em 1958 e 1970. Poderia ser só enunciar o Crick e as datas, ainda estender esta como sua ^frase tópico^ inicial ou manter igual o início e complementar sua ideia já citada com o contexto do Crick.
Talvez, você poderia dar mais espaço do texto para explicar a sua ideia da relevância e dos aportes à ciência da publicação do Dogma central.

Ensaio 2 (24/03) - Teoria Neutra da Evolução Molecular

A teoria neutra da evolução diz que as modificações a nível molecular ocorrem principalmente pela deriva gênica. Essas modificações são estocásticas ao longo do tempo. Elas podem atingir duas situações: quando o alelo for fixado (100% de frequência) ou quando ele for extinto. Essas variações (bases até aminoácidos) originadas pela deriva gênica muitas vezes não influenciam no fenótipo ou nas funções do organismo. Por isso, nem sempre modificações a níveis moleculares serão adaptativas. Isso muda muito a maneira como pensamos na evolução. Uma vez que o principal fator responsável pela modificação nos seres vivos passa a ser a deriva gênica e não a seleção. Dessa maneira as modificações originadas pela deriva são neutras. São mais simples e ocorrem muito mais vezes que as modificações por seleção. Elas não refletem necessariamente a história evolutiva do ser vivo. Já a seleção torna as modificações positivas (adaptativa) ou negativas (deletéria) e refletem a história evolutiva, porém ocorrem com uma frequência bem menor. Apesar de nem todo fenótipo ser determinado por pressão seletiva, ela é a principal causa dele. E juntamente com a deriva gênica tem o papel na modificação dos organismos. Sejam elas adaptativas ou neutras.

Correção por Domingo Lago:

Frase tópico bem efetiva. As sentenças tem um comprimento correto, são claras e diretas. Fecha o paragrafo concluindo corretamente.

Na frase "E juntamente com a deriva gênica tem o papel na…", no pode começar nunca uma frase usando uma conjunção ('E').
Voce diz: "Elas podem atingir duas situações: quando o alelo for fixado (100% de frequência) ou quando ele for extinto.". Quando fala que o alelo for fixado (100% de frequência, parece que esta a disser que o alelo é fixado com um 100% de frequência… que é errado. Acho que pode retirar aquel comentario de 100% de frequência.

A margem disso acho muito bem escrito.

Ensaio 3 (31/03) - População Efetiva

Público alvo: Taxonomistas tradicionais

O tamanho efetivo da população não está relacionado ao censo de uma população. Na realidade está relacionado ao número de indivíduos que estão contribuindo efetivamente para a próxima geração da população. Está associado a contribuição genética dos indivíduos. A população efetiva pode variar devido a alguns fatores. Um exemplo desses fatores são as mudanças no tamanho populacional. A deriva genética é o resultado da diferença do tamanho dessas populações. Quanto menor a população efetiva, maior a deriva genética. Quanto maior essa população, menor será a atuação da deriva genética e consequentemente a probabilidade da fixação ou extinção de um alelo. Apesar de muito trabalhoso, saber o tamanho efetivo da população é fundamental para abordar o tema evolução. Uma vez que o impacto da deriva na variabilidade das populações é grande. Isso torna o conceito de população efetiva muito importante na interpretação dos eventos evolutivos.

Correção por Jorge

Está bom. Gosto das frases curtas e objetivas em todo o parágrafo.
Segunda frase "Na realidade (ele) está relacionado…"
Terceira frase "(Sujeito?) Está associado…" Talvez fique melhor com algo como "O conceito está associado…"
Sexta frase "A deriva genética é o resultado (?) da diferença do tamanho dessas populações". Acho que você quis dizer que a deriva é fortemente influenciada pelo tamanho efetivo de população. É isso? Porque como está parece que você tentou definir o conceito deriva genética.
Finalmente, eu excluiria a frase "Uma vez que o impacto da deriva na variabilidade das populações é grande". Isso ficou claro anteriormente e um pouco redundante. Acho que não há necessidade.
Ah, última coisa "tema evolução" parece muito vago. Poderia ser um pouquinho mais específico.

Ensaio opcional 2 (28/04)

Público alvo: Estudantes de graduação

Erros na replicação do DNA estão ocorrendo nas células o tempo todo. Alguns fatores externos como calor, agentes químicos e raios UV podem contribuir danificando o DNA. Porém, existem mecanismos de reparo que evitam esses erros na maioria das vezes. Há diferentes situações em que o reparo do DNA pode ocorrer, inclusive durante a atuação da polimerase. A evidência da importância dos sistemas de reparos de DNA é claramente demonstrada pela grande diversidade de processos de reparo no material genético. Em algumas situações, o sistema de reparo não funciona adequadamente e mutações ocorrem. Podendo ou não serem adaptativas para o organismo. Esses sitemas de reparo, atuam diferentemente nos organismos. Um exemplo dessa diversidade são os seres vivos que habitam ambientes extremos. A evolução nos mecanismos de reparo do DNA contribui para que seja possível habitar locais em condições extremas que nenhum outro ser vivo conseguiria. Esse é o caso das bactéria termofílicas. Apresentam uma baixa taxa de mutação mesmo estando em habitats com altas temperaturas. Assim, os mecanismos do reparo de DNA são determinados pelo tipo de dano causado ao DNA ocorrido na linhagem do organismo. Através desses organismos extremófilos, é possível estudar e tentar entender os mecanismos de reparo principalmente num contexto evolutivo.

Ensaio 4 (05/05) - Reconstrução histórica como ferramenta

Público alvo: Estudantes de graduação

Comentário Dan - Lucas, este seu texto já mostra enorme avanço comparado com a prova!

A reconstrução histórica dos organismos tem sido uma ferramenta importante para diversas discussões envolvendo diferentes áreas das ciências biológicas. Essas áreas envolvem desde a classificação até evolução de sistemas biológicos. Mas, como as reconstruções históricas podem auxiliar nesses diferentes contextos? Assume-se que os organismos evoluem e possuem um ancestral em comum. À partir disso utiliza-se um método para inferir relações de parentesco entre eles. As reconstruções vão servir como uma hipótese para discussões sobre diferentes temas, pricipalmente sobre evolução dos seres em questão. Afinal, apenas a recontrução não diz respeito a evolução. Ela apenas demonstra um cenário viável para que os padrões evolutivos possam ser inferidos e discutidos. Por isso é importante considerarmos a reconstrução histórica como uma importante ferramenta para alcançar um objetivo e não considerá-la como um.

Comentário Giulia

O texto está bem claro e sucinto. Gostei bastante. Porém ainda tem algumas frases um pouco longas. Poderia ter eliminado termos desnecessários. Por exemplo, "A reconstrução histórica dos organismos tem sido uma ferramenta importante em diferentes áreas das ciências biológicas". Essa mesma construção acabou sendo retórica. Talvez alguma referência ajudaria.

Ensaio 5 (12/05) – Contornando a grandiosidade do espaço amostral

Público alvo: alunos de graduação

O espaço de árvores de uma reconstrução histórica está relacionado ao número de terminais. Quanto maior for o número de terminais, maior será o espaço amostral dessas árvores. A depender da escala de grandeza dessa amostragem, não possuímos atualmente poder computacional para selecionarmos a melhor árvore (ou as melhores). Não tendo como observar todas as árvores para selecionar a melhor delas. Porém, por meio das buscas heurísticas é possível minimizar esse problema. Nesse tipo de busca são selecionadas amostras do espaço total de árvores. Essas amostras também são chamadas de ilhas de árvore ótimas e subotimas. Através dos parâmetros selecionados para as buscas serão selecionadas as ávores dessas amostras. Basicamente, reduzindo o espaço amostral à um nível que possa ser examinado. Mesmo sendo apenas através de amostragem, o resultados são efetivos na busca das melhores árvores. Atualmente, a produção de dados tem sido muito maior do que podemos analisar. As buscas heurísticas são uma boa saída para essa grande quantidade de dados.

Comentário Domingo

(Esta correição foi feita em base a uma confusão, pois achei que tinha dupla de correição com você, Lucas, mas a dupla de correição era para o día 31/03/17, desculpa o erro, mas espero seja de utilidade)
O texto é simples e fácil de entender. A questao está bem analisada aunque a primeira frase não apresenta correitamente o topico do texto. Igual na primeira frase podería já mencionar o sistema heurístico como a solução. Por exemplo "As buscas heurísticas facilitan a obtenção do espaço total de arvores num analise com alto numero de terminais."
Quando voce fala "A depender da escala de grandeza dessa amostragem…" podería usar "A depender do tamanho dessa amostragem, quando for ampla, não possuímos o poder computacional…"
Você cumprio com o objetivo de transmitir a ideia. Além de isso, a correição mais importante que eu proponho e que tente escriver algum texto em inglés. Sem duvida esse sería o malhor avance. Ánimo, e comece, tal vez, pela tradução de um dos textos que já tem escritos em portugues.

Essay 6 (May 19th) - Is bootstrap wrong?

Audience: graduate students

Nowadays, is very common to use bootstrap as a support of historical reconstructions of organisms. However, the aim of this statistical measure is not to support reconstructions. This not means that bootstrap is wrong. Depending on the value of bootstrap, it shows how informative are your data. Nevertheless, there is not a minor or a major value that establishes good or poor data. You just decide what a good value of bootstrap is. Thus, the bootstrap could be a nice tool to understand this information. However, it is important to be careful and does not base your historical reconstructions on these values.

Comentário: Ángela Sabrina

Olá Lucas,

Eu gostei do seu texto, sucinto e pontual. Achei que falta explicar porque o bootstrap não é o suporte das reconstruções, levando a conta o publico ao que vai dirigido seu texto.

Obrigada pelas suas correções!

Essay 7 (May 26th) - Models in Maximum Likelihood

Audience: Undergraduate students

Models are an important tool to show us a reduction of reality. You can use models to understand systems with a huge amount of data that you cannot deal with. They are not different in phylogenetic reconstructions. The models in phylogeny estimates parameters. The number of parameters can be different depending on your data. Changes between nucleotide are related to these parameters. The composition of nucleotide bases defines which parameter you will choose. Simplest model has just one parameter (Jukes-Cantor) when changes between all nucleotide have the same value. However, there are models with more than 24 parameters. It is important to consider some important parameters in the models. Bases frequency (F), invariable sites (I) and variation of rates among sites (gamma). Therefore, estimates the best model is to choose the best parameters to your data. Models are very important to help solve questions with a huge amount of data. Nevertheless, this not means that the models are correct. They are just useful.

Comentários Alfredo:

O texto está objetivo e claro. As frases estão curtas e informativas. Daria para melhorar a coesão do texto, tornar o parágrafo mais fluido com uma maior conectividade entre as frases.

Essay 8 (June 2nd)

Audience: Graduate students

Search methods in phylogenetic reconstruction are tools to find the best topology related to your data. These methods are based on search algorithms. Search algorithms decide the best (or bests) tree based on the criteria that you choose. Exploring possible tree spaces. There are different algorithms to search topologies. They are known as “Hill-Climbing” algorithms. This kind of algorithm searches the best topology on the tree space optimizing the chosen criteria. Maybe you will not find the best tree in some cases, but you will never know. However, Hill-Climbing algorithms can approximate to the best tree. Depending on the number of data, you will need a huge computational effort to these searches. There are different kind of algorithms and software that can solve the problems. Sometimes solve the problems faster, sometimes not so much. Everything depends on the number of data.


Comentários Ángela Sabrina:

Olá Lucas,
Eu achei seu texto bem escrito. Você sintetizou bem os aspectos visto na aula sobre os algoritmos. Só acho que pelo jeito em que você tenta resumir, caiu no uso da voz passiva:
- Duas frases começando com: “These methods”… e “They are known…”
- Optimising: optimizing

Essay 9 (June 9th) - Molecular Clocks

Audience: Undergraduate students

Molecular clocks are methods that aid to estimate divergence times between taxa. These methods are based on different rates of substitution (data variation) among the clades. The rates of substitution could be nucleotides, amino acids or even proteins. The premise of the molecular clock is that the rates are constant. Initially, it is necessary to obtain a topology based on the data. After obtaining the tree, the molecular clock is applied with calibrations to a better approximation to estimate dates. The rates are different for different data. Unfortunately, there are no global molecular clocks. Therefore, if the data are extrapolated to distant lineages, possibly the answers will be wrong. This because the estimated date will be very different from the expected.

Reflexão sobre a disciplina e meu desempenho pessoal

A disciplina “Princípios de Evolução Molecular Aplicados a Reconstrução Filogenética” contribuiu com uma base mais sólida para poder buscar ou mesmo discutir sobre evolução molecular. Parte do meu projeto de doutorado será lidar com dados moleculares e interpreta-los. Entender e discutir sobre esse assunto é imprescindível. Tive contato com literaturas básicas da área que nunca tive anteriormente, mas que já me direcionaram a novas questões e outras fontes de informação. Os seminários também abordaram assuntos interessantes os quais muitos deles eu ainda não tinha conhecimento algum sobre o tema.
A primeira parte da disciplina (antes da avaliação 1) foi mais trabalhosa para mim por conter informações das quais ainda não tinha tido contato. As discussões em sala de aula, apesar de eu não participar com tanta frequência delas, foram muito proveitosas e sanaram muitas dúvidas que tive ao longo do curso. A prática da escrita durante a disciplina foi algo difícil inicialmente, porém muito proveitosa. Essa atividade durante o curso me deixou menos inseguro. Incialmente escrevia em português, mas com o tempo me senti mais à vontade para escrever em inglês. Pretendo continuar com essa prática.

A disciplina superou as minhas expectativas e acredito que aproveitei o melhor que pude dela. Minha nota de auto-avaliação pessoal é 1,0.

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