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Ensaio opcional (10/03/17)

Francis Crick em seu trabalho sobre o Dogma Central da Biologia Molecular de 1970 expressa seu entendimento sobre o fluxo da informação molecular. Crick postula que a informação contida no código genético quando transformada em proteína não pode retornar a transformação para a forma do ácido nucleico original. A transferência da informação de ácido nucleico para outro ácido nucleico é possível, mas a transferência de proteína para proteína não é possível, assim como não é possível a transferência da informação de proteína para ácido nucleico. Dessa maneira o fluxo de informação molecular é unidirecional e previsível.

Correção por Bruno F. Lima (17/03): Achei que você expressou muito bem a ideia central do seu parágrafo (topic sentence), porém faltaram alguns pontos e vírgulas para dar uma pausa ao leitor e este entender o que você está tentando dizer. Por exemplo, a primeira sentença ficou muito longa; acredito que o uso de algumas vírgulas poderia facilitar a leitura. A segunda sentença também ficou um pouco confusa, e acredito que você não explicou muito bem como seria possível a transferência de informação de um ácido nucléico para outro ácido nucléico. Porém, como afirmei no começo, você conseguiu transmitir bem a ideia do que é o Dogma Central da Biologia.
Abraços, Bruno

Ensaio 1 (17/03/17)

Delimitar espécie é um processo metodológico que nos permite reconhecer os limites entre os organismos (espécies). Reconhecer espécies é um fator de fundamental importância em biologia. Para se reconhecer espécies são empregadas diversas metodologias, desde morfológicas; comportamentais; moleculares, etc. O aspecto fundamental de qualquer metodologia empregada para se delimitar espécies é tornar o grupo de estudo (organismos) comparável, seja através da comparação de caracteres morfológicos; sequencias de nucleotídeos, etc. Apenas com o estudo comparativo dos organismos podemos reconhecer semelhanças e diferenças entre os mesmos, e, a partir desta, encontrar argumentos que justifiquem uma proposta de delimitação.

Correção Giulia

Falta alguns acentos nas palavras. Por exemplo, sequências.
Não sei para você, mas para mim, ponto e vírgula no meio da frase parece estranho.
Eu trocaria no final, esse: "Apenas com o estudo comparativo dos organismos podemos reconhecer semelhanças e diferenças entre os mesmos", por, reconhecer suas semelhanças e diferenças.
Usou a frase título.
O encadeamento das ideias está legal.

Ensaio 2 (24/03/17)

A evolução darwiniana não é o único processo que gera mudanças nos organismos, os processos associados a deriva genética promovem mais alterações nos organismos do que a seleção natural. Toda força capaz de gerar alteração molecular, como o fluxo genético, a mutação e a deriva genética produzem um número alto de mudanças nucleotídicas. Essas mudanças genéticas podem ou não resultar em mudanças morfológicas, pois a maioria delas é neutra ou pouco significativa. A deriva genética é um processo estocástico que ocorre independente da existência de fatores de seleção natural. Desta maneira, é possível que ocorra descendência com modificação, mesmo sem a atuação da seleção natural.

Correção por Camila Chabi (31/03/17)

Algumas sugestões para melhorar ainda mais seu ensaio:
1-Deixar evidente seu tema, colocar como enunciado mesmo;
2- Muita redundância nos conceitos, tente ser mais sucinto e que cada frase represente uma ideia diferente;
3- Após essa aula entendi que temos sempre que colocar referência em todos as ideias colocadas no texto;
4- Como você tentou escrever frases curtas, algumas delas ficaram "truncadas". Seria legal procurar elementos para "lincar" essas frases;
5-Tente sempre utilizar algum exemplo sobre o tema abordado, a leitura fica mais interessante e rica cientificamente.

Ensaio 3 (31/03/17)

Potencialidades da aplicação do número efetivo da população

Público alvo: alunos de pós-graduação da Zoologia.

O tamanho efetivo de uma população é uma parâmetro importantíssimo para se extrair dados sobre as características da população de estudo. Saber se uma população possui um Ne pequeno ou grande, traz consigo dados a respeito da história daquela população. Uma população em equilíbrio de Wright-Fisher pequena, por exemplo, chega a uma homogeneidade homozigótica com um número menor de gerações do que uma população grande. Outros aspectos implícitos no Ne é que os efeitos de seleção são observados de forma diferente em populações pequenas e em populações grandes. Os efeitos da seleção em populações pequenas são mais brandos (menos representativos) do que em populações grandes, onde a seleção é um importante fator de homogenização de heterozigose da população.

Correção Ana Laura

Olá, Marcolino,

Na primeira linha, substituir “…uma parâmetro…” por …um parâmetro…”;
Na primeira linha, quando você fala em tamanho efetivo da população, já seria necessário colocar Ne em seguida, entre parênteses, porque depois você usa essa abreviatura sem ter explicado antes o que ela significa;
Em “Os efeitos da seleção em populações…”, seria melhor dizer os efeitos de seleção natural…
Você fala que os efeitos de seleção natural são brandos em uma população pequena, mas devia também dizer o que é então que age com maior força em uma população com essas características.

Ensaio 4 (05/05/17)

A história evolutiva dos organismos lembra uma estrutura arbórea

Público alvo: alunos de pós-graduação em Zoologia.

O paradigma do ancestral comum de todos os seres vivos é a base fundamental sobre a qual a biologia está construída. O processo de evolução biológica apresentada por Darwin e Wallace está profundamente associada ao conceito de ancestralidade comum (Baum & Smith, 2013). Darwin em seu livro On the Origin of Species faz um esboço da relação de parentesco entre alguns organismos através de um esquema que lembra uma árvore. A representação da organização dos seres vivos através de uma árvore enfatiza a ideia de que todos os organismos estão ligados evolutivamente. Essa ligação evolutiva é reconhecida quando comparamos os seres vivos atuais entre si e esses com os organismos já extintos, isso dentro de uma perspectiva filogenética. Representar as relações de parentesco dos organismos através de uma árvore evidencia a ideia de que quando recuamos no passado histórico chegamos a um ponto de convergência (ancestral comum) que une todos os organismos, assim como, o tronco de uma árvore une todos os seus galhos.

Ref: Morrison, D. A. (2013). Tree Thinking: An Introduction to Phylogenetic Biology. David A. Baum and Stacey D. Smith.

Correção por Bruno Lima (12/05/17)
Olá Marcos. Achei que você conseguiu usar com sucesso, em seu ensaio, frases mais curtas e diretas sem deixar o texto telegráfico. Isto é, você usou bem os conectivos entre as sentenças. Porém, notei que você utilizou algumas repetições, o que deixou o texto um pouco truncado (por exemplo, você diz "Representar as relações de parentesco dos organismos através de uma árvore evidencia…", o que torna a sentença um pouco longa e repetitiva, como disse, porque você já havia usado essa construção em uma frase anterior). Talvez, rearranjar as frases para tornar o texto mais direto fosse melhor. Em suma, gostei do conceito que você conseguiu passar e da frase final, em que você explica porque um diagrama evolutivo lembra uma árvore. Atenciosamente, Bruno

Ensaio 5 (12/05/17)

O uso de filogenia para proposição de relacionamento entre táxons.

Público alvo: alunos de pós-graduação em Zoologia.

Propor uma filogenia é criar uma hipótese de relacionamento evolutivo entre organismos. Essa metodologia é a forma com a qual somos capazes de estabelecer as relações de parentesco entre entidades atuais sem, necessariamente, ter acesso aos seus ancestrais, exceto por alguns poucos fosseis. As filogenias ou árvores filogenéticas são construídas com base em parâmetros de análise que estão associados a algum algorítimo, devido a isso, para se obter uma árvore filogenética é necessário a escolha de algoritmos. Todos os algorítimos tem uma forma particular de analisar os dados aos quais ele é submetido, mas todos tem como objetivo gerar uma, ou varias, hipóteses de relação de ancestralidade entre táxons (Matioli & Fernandes, 2012). Existem, basicamente, duas "classes" de algoritmos, aqueles que fazem uma busca exaustiva de árvores e aqueles que fazem uma busca heurística de árvores filogenéticas. Em uma busca exaustiva o algoritmo enumera todas as possíveis árvores que representam uma unidade taxonômica. Um problema desse tipo de algoritmo é que quanto maior o número de táxons analisados maior será o tempo computacional associado sendo, por isso, muitas vezes inviável o seu cálculo. Em uma busca heurística o algoritmo procura por árvores dentro de um subgrupo que ele constrói com base em diferentes critérios que variam de acordo com o algoritmo escolhido. De qualquer forma, o resultado de uma busca heurística é uma estimativa subótima de árvores (Matioli & Fernandes, 2012).

ref: Matioli, Sérgio Russo, and Flora Maria de Campos Fernandes. "Biologia molecular e evolução." Biologia molecular e evolução. Holos/Sociedade Brasileira de Genética, 2012. pg. 97-129.

Comentários:
Gostei bastante do seu ensaio. Não achei nele nenhum erro, vou fazer apenas alguma sugestões.
Algumas frases no inicio do texto estão longas e com várias quebras, o que faz com que você utilize várias vírgulas. Talvez seria melhor reescreve-las.
Também tentaria abordar mais sobre o texto na sentença tópico, algo relacionado aos algoritmos de busca de árvores talvez, já que esse é o principal assunto.

Ensaio 6

Modelo estatístico aplicado a filogenia.

Público alvo: alunos de pós-graduação em Zoologia.

A teoria estatística de máxima verossimilhança é um modelo que encontrou aplicação na filogenia molecular. Sua utilidade se dá devido a possibilidade de se incluir parâmetros evolutivos nas análises como taxa de substituição de nucleotídios, frequência de bases, heterogeneidade de taxas de substituição de sítios (Batista, 2009).
Com esse modelo a árvore filogenética obtida será aquela que apresente a maior probabilidade, ou seja, a mais verossímil. Os resultados gerados com o ML (maximum-likelihood) estão associados ao modelo evolutivo escolhido. A ML faz uma estimativa da probabilidade (verossimilhança) de topologias que podem ter ocorrido historicamente. Os parâmetros do modelo evolutivo escolhido vão influenciar o valor de confiança das topologias possíveis, isso associado ao número de táxons inclusos na análise vão determinar o tempo computacional necessário para o cálculo.

ref. Batista, J. L. F. (2009). Verossimilhança e Máxima Verossimilhança. Material de estudo que acompanha aula sobre o tema. Centro de Métodos Quantitativos (http://cmq. esalq. usp. br/), Departamento de Ciências Florestais, Escola Superior de Agricultura” Luiz de Queiroz”, Universidade de São Paulo. Campus Piracicaba.

Comentários:
Vou fazer alguns comentários que podem colaborar com o texto.
A expressão "se dá devido a" soa um pouco cacofônica, além da repetição do "se" na mesma frase. Sugiro substituir, talvez por "ocorre devido a…" ou alguma outra maneira.
Na terceira frase tem um erro, porque a árvore obtida é aquela com o maior likelihood (verossimilhança), e não a com maior probabilidade.
A ultima frase está um pouco confusa porque mistura informações sobre valor de confiança das topologias com tempo computacional. Sugiro separar essas informações.

Ensaio 7 (26/05/2017)

Tema: O sexo como fator de seleção

Público alvo: alunos de pós-graduação em Zoologia.

A preferencia por parceiros sexuais dentro de universo de possibilidades em uma população é um mecanismo de seleção natural. Assim como fatores de competição entre espécies são explicados por seleção natural os fatores relacionados a escolha do parceiro sexual em uma população, também exercem uma pressão seletiva. A esse tipo seleção Darwin deu o nome de seleção sexual.
A ideia inicial proposta por Darwin de seleção sexual enfatiza a vantagem que alguns indivíduos de uma população tem sobre os demais no que se refere a reprodução. Indivíduos de uma espécie, tanto machos como fêmeas, que diferem dos demais em aspectos estruturas como cor, tamanho do ornamento, canto, etc, podem ser mais atraentes para reprodução. Caso a atração seja aumentada por essas diferenças elas serão preservadas na população por seleção sexual (do Carmo et al., 2009). Isso ocorre pelo fato de machos e fêmeas transmitirem essas características vantajosas aos seus descendentes via reprodução.

ref: do Carmo, V. A., Bizzo, N., & Martins, L. A. C. P. (2009). Alfred Russel Wallace e o princípio de seleção natural. Filosofia e História da Biologia, 4(1), 209-233.

Comentários: Ángela Sabrina

Oi Marcos!
Acho que seu texto está bem escrito e bem estruturado. Você usou uma primeira frase (sentence topic) que foi desenvolvendo no resto do texto. As frase são curtas e conexas. Só acho que faltou um “de” na seguinte frase: A esse tipo “de” seleção Darwin deu o nome de seleção sexual. Do resto, acho que o texto está muito bem escrito seguindo as recomendações feitas pelo professor.
Acho que preferencia tem acento marcado (preferência), não?

Obrigada pelas seus comentários!

Ensaio 8 (2/06/2017)

Tema: Inferindo estados ancestrais com sistemática filogenética

Uma das utilidades do mapeamento filogenético é o reconhecimento de estados ancestrais. Algumas ferramentas (métodos) são utilizadas para se construir um mapeamento filogenético e com ele inferir estados ancestrais. Os métodos de parcimônia, máxima verossimilhança e inferência Bayesiana são algumas das ferramentas utilizadas com propósitos de inferir estados ancestrais (Matioli & Fernandes, 2012). Além dos métodos de geração de mapeamento filogenético, existem algorítimos que auxiliam a busca pela topologia que melhor represente os seus dados. Os algorítimos com essa finalidade são conhecidos como critério de optimização. Todo critério de optimização faz uma busca pelo máximo local dentro de uma paisagem de árvores. Cada algorítimo possui uma mecânica particular de busca e se pode usar mais de uma algorítimo em uma busca. Alguns exemplos de algorítimo são: Quartet Puzzle, NNI, TBR e SPR.

Ref: Matioli, Sérgio Russo, and Flora Maria de Campos Fernandes. "Biologia molecular e evolução." Biologia molecular e evolução. Holos/Sociedade Brasileira de Genética, 2012. pg. 147-156.

Comentado por Filipe Gudin: Olá Marcos! Acho que o texto é bem objetivo e bem escrito. Porém, sinto que falta usar mais conectivos, o que daria mais fluidez à suas explicações e evitaria um pouco algumas repetições de termos. Por exemplo, nas três primeiras frases o termo "estados ancestrais" aparece em todas, sendo que as frases poderiam estar ligadas com "que, o qual", referindo-se a esse termo. Cada frase parece ter sentido em si mesma, sem ter conexão com as outras sentenças. Ao utilizar conjunções como "portanto, porém, inclusive" ajuda o leitor a desenvolver o raciocínio que você está desenvolvendo. Sem isso, eu tenho que me focar muito mais em cada frase para ver o que ela está dizendo, já que cada frase encerra-se em si mesma. Além disso, você diz que "Os algoritmos com essa finalidade (buscar topologia) são conhecidos como critério de otimização". Na verdade, um critério de otimização não é um algoritmo. Os algoritmos são submetidos ao critério. O critério é proveniente da estatística ou filosofia aplicada ao método, sendo algo que vai guiar a sua busca (feita pelos algoritmos) pela melhor hipótese, que no caso é a topologia.

Ensaio 9 (09/06/17)

Tema: O uso de taxas de evolução molecular como relógio.

A substituição de nucleotídeos se comporta semelhante a um cronômetro com mudanças constantes. Com o estudo da variação das proteínas entre vertebrados foi possível notar uma taxa, aproximadamente, constante de variação. O estudo nas décadas de 60-70 com proteínas como a hemoglobina, mostrou a possibilidade de uso das taxas de variação como um relógio (Matioli & Fernandes, 2012). Essa taxa é o resultado de substituições de nucleotídeos em proteínas. Em mamíferos essa taxa de substituição é quase constante, por isso é possível rastrear o período em que ocorreu uma divergência. Apesar disso é importante lembra que as taxas de substituição em nucleotídeos, assim como, em regiões diferentes dentro de um gene são diferentes. As taxas de substituições no genoma mitocondrial, também são diferentes das taxas no genoma nuclear.

Ref: Matioli, Sérgio Russo, and Flora Maria de Campos Fernandes. "Biologia molecular e evolução." Biologia molecular e evolução. Holos/Sociedade Brasileira de Genética, 2012. pg. 139-141.

Ensaio 10 e autoavaliação

Eu esperava com a disciplina ter a oportunidade de discutir e refletir sobre alguns conceitos básicos da biologia que são aprendidos na graduação, mas sem o espaço para discussão. Exemplo de conceitos desse tipo são: conceito de espécie, teoria neutra, seleção natural e sexual, etc.
Está disciplina foi o meu primeiro contato com as metodologias de análise de dados moleculares no estudo da evolução e delimitação de espécies. Foi muito proveitosa por ter sido apresentado na disciplina os artigos canônicos de cada uma das diferentes metodologias. A apresentação do Daniel e as discussões me ajudaram a entender as possibilidades e limitações das metodologias estudas e os erros recorrentes encontrados na literatura.
Com relação ao meu aproveitamento creio ter sido excelente. Eu esperava concluir a disciplina com suporte suficiente para poder, posteriormente, me aprofundar mais nas metodologias de análise de dados moleculares, mas hoje tenho, além disso, uma visão muito mais critica dos principais métodos.
Uma coisa que se alterou ao longo da disciplina foi a disponibilidade dos artigos antes das aulas. Isso me atrapalhou um pouco porque os artigos e textos que passei a ler sobre os temas das aulas não foram tão bons quantos os disponibilizados pelo Daniel.

Autoavaliação: Me dou nota 1 (um).

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