Lyslaine Sato

Ensaio opcional (10/03/2017)

O Dogma Central da Biologia Molecular foi proposto por Francis Crick em 1970, a obra apresenta como ocorre o fluxo de informações em sistemas biológicos, como o código genético é mantido e transmitido na célula. O fluxo de informação genética segue o sentido DNA – RNA – Proteínas. O DNA armazena a informação genética, que é a sequência linear de nucleotídeos representada pelas letras A, T, C e G. O DNA pode ser transcrito em moléculas de RNA, uma molécula de DNA serve como molde para a criação de uma molécula de RNA (que é quimicamente semelhante e utiliza código de nucleotídeos semelhantes ao DNA). No RNA é encontrado o código usado para organizar a sequência de aminoácidos e formar as proteínas no processo de tradução. A informação da sequência de nucleotídeos é traduzida em uma sequência de aminoácidos, que dão origem a proteína. O Dogma Central é a base de tudo o que somos.

Correção por Beatriz Machado Gomes:
1. Usar um ponto final na primeira sentença após 1970.
2. Ao quê você se referiu em "O DNA armazena a informação genética, que é a sequência linear de nucleotídeos…"? A "sequência linear de nucleotídeos" se refere à "informação genética" ou ao "DNA"? Ficou um pouco confuso, pois como o DNA é dupla fita seriam duas sequências de nucleotídeos… ou não… hehehe. :)
3. Ponto final depois de a sentença "O DNA pode ser transcrito em moléculas de RNA".
4. Seria interessante você usar a última sentença do parágrafo como a "topic sentence", conforme o Daniel explicou na aula.

Ensaio 1 (17/03/2017)

Existem diversos conceitos distintos de espécies, e os critérios adotados para a delimitação e descrição de uma espécie nova variam de acordo com o grupo de organismos estudado. Os estudos baseados em sequências de DNA e marcadores moleculares é uma ferramenta muito utilizada a descrição de espécies e reconstrução da história evolutiva de organismos. Os dados moleculares associados a outros métodos complementam o conhecimento e corroboram hipóteses filogenéticas e evolutivas. A delimitação de espécies é fundamental para o conhecimento da diversidade biológica.

Correção: Rosana Cunha

A proposta do texto foi bem interessante. O conceito de espécie é bastante debatido e o uso de novas ferramentas para delimitar espécies e resolver problemas taxonômicos é assunto recorrente nas pesquisas científicas. A discussão em sala de aula gerou vários cometários que poderiam ter sido utilizados na escrita do seu parágrafo. O texto ficou muito repetitivo, não só de palavras, mas também de ideias. Não leve para o lado pessoal, mas se eu fosse sua revisora, pensaria que estava com preguiça de desenvolver argumentos para defender sua proposta. Sua frase inicial, que deveria ser sua "topic sentence", não foi bem desenvolvida ao longo do parágrafo. Quando a li, pensei: "nas próximas frases ela irá colocar exemplos de delimitação e descrição de espécies em diferentes grupos" ou algo relacionado a isso, mas houve uma ruptura desse pensamento. Você começa uma nova linha de raciocínio que não havia sido introduzida anteriormente, houve uma "quebra" na construção da ideia principal. Sua "topic sentence" é a frase de efeito do seu parágrafo, é ela que vai "chamar a atenção" (ou não) do seu revisor para o que você está prestes a apresentar. Dê muita (muita mesmo!) atenção quando for escrever esta frase; ela tem que ser bem construída, objetiva e abordar a ideia principal que você vai desenvolver no seu texto. Suas frases ficaram muito longas, tente trabalhar melhor sua escrita telegráfica no próximo, ok. Também tenho muita dificuldade com isso, mas com a prática a gente consegue!

Att.

Ensaio 2 (24/03/2017)

A deriva genética é um mecanismo de evolução estocástico. No efeito estocástico, os eventos ocorrem de forma aleatória, porem se conhece os resultados prováveis, fixação ou extinção das modificações alélicas na população. Ocorrem modificações gênicas aleatórias nas populações. No entanto, a frequência de um alelo pode variar aleatoriamente ao longo do tempo devido a causas diversas. A cada geração a frequência de um alelo pode aumentar ou diminuir. Assim, a frequência que este alelo é encontrado na população ao final de um determinado tempo irá resultar na sua fixação e a ausência do alelo a sua extinção na população.

Correção Alfredo:
- O ensaio apresenta uma topic sentence. Ela informa que o parágrafo discutirá sobre deriva genética ser um mecanismo estocástico. Eu trocaria a ordem da escrita para tornar mais direta: A deriva genética é um mecanismo estocástico de evolução.
- As frases são cutas, diretas e claras. No entanto, acabou faltando uma fluidez no texto. As duas primeiras frases apresentam fluidez e formaram uma boa construção, mas a partir da segunda frase o texto perde a fluidez e as frases não se relacionam claramente (ou se relacionam em pares). Isso poderia ser modificado reconstruindo as frases com os mesmos conteúdos.
- Talvez tenha um erro conceitual na frase: " a frequência que este alelo é encontrado na população ao final de um determinado tempo irá resultar na sua fixação e a ausência do alelo a sua extinção na população." -> A presença de um alelo em um determinado tempo não determina que ele esteja fixado, um alelo está fixado quando sua frequêsncia é 1 e dos outros alelos do mesmo locus 0.
- O texto apresenta as características gerais de escrita científica que discutimos, demonstrando um desenvolvimento na habilidade de escrita.

Ensaio 3 (31/03/2017)

Público alvo: estudantes de graduação Ciências Biológicas

A coalescência é o modelo retrospectivo de genética de população. Baseia-se em traçar as sequências alélicas atuais em uma população do passado voltando no tempo até chegar ao ancestral comum mais recente. Os alelos podem ter sido perdidos por deriva genética ou seleção natural e novos alelos gerados por mutação. A distribuição dos alelos existentes pode ser representado na forma de ramos de uma árvore que coalesce de volta para uma única sequência alélica. Os padrões de coalescência geralmente são representados por árvores gênicas, apresentam a genealogia dos alelos da população atual.

Comentários por Beatriz Gomes: o texto está bem claro e objetivo. Bom uso da topic sentence no início. Somente sugiro a inclusão de uma referência bibliográfica.

Ensaio opcional (28/04/2017)

Público alvo: estudantes de graduação Ciências Biológicas

O conceito de espécie é um dos fundamentos das disciplinas biológicas. Há dezenas de conceitos na literatura, que consideram fatores biológico, ecológico, fenético e por reconhecimento. Apesar de não haver consenso na definição precisa do que é uma espécie, o conceito biológico de espécie proposto por Mayr (1963) é o mais amplamente aceito (Ridley, 2006). O conceito biológico de espécie pode ser entendido como, grupos de populações naturais que são capazes de entrecruzamento e são reprodutivamente (geneticamente) isolados de outros grupos similares. Assim espécie é definida como indivíduos que reproduzem-se entre si e não o fazem com indivíduos de outros grupos, mesmo que semelhantes, porque tem alguns atributos que impedem o intercruzamento. O intercruzamento entre as espécies produz a movimentação dos genes, chamado de fluxo gênico.

Referência bibliográfica
Mayr, E. Animal species and Evolution. Harvard University Press, Cambridge, MA. 1963.
Ridley, M. Evolução. 3 ed. Porto Alegre: Artmed, 2006.

Ensaio 04 (05/05/2017)

Público alvo: estudantes de graduação Ciências Biológicas

As árvores filogenéticas são construídas a partir dos dados de organismos proximamente relacionados ou não. Estes dados podem ser caracteres morfológicos, moleculares, ecológicos, reprodutivos ou outros. O mesmo conjunto de dados deve ser comparado entre todos os organismos analisados. Os dados informativos dos organismos serão classificados e agrupados utilizando métodos ou ferramentas que melhor atender a sua necessidade. Os organismos serão classificados conforme a semelhança ou diferença dos caracteres comparados. A utilização de mais de um método para analisar os dados é interessante pois permite comparar as topologias das árvores resultantes, a relação entre os organismos analisados, além de melhor responder aos questionamentos ou hipóteses.

Ensaio 05 (12/05/2017)

Os métodos fenéticos são métodos de reconstrução filogenética. O método fenético busca através de cálculos a reconstrução filogenética. Neste método calcula – se a distância entre os caracteres analisados. O cálculo permite medir a semelhança ou a diferença dos caracteres analisados entre os indivíduos. São utilizados algorítimos específicos para medir as semelhanças ou diferenças e a seguir construídas matrizes de distâncias. As árvores resultam do algorítimo aplicado e da matriz de distância. Com o desenvolvimento de outros métodos de inferência filogenética o de métodos baseados em distância são criticados.

Correção José Serrano Villavicencio (19/05/2017)

Bom resumo do que foi conversado em classe, mas eu acho que teria sido legal você falar um pouquinho da cladistica em oposição à fenética. Acho também que seria bom você diferençar entre os resultados de ambas metodologias e provavelmente comparar um pouco os fenogramas com os cladogramas. Bom ensaio.

Ensaio 06 (19/05/2017)

A árvore filogenética que apresentar a maior verossimilhança é considerada a melhor estimativa da história evolutiva das sequências. O método de máxima verossimilhança (maximum-likelihhod) consiste em estimar a verossimilhança de um conjunto de dados com base em determinado modelo evolutivo. Conforme as premissas do modelo evolutivo adotado, o método calcula a probabilidade de dado alinhamento gerar certa topologia e os comprimentos dos ramos. O método calcula a probabilidades de ocorrência de todos os possíveis estados ancestrais de caracteres nos nós internos da árvores.

Correção por Beatriz Gomes (26/05/2017)

Olá, Lyslaine.
Eu estou pouco familiarizada com o assunto, mas achei bem informativo o seu texto sobre ML. Breve e direto.
Só tive dúvida se o método calcula os possíveis estados ancestrais de caracteres, fruto de minha ignorância.
De qualquer forma, ficou legal o seu ensaio.

Ensaio 07 (26/05/2017)

Para inferir a reconstrução filogenética de um determinado grupo podem aplicados diferentes parâmetros e modelos evolutivos. Os parâmetros utilizados podem ser tais como frequências de bases, taxas de substituição da matriz, porção de sítios invariáveis. As distribuições gama permitem variar as frequências de mutações ao longo das sequências, proporcionando mais realismo ao processo. As distribuições gama possibilitam modelar diferenças nas taxas de substituição em diferentes pontos das sequências. É importante a escolha do modelo evolutivo e parâmetros para a reconstrução filogenética pretendida a fim de obter uma melhor topologia e explicação para o seu conjunto de dados.

Corrigido por Deyvid Amgarten
O texto apresenta boas ideias e está claro no geral.
Algumas sugestões quanto a algumas frases:
"Para inferir a reconstrução filogenética de um determinado grupo podem aplicados diferentes parâmetros e modelos evolutivos". Faltou uma vírgula entre essas duas sentenças e ao invés de "podem", talvez ficasse melhor "podemos".
"Os parâmetros utilizados podem ser tais como frequências de bases, taxas de substituição da matriz, porção de sítios invariáveis". Como isto é uma listagem de exemplos, talvez trocar a última vírgula por um "e".

Ensaio 8 (02/06/2017)

Hill climbing é um modelo matemático utilizado para otimizar as inferências filogenéticas obtidas com os métodos de Máxima Parcimônia e Máxima Verossimilhança. Esta técnica matemática baseia-se em iterações, processo de repetições que busca o melhor o melhor resultado. Diferentes algorítimos são aplicados a este modelo, como o Quartet Puzzle (QP) e o Nearest Neighbor Interchange (NNI), que são algorítimos exploradores e rápido, porém podem não encontrar o melhor resultado. Outros algorítimos muito utilizados e eficientes são Subtree Pruning and Regrafting (SPR) e Tree Bisection and Reconnection (TBR), estes são algorítimos mais específicos.

Corrigido por Deyvid Amgarten
Texto bem escrito, ideias bem encadeadas. Mensagem transmitida.
"Esta técnica matemática baseia-se em iterações, processo de repetições que busca o melhor o melhor resultado." Talvez trocar a vírgula pela palavra "ou".
De maneira geral, percebi que as vírgulas no seu texto estão quebrando a fluidez do texto. Talvez evitá-las nesse sentido melhore a fluidez do texto.

Ensaio 9 (09/06/2017)

O relógio molecular é uma teoria de evolução molecular. Foi proposta em 1962 pelos pesquisadores Linus Pauling e Emile Zuckerkandl, em que relaciona o tempo de divergência entre espécies com o número de diferenças moleculares medidas entre as sequências de DNA ou proteínas. Ou seja, quanto maior o número de diferenças moleculares entre as espécies, maior será o tempo em que elas se divergiram. Essa teoria afirma que as moléculas evoluem em uma taxa aproximadamente constante. Ao longo da evolução as mutações podem acumular-se em qualquer trecho de DNA. Algumas alterações evolutivas ocorrem de maneira similar ao funcionamento de um relógio.

Auto avaliação (23/06/2017)

A disciplina contemplou satisfatoriamente a sua proposta inicial. Foi apresentada com clareza em sala de aula e nas informações disponibilizadas no http://pemarf.wikidot.com. Achei muito positivo a organização do curso, a facilidade de acesso do aluno ao cronograma de aulas, assuntos, seminários, avaliações, a construção da sua nota e o acompanhamento do desenvolvimento da sua habilidade de escrita. A estrutura da disciplina é interessante, estimula o aluno ao desenvolvimento intelectual abordando os conceitos envolvidos na reconstrução histórica a partir de dados moleculares. Os assuntos e artigos trabalhados durante as aulas proporcionaram uma ampliação progressiva do conhecimento acerca da Reconstrução histórica. Achei muito interessante a abordagem dos temas em aula estimulando o pensamento e a aplicação dos conceitos, como o posicionamento de usuário e programador colocado em uma das aulas.

A forma de avaliação é interessante. A produção escrita de um parágrafo sobre algum assunto abordado durante a aula é uma ferramenta de fixação de conteúdo, além de estimular o aluno a desenvolver a habilidade da escrita. Apesar das minhas dificuldades gostei da avaliação seguindo o modelo de concurso público. Achei positivas as formas de avaliação, elas estimulam o aluno a desenvolver a escrita científica, o raciocínio e a oralidade, que são habilidades de grande importância para a nossa formação.

Como sugestão, os artigos poderiam ser disponibilizados com maior antecedência.

Considero meu desempenho na disciplina satisfatório. Estive presente em todas das aulas e fiz todas as atividades propostas. Apesar das minhas dificuldades, acredito que a minha escrita científica progrediu durante o curso. A disciplina contribuiu para o meu conhecimento e crescimento profissional.

Auto avaliação: considero que minha nota seja 1,0.

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