Bem-vindos!

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Início das aulas: sexta-feira, dia 10 de março às 14 horas na sala de Anatomia do Centro Didático.

Esta é uma disciplina introdutória que visa dar um amplo entendimento dos conceitos envolvidos na reconstrução histórica a partir de dados moleculares. A disciplina é teórica e enfatizará a descoberta e compreensão de temas fundamentais para estudos filogenéticos moleculares. Existe adicionalmente um forte enfoque no desenvolvimento das habilidades: leitura, escrita, apresentação oral e discussão acadêmica. Ao final da disciplina, é esperado que os alunos tenham:

1. produzido numerosos textos curtos de qualidade,
2. realizado pelo menos uma apresentação oral no formato de apresentações em conferências,
3. realizado a leitura e discussão cuidadosa de textos essenciais na área.

A disciplina aborda temas teóricos fundamentais de evolução molecular para sua aplicação em reconstruções históricas. A evolução molecular é disciplina desenvolvida ao longo de décadas e que possui um arcabouço de conceitos e ideias que não são necessariamente bem difundidos entre aqueles que aplicam seus métodos com o objetivo de criar reconstruções filogenéticas, e por consequência classificações e inferências evolutivas. Esta disciplina busca fornecer um fundamento introdutório para estudantes do programa de PG Zoo, e outros programas relacionados.

A disciplina é indicada para estudantes que tenham pouca familiaridade com evolução molecular, porém com conhecimento sobre sistemática filogenética. É indicada também àqueles estudantes cujos projetos não envolvem filogenias moleculares, porém querem ter conhecimento acadêmico sobre o assunto para facilitar a leitura e diálogo com esta disciplina fundamental. A disciplina é teórica e não enfatizará métodos de reconstrução, nem treinará a utilização de softwares específicos.

Organização do curso

O curso está organizado em 14 dias, sendo 12 aulas e 2 avaliações maiores. Este curso segue uma estrutura bastante distinta do que os estudantes estão geralmente acostumados. É imperativo que você leia estes esclarecimentos, pois nem todas as pessoas vão conseguir se adaptar ao formato. Ao final destes esclarecimentos, o estudante deve entender que para obter conceito A na disciplina, recomenda-se a presença em TODAS as aulas. A falta em mais de duas aulas dificultará imensamente a obtenção de conceito A, pois depende de muita dedicação e consistência. Adicionalmente, o formato da disciplina pode não ser adequado para todos. Portanto, cuidado com viagens de campo, conferências etc. A data limite para "des"matricula na disciplina é dia 05 de abril.

O calendário para 2017 segue, atenção pois devido à necessidade de uso de computadores, e conflito com outras disciplinas, a maior parte das aulas ocorrerá na sala 5, com exceção da primeira aula e da aula no dia 28 de abril. Teremos 28 laptops a nossa disposição, no entanto, neste momento temos 32 estudantes. Se vc preferir, pode trazer seu próprio laptop.

Data Aula Local
10 março A1 - Estrutura da Informação Genética Anatomia (CD)
17 março A2 - Replicação e Reparo Sala 5 (CD)
24 março A3 - Teoria Neutra Sala 5 (CD)
31 março A4 - Tamanho Efetivo da População Sala 5 (CD)
07 abril P1 - Avaliação 1 sem aula
28 abril A5 - Discussão da Avaliação Sala Multimídia (CD)
05 maio A6 - Objetivos da Reconstrução Histórica Sala 5 (CD)
12 maio A7 - UPGMA, NJ, Similaridade Sala 5 (CD)
19 maio A8 - Maximum Likelihood e Modelos Sala 5 (CD)
26 maio A9 - Maximum Likelihood e Algoritmos de Cálculo Sala 5 (CD)
02 junho A10 - Árvores e Florestas, Estratégias de Busca Sala 5 (CD)
09 junho A11 - Reconstrução e Interpretação de Estados Ancestrais Sala 5 (CD)
23 junho A12 - Relógio Molecular Sala 5 (CD)
30 junho P2 - Avaliação 2 sem aula

Organização da Aula

Cada aula explora um grande tema de evolução molecular, que é fundamental em sua aplicação na reconstrução histórica. A estrutura de aula enfatiza conhecimento biológico, lógica, leitura, e formalização de raciocínios abstratos na forma de escrita científica. A agenda de cada aula é:

Atividade Tempo
Apresentação Geral do Tema 30 min
Discussão ampla 60 min
Intervalo 15 min
Seminários dos estudantes 30 min
Correção ensaio aula anterior 45 min
Redação ensaio 45 min

Todas aulas se iniciarão com um apresentação ampla, feita pelo docente, sobre os aspectos canônicos do assunto em questão. Seguindo esta apresentação geral, haverá um momento de discussão e leitura. Espera-se que neste momento sejam resolvidas e discutidas as questões centrais baseando-se na literatura recente. Para cada aula, existe um conjunto de artigos para leitura recomendados, e pelo menos um obrigatório, disponíveis na página Literatura. É importante que a leitura seja feita antes da aula. A literatura é inteira e exclusivamente em inglês, não serão oferecidas traduções dos textos.

Ensaios

Um dos objetivos desta disciplina é aproximar o estudante da escrita científica. Portanto, em cada aula, cada estudante deverá ter produzido um pequeno texto (um parágrafo) relativo ao assunto discutido no dia. Este texto não deve abranger todo o assunto discutido, pelo contrário, deve se fixar em apenas um aspecto e apresentar as características de um bom texto científico: ser sucinto, claro e objetivo.

A entrega de cada texto deve ser feita durante a aula, e cada texto entregue tem valor de 0,25 na nota final. Note que a entrega vale 0,25, não a correção. Estes textos serão produzidos e publicados online, dentro do contexto deste site WIKI que será produzido pelos próprios alunos — cada um com sua própria página pessoal.

Os textos serão corrigidos pelos próprios colegas na aula seguinte, desenvolvendo a habilidade de leitura de manuscritos e atitude perante críticas (peer review), essenciais e obrigatórias para a vida acadêmica. Durante o semestre, estas qualidades serão desenvolvidas e testadas nas duas avaliações.

Seminários

Em cada uma das 10 aulas após a primeira (excetuando, portanto, os dois dias de avaliação e o dia de discussão), haverá o espaço para apresentação de seminários. Neste ano, o tema geral dos seminários será "Contribuições da Evolução Molecular à Questões Centrais na Biologia Evolutiva". Como temos cerca de 30 alunos e 10 dias para seminários, grupos de 3 apresentarão os seminários de 15 minutos seguido por 15 minutos de perguntas. Os seminários também tem um valor na nota final. Os tópicos para seminários estão disponíveis na página seminarios.

Avaliações

Serão realizadas duas avaliações. A primeira prova será realizada após 4 aulas, e a segunda no último dia, após as remanescentes aulas. Não serão oferecidas provas de recuperação, nem substitutiva — caso o aluno perder uma das avaliações, a resolução será feita caso-a-caso, desde que exista justificativa comprovada para a ausência (atestado médico, etc).

As duas avaliações consistem de ensaios escritos sobre um tema, seguindo o modelo de concurso público. Na semana anterior, será divulgado em aula e no site uma lista de 5 à 10 pontos baseada nas discussões feitas em sala de aula. No dia da prova, será realizado o sorteio de um ponto. O ponto sorteado será divulgado neste site online à 00 hora da sexta feira. Os estudantes terão então o prazo de 24 horas para entregar o ensaio em Google form a ser disponibilizado neste site, o prazo encerrando às 23:59 da sexta-feira. Expectativas do ensaio:

1. Devem ser escritos de acordo com conceitos sobre escrita científica discutidos em sala.
2. Devem ser entregues preferencialmente em inglês, porém podem também ser entregues em português. Não podem ser entregues em espanhol.
3. Devem conter referências.
4. Devem ter no máximo 1300 palavras.
5. Podem ser utilizados recursos de ilustração, links externos, vídeos, etc.

Composição final da nota

A nota será composta da seguinte maneira, totalizando o valor 10:

1. Cada um dos dez ensaios (E1 - E10) terá valor de 0,25 na nota final, totalizando 2,5.

2. Existe a possibilidade de realizar um ensaio opcional, com valor extra de 0, 25. Este ensaio deverá ser produzido exclusivamente no primeiro dia de aula (10/03), ou no dia da discussão da primeira avaliação (28/04).

3. O seminário (S) terá valor de 1,5.

4. Cada avaliação (A1, A2) terá valor de 2,5 pontos, totalizando 5.

5. Uma auto-avaliação final feita pelo próprio estudante terá valor 1,0.

6. Segundo as regras da PG-USP, a avaliação é dada na forma de conceitos (A, B, C ou R). A transformação das notas seguirá a seguinte fórmula:

Nota Conceito
8,3 - 10.0 A
6,6 - 8,2 B
5,1 - 6,5 C
0,0 - 5,0 R

Exemplos

Aluno 1 - "90% transpiração, 10% inspiração": Entregou todos os textos (2,5 ponto), realizou um bom seminário (1,5 ponto), teve performance na média para a primeira avaliação (1,5 ponto), consegui se desenvolver para a segunda (2,5 ponto), graças ao seu desenvolvimento intelectual e prático, auto-avaliou sua performance em 1 ponto, e entregou o ensaio extra (0,25 pontos). Nota final 9,25, conceito A.

Aluno 2 - "preciso coletar" ou "tenho um workshop de 2 semanas na Austrália": Entregou 8 textos pois precisava fazer campo ou ir pra Austrália (2,0), realizou um bom seminário (1,5), teve performance média na primeira avaliação (1,5), um pouco melhor na segunda pois não teve prática suficiente (2,0), auto-avaliou sua performance em 0,8, conseguiu entregar o ensaio opcional pois sabia que perderia algumas aulas (0,25). Nota final 8,05 (arredondo para cima sempre, logo 8,1), conceito B.

Aluno 3 - "meus experimentos estão um desastre": entregou 7 textos pois precisava ficar no lab overnight na quinta e não conseguiu acordar pra aula as 2 da tarde (1,75), apenas participou do seminário dando a impressão que foram os colegas que realmente trabalharam (1,0), performance média na primeira avaliação (1,5), não conseguiu se desenvolver e tirou a mesma nota na segunda avaliação (1, 5), não conseguiu entregar o ensaio extra (0). Se for honesto, auto-avaliação baixa (0.25), se não, auto-avaliação alta (1,0). Nota final honesto 6 (Conceito C), nota final desonesto 6,75 (Conceito B).

Aluno 4 - "estou com problemas": entrega 5 dos ensaios (1,25), não apresenta seminário (0), mal nas duas provas (1 e 1), não entrega ensaio extra e vai bem no seminário por algum motivo estocástico (1,5). Final 4,75, conceito R.

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