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Table of Contents
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Ensaio opcional - 12-03-2019
O Dogma Central
O Dogma Central da biologia molecular, proposto por Crick [2], refere-se ao fluxo unidirecional da transmissão de informação genética, ou seja, a informação contida no DNA é transmitida para o RNA através do processo de transcrição, que, por sua vez, transmite para as proteínas através da tradução [2] [3]. Este princípio ainda estabelece que os processos de replicação do DNA e do RNA também ocorrem, porém a transmissão de informação de proteína para ácido nucleico ou de proteína para proteína seria impossível [2] (Fig.1). Com o avanço da ciência e a descoberta de novas evidências, como a transcrição reversa [1] [7] e os príons [4] [6], este princípio passou a ser questionado e não mais aceito de modo dogmático. Apesar disso, não se pode negar sua importância, uma vez que indica um sistema fundamental à vida dos organismos e consiste no principal sistema de transmissão de informação genética [5].
Ensaio 1 - 19-03-2019
Correção Ensaio opcional por Bárbara Brito
O Dogma Central da biologia molecular foi proposto por Crick [2] e refere-se ao fluxo unidirecional da transmissão de informação genética. A informação genética, contida no DNA, é transmitida para o RNA via do processo de transcrição e posteriormente transmitida para as proteínas via tradução [2] [3]. Este princípio estabelece que os processos de replicação do DNA e do RNA são viáveis, porém a transmissão de informação de proteína para ácido nucleico ou de proteína para proteína seria impossível [2] (Fig.1). Com o avanço da ciência e a descoberta de novas evidências, como a transcrição reversa, [1] [7] e os príons [4] [6], este princípio passou a ser questionado. Apesar de não aceito de forma mais dogmática, sua importância persiste de forma funcional devido ao seu evidente papel no sistema de transmissão de informação genética [5].
Ensaio 2 - 26-03-2019
The neutral theory of molecular evolution
The neutral theory of Kimura (1968) and King and Jukes (1969) holds that most of the mutations involved in molecular evolution are neutral or nearly neutral and do not affect the fitness of populations. Until then, natural selection was the predominant factor used to explain the process of evolution. The publication of this theory gave rise to an intense neutralist-selectionist controversy (Nei, 2005). Selectionists support the idea that divergence between species is a response to a positive selection (or adaptation), whereas the non-adaptative process has no contribution to evolution (Duret, 2008). According to Kimura (1968), however, the rate of nucleotide substitution between lineages is so high that it could only result from stochastic processes. In other words, the majority of evolutionary changes occur due to fixation of neutral or nearly neutral allelic mutations through the cumulative effect of genetic drift (Kimura, 1991). Nowadays, this theory is widely confirmed through the genomic data and provides the theoretical framework in evolutionary studies, being considered as the null hypothesis (Duret, 2008).
References
Duret, L. 2008. Neutral theory: The null hypothesis of molecular evolution. Nature Education 1(1):218.
Kimura, M. 1968. Evolutionary Rate at the Molecular Level. Nature 217:624.
Kimura, M. 1991. The neutral theory of molecular evolution: a review of recent evidence. Jpn J Genet 66:367-386.
King, J. L. & Jukes, T. H. 1969. Non-Darwinian Evolution. Science 164:788-97.
Nei, M. 2005. Selectionism and Neutralism in Molecular Evolution. Mol Biol Evol. 22(12):2318–2342.
Correção Ensaio 2 por Arthur 02/04/2019
Primeiramente, gostei do parágrafo. Tenho poucas considerações:
1 - Fiquei em dúvida quanto à construção da primeira frase. A teoria neutra seria de autoria teria sido proposta "simultaneamente" (apesar do ano de diferença) por Kimura (1968) e King and Jukes (1969) ou os segundos teriam incrementado as ideias do primeiro?
2 - Tentar alocar citações ao final das frases.
3 - Considero que ao menos duas frases estão longas e poderiam ser interrompidas, sem perda de informação ou qualidade.
4 - Uma frase frase carece de citação.
Ensaio 3 - 30-04-2019
Misinterpretation of the evolutionary process and the lack of tree-thinking
Tree-thinking is the core of evolutionary studies. Evolutionary biologists widely represent the evolutionary relationships of lineages in trees (Baum et al, 2005). However, this representation can be quite challenging for undergraduate students and even graduated nonspecialists (Baum et al, 2005; Eddy et al, 2013). Phylogenetic trees are commonly interpreted through the tips of the branches as a single and linear progression from primitive to advanced species (Baum et al, 2005). For example, the tree in figure 1 could be erroneous interpreted as an evolution from fish, as the primitive one, to the human, the advanced one. This could even explain the common belief that one species evolves to another originating a new species (Eddy et al, 2013). Educational strategies are a powerful resource to avoid the misinterpretation of trees and therefore the misinterpretation of the evolutionary process. Instead of focusing on how to analyze an existing tree, activities of tree-building could be more efficient to practice the tree-thinking (Eddy et al, 2013).
Figure 1. Example of a phylogenetic tree. Taken from Baum et al, 2005.
References
Baum, D. A.; Smith, S. D. & Donovan, S. S. S. 2005. The Tree-Thinking Challenge. Science 310(5750): 979-980.
Eddy, S. L.; Crowe, A. J.; Wenderoth, M. P. & Freeman, S. 2013. How should we teach tree-thinking? An experimental test of two hypotheses. Evolution: Education and Outreach 6(13): 1-11.
Correção Ensaio 3 por Arthur 07/05/2019
Considerei este ensaio muito bem escrito.
- A frase tópico é informativa;
- As frases são curtas e objetivas;
- O desenvolvimento é claro e direcionado;
- A conclusão oferece uma solução à questão trabalhada. Ótima conclusão.
Minha única consideração consta na terceira frase:
- Fiquei um pouco em dúvida se o desafio para estudantes e não especialistas seriam em relação à replicação ou à compreensão do método. Assim, acho que a frase poderia ser ligeiramente modificada para:
"However, the undestanding of this representation can be quite challenging for undergraduate students and even graduated nonspecialists (Baum et al, 2005; Eddy et al, 2013)"
Ensaio 4 - 14-05-2019
Minhas dificuldades:
Tenho grande dificuldade em diminuir o tamanho das frases e em não utilizar voz passiva.
Dificuldades dos colegas:
Acredito que, além da utilização da voz passiva, meus colegas também tem dificuldade em demonstrar suas afirmações.
Ensaio 5 - 21-05-2019
Maximum likelihood estimation in molecular phylogeny
Maximum likelihood (ML) is a statistical estimated method for reconstructing the relationships between sequences data (Holder & Lewis, 2003). The method is based on an evolution model and the data provided, resulting in a phylogenetic tree with the most probability of having produced the observed sequences (Ridley, 2004; Sakamoto, 2016). Suppose we have the tree in figure 1A, with four terminal taxa, two internal nodes and only one site with nucleotide for each. Considering a simple model of evolution in which the chances of change from one nucleotide to another (p) is the same, we will have the matrix represented in figure 1B. In an analysis based on this model and supposing that each branch is one time unit long, the total chance of changes for this case will be p2(1 − 3p)3. In other words, this represents the total probability of observing the data at this one site. This calculation is performed for all sites to find the total probability of the tree, as well as for all the other possible trees (Ridley, 2004). Therefore, the best phylogenetic tree will be the one with the highest probability of being observed (Ridley, 2004).
Figure 1. A) Suposed tree with only one site and nucleotide. B) Matrix of probability based on the evolution model. Taken from Ridley, 2004.
References
Holder, M. & Lewis, P. O. 2003. Phylogeny Estimation: Traditional and Bayesian Approaches. Nature Reviews Genetics 4(4): 275–284.
Ridley, M. 2004. Evolution. 3 ed, Blackwell Science Ltd.
Sakamoto, T. 2016. Ferramentas para análise filogenética e de distribuição taxonômica de genes ortólogos. Tese de doutorado. Universidade Federal de Minas Gerais, 112 p.
Ensaio 6 - 28-05-2019
Possível tema: 5. Ainda existe espaço para os métodos fenéticos na biologia moderna?
Outline
Introdução: O que é a sistematica fenetica?
Pontos as serem trabalhados: Demonstrar o papel dos métodos fenéticos na biologia; Apresentar artigos atuais que utilizem métodos fenéticos; Prós e contras.
Ensaio 7 - 04-06-2019
Topic sentences
Introduction:
Although forgotten with the advance of phylogenetics, the phenetics is back on the rise.
Phenetic is a method based on…
With the increase of genomic researches, phenetic has been used as an alternative to analyse such massive data.
Discussion:
Until this date, xx papers was published using phenetics methods. (falar quantos nos últimos anos e fazer um gráfico demonstrativo do numero de trabalhos x ano). Discutir em cima deste resultado. Pensar sobre filogenetica x fenetica
Auto-avaliação
Minha expectativa para a disciplina era compreender o básico da biologia molecular. Acredito que esta expectativa foi alcançada. Desde o início do doutorado venho fazendo disciplinas que pudessem me proporcionar este maior entendimento, entretanto sempre terminei com mais duvidas do que quando comecei. Já a disciplina PEMARF me proporcionou um melhor direcionamento. Isso se deve muito ao processo de avaliação adotado e aos ensaios. Para cada um, me dediquei em compreender os conceitos sobre os quais iria discorrer, buscando várias fontes de informação (livros, apostilas, artigos). Além disso, tive sempre a preocupação de fazer com que meu possível leitor entendesse o conteúdo assim como eu entendi. Para isso, busquei exemplos, figuras, esquemas e outros artigos além dos sugeridos no site. Por fim, meu processo de escrita teve uma grande melhora. Me empenhei em tentar escrever seguindo as orientações passadas em aula e de acordo com o livro de Strunk & White. Hoje leio textos que havia escrito antes da disciplina e consigo apontar vários erros. Ainda tenho um grande caminho pela frente, tanto com relação aos métodos moleculares quanto com a escrita científica, mas creio que tive um bom desenvolvimento ao longo da disciplina. Desta forma, me auto-avalio com 1,0.