|
Table of Contents
|
Ensaio 1 - 12 de março de 2019
The Central Dogma of Molecular Biology and Implications to Phylogenetics Reconstruction
The Central Dogma of Molecular Biology, enunciated by Francis Crick in 1958, describes how the information flows through the biological systems with DNA, RNA and proteins (Figure 1). Nowadays this dogma has been modified, with addition of new informations of theses processes that were acquired by new technologies (Figure 2). This dogma has a large contribution in phylogenetics studies, specially to those with molecular tools. The nucleotide mutations observed in alignments can be a phylogenetic signal and may be used in a phylogenetics reconstruction. However, at the same time, it can be a noise to your analyses, since mutations can be not genetic relevants - don't implies shifts in the translation of aminoacids and/or proteins -, such as third codon position mutations, causing saturation. Get to know the Central Dogma of Molecular Biology have a great importance to understand the biological system that is the object of study, to have a critical view of the data collected, and if it corresponds to the true evolutionary story.
Figure 1. Central Dogma of Molecular Biology described by Crick (1958)
Figure 2. Central Dogma of Molecular Biology with modifications discovered by new technologies
Ensaio 1 - Correção feita por Daniel Castro Pereira (19 de março de 2019)
The Central Dogma of Molecular Biology was enunciated by Francis Crick in 1958. The dogma describes the information flow through biological systems with DNA, RNA and proteins (Figure 1). Nowadays, new technologies provided new informations about these biological systems. The addition of these new informations modified the Central Dogma of Molecular Biology (Figure 2). This dogma has a large contribution to phylogenetics studies, specially to those with molecular tools. Nucleotide mutations observed in alignments may be a phylogenetic signal. These mutations may be useful for phylogenetics reconstruction. However, at the same time, mutations may be simply a noise due to their genetic irrelevance. That is, when mutations don't imply shift in translation process. For example, when third codon position mutations cause saturation. Understanding the Central Dogma of Molecular Biology is important for the comprehension of any biological system. Also, undestanding the dogma is important to develop a critical view about collected data and about their correspondence to the true evolutionary history.
Comentário
O texto é claro e não apresenta ambiguidades. Além disso, a utilização de figuras é valiosa, pois auxilia ainda mais na compreensão do que está sendo abordado no texto. Os únicos pontos que eu levanto são: 1- Seguindo o critério de ''1 verbo, 1 sentença'', várias frases grandes podem ser divididas em mais de uma. 2- Embora eu tenha utilizado a citação a Francis Crick quando reescrevi o ensaio, eu a retiraria, pois a sentença-tópico mais adequada à abordagem do texto é "The Central Dogma of Molecular Biology describes the information flow through biological systems with DNA, RNA and proteins (Figure 1)". 3- O trecho "in the translation of aminoacids and/or proteins" é redundante, uma vez que tradução é o processo de síntese de aminoácidos/proteínas, e eu removeria o trecho "of aminoacids and/or proteins".
Ensaio 2 - 26 de março de 2019
Testing hypotheses in Experimental Evolution
The Experimental Evolution uses experiments to research evolutionary processes. This area study fields as population genetics, evolutionary theories and adaptation. The experiments use model organisms. This due their short generation number and its adaptation in lab. The choice of model organism rely on the hypothesis of the study. Moreover, the decision of model organism depends on the lab infrastructure. All experiments have replicates, control, and treatment samples. One of the limitations of these experiments is population size. Genetic drift occurs in small populations. And endogamy, too, appear in limited populations. Those problems can be reverted by crossing different replicates. This increase the genetic diversity of the samples. The Experiment Evolution contributes to many areas in Evolution. Results of experiments contributed in evolutionary hypotheses studies, such as Natural Selection and Genetic Drift. Experimental Evolution is a powerful area in Evolution.
Comentário
Para esse ensaio, meu exercício foi tentar diminuir ao máximo frases com voz passiva.
Comentário por Carol F. (02 de abril de 2019)
Frases muito curtas, deixaram o texto com pouca fluidez e difícil de identificar o começo, meio e fim. Algumas sentenças ficaram meio cortadas, com o início em uma frase e o fim em outra.
Ensaio 3 - 30 de abril de 2019
Reconstructing evolution through ancestrality
One of the main areas in Biology is Phylogenetic Systematics. Phylogeny's main objective is categorize taxa through their ancestry and this is represented by a phylogenetic tree (Fig. 1). The analyses of ancestry is through characters of taxa that are homologous. Many characters can be used to infer phylogenies, such as ecology, molecular and morphology data. The phylogenetic tree is reconstructed based on the similarities or differences between the characters taxa. When two taxa has similar characters, phylogeny method place they close to each other by a node, as in the case of the red dot that units B and C in Figure 1. This node represents a hypothetic ancestral between these two taxa. We can infer this node as a hypothetic ancestral since all of the characters analysed are homologous. Additionally, B and C are called sister-group. A sister-group is a clade formed by different taxa and this taxa have the same hypothetical ancestral. Through the analyses of phylogeny, we can infer patterns of evolution, study evolution of characters, describe new species, investigate patterns of diversification, among other cases in Biology.
Figure 1. Example of Phylogenetic Tree. Blue line shows relationship between B and C. Red dot represents a node that are hipotetic ancestral of B and C.
Comentários por Letícia - 07 de maio de 2019
O texto ficou muito bom e claro. Eu mudaria a parte da frase "Many characters can be used to infer phylogenies, such as ecology (…)", colocaria alguma palavra para deixar claro que são dados ecológicos, moleculares e morfológicos. Muito bom que você usou a figura para explicar um termo.
Reescrita do ensaio 3 por Letícia
One of the main areas in Biology is Phylogenetic Systematics. Phylogeny's major objective is categorize taxa through their ancestry which is represented by a phylogenetic tree (Fig. 1). The analyses of ancestry is done using characters of taxa that are homologous. Many characters can be used to infer phylogenies, such as ecological, molecular and morphological data. The phylogenetic tree is reconstructed based on the similarities or differences between the character's taxa. If two taxa has similar characters, phylogeny method place them close to each other by a node. As can be seen on figure 1, the node represented by the red dot that unites B and C. This node represents a hypothetic ancestral between these two taxa. We can infer this node as hypothetic ancestral since all of the characters analysed are homologous. Additionally, B and C are called sister-group. A sister-group is a clade formed by different taxa that have the same hypothetical ancestral. Through the analysis of phylogeny, we can infer patterns of evolution, study evolution of characters, describe new species, investigate patterns of diversification, among other cases in Biology.
Ensaio 4 - 14 de maio de 2019
1. Qual a minha maior dificuldade na redação dos ensaios?
Uso de retórica: utilizar sentimento para trazer relavância do tema apresentado
2. Qual é o aspecto que meus colegas têm mais dificuldade?
Conclusão: concluir de uma forma que mostre as ideias trazidas no parágrafo desenvolvido.
Ensaio 5 - 21 de maio de 2019
Methods to reconstruct evolution
Phylogenetic systematics has many methods to reconstruct evolution. Some of these methods can be classified as genetic distance or parsimony methods. Genetic distance uses differences (or distance) between DNA sequences to reconstruct phylogenies. The branch length and phylogenetic relationships are calculated with those differences between taxa. Low differences between two taxa shows close phylogenetic relationship. The parsimony method differs from this approach. In this, characters have a transformation series. One character will evolve to another, and each transformation has a cost. The most parsimonious phylogenetic tree is the one with lower cost of transformation series. These differents methods show the importance of define assumptions (genetic distance or parsimony) prior to phylogenetic analyses. With this, we can define the most appropriate method to reconstruct phylogenies.
Ensaio 6 - 28 de maio de 2019
Delimitação do Ensaio Final - Dia 1
O que deve conter no ensaio:
1. Devem ser escritos de acordo com conceitos sobre escrita científica discutidos em sala.
2. Devem ser entregues preferencialmente em inglês, porém podem também ser entregues em português. Não podem ser entregues em espanhol.
3. Devem conter referências.
4. Devem ter no máximo 1300 palavras.
5. Podem ser utilizados recursos de ilustração, links externos, vídeos, etc.
Ponto escolhido para a prova: o papel de reconstrução histórica na era do "Big Data"
Tema do ensaio final: estudos com espécies crípticas usando filogenia e genômica
Outline
1) O problema das espécies crípticas na taxonomia. Definição de espécies crípticas. Figura com exemplo de espécie críptica¹ ². Contribuição de filogenias nos estudos de espécies crípticas e exemplo de estudo filogenético com marcador molecular (sequenciamento Sanger). Linkar com o grande volume de dados obtidos atualmente com a era Genômica.
¹Hypsiboas https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3904076/
²Anolis https://zookeys.pensoft.net/articles.php?id=26936
2) Explicar o que é a era genômica. Exemplificar com estudo com grande volume de dados genômicos (tamanho dos arquivos x número de reads obtidos do genoma). Por que usar genômica para fazer filogenias? Exemplificar com estudo filogenético com genômica.
3) Contribuições da genômica e filogenia para a caracterização de espécies crípticas. Exemplos de filogenias que usaram genômica para espécies crípticas.
4) Retomar o que foi trazido pelo texto, pontuando contribuições que a filogenia e genômica trazem quando associadas.
Possíveis referências:
- https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12862-019-1345-z
- https://peerj.com/articles/6045.pdf
- https://academic.oup.com/sysbio/article/67/6/1061/4960881
- https://onlinelibrary.wiley.com/doi/pdf/10.1002/ece3.4694
- https://bmcevolbiol.biomedcentral.com/track/pdf/10.1186/s12862-019-1345-z
Ensaio 7 - 4 de junho de 2019
Delimitação do Ensaio Final - Dia 2
Tema do ensaio final: estudos com espécies crípticas usando filogenia e genômica
Construção de sentenças tópicos para cada parágrafo
1) O problema das espécies crípticas na taxonomia. Definição de espécies crípticas. Figura com exemplo de espécie críptica. Métodos para detectar espécies crípticas. Comentar sobre a contribuição de filogenias para esses casos.
Topic sentence: Cryptic species are taxonomic units genetically/biological distinguishable, but they are morphologically identical.
2) A contribuição de filogenias nos estudos de espécies crípticas e exemplo de estudo filogenético com marcador molecular (sequenciamento Sanger). Linkar com o grande volume de dados obtidos atualmente com a era Genômica.
Topic sentence: Phylogeny helps the detection of cryptic species.
3) Explicar o que é a era genômica. Mostrar grande volume de dados genômicos (tamanho dos arquivos x número de reads obtidos do genoma - tabela?). Como fica a filogenia com esse volume de dados trazidos pela genômica?
Topic sentence: Genomic is the study of genome of an organism or a group in large scale (Nature https://www.nature.com/scitable/definition/genomics-126)
4) Por que aliar filogenia e genômica? Exemplificar com estudo filogenético com genômica.
Topic sentence: Phylogeny can bring … to biodiversity evolution with genomic data.
5) Contribuições da genômica e filogenia para a caracterização de espécies crípticas. Exemplos de filogenias que usaram genômica para espécies crípticas.
Topic sentence: Studies approached genomic techniques and species delimitation.
6) Retomar o que foi trazido pelo texto, pontuando contribuições que a filogenia e genômica trazem quando associadas.
Topic sentence: This essay showed the relevance of phylogenetics reconstruction and genomics for cryptic species.
Ensaio 8 - 11 de junho de 2019
Autoavaliação
Minha autoavaliação é de 0,8. Com essa disciplina, pude consolidar conceitos teóricos fundamentais da área, especialmente pelos artigos trazidos. Participei da discussões, entretanto poderia ter sido mais ativa em algumas delas. Consegui realizar todas as atividades e senti um grande progresso na minha escrita. O mais benéfico que essa disciplina me trouxe foi a reflexão sobre como escrever cientificamente.
Avaliação da Disciplina
A disciplina cumpriu com o papel proposto, de apresentar os aspectos teóricos de evolução molecular e reconstruções filogenéticas. A metodologia de escrita de parágrafos e bibliografia de escrita acadêmica foram excelentes. A dinâmica de avaliação de sua própria escrita e da dos colegas também foi ótima. Ela poderia ocorrer mais vezes ao longo disciplina, para os alunos sentirem o progresso que estão tendo no semestre. Uma crítica é que através de conversas com colegas, vi que algumas dúvidas não foram sanadas sobre alguns temas (especialmente relacionados aos de genética de população). Minha sugestão é abrir um formulário de respostas anônimas no Google para que os alunos possam fazer perguntas. Assim, o professor pode verificar se houve dúvidas em uma aula e saná-las na aula seguinte. Sugiro também deixar mais claro a relação da genética de populações e filogenia durante a aula ou em alguma referência bibliográfica.