Stefany Archangelo De Angelis

Ensaio 1 (17/03)

É crucial evidenciar o percurso básico dos processos, e os problemas associados, quando falamos de replicação, transcrição e tradução de DNA. Na replicação do DNA, um fragmento do genoma de “X” amostra é recortado e replicado, simplificando, uma cópia deste fragmento será feita. E por ser a primeira etapa do processo que irá traduzir uma proteína, os erros neste percurso não devem ser ignorados, pois uma alteração por origem química ou mecânica pode não ser corretamente excluído ou restaurado pelo mecanismo de reparo, interferindo nos processos seguintes. Entenda que o fim do processo é identificar uma trinca de bases nitrogenadas (denominado de códon) e cada trinca vai ser traduzido numa proteína de essencial importância para qualquer outro mecanismo ou fisiologia subsequente. Se o erro em qualquer das fases persistir na fita, será interpretado como uma mutação, podendo gerar conclusões errôneas dentro da análise molecular.

Revisão por Edgar Gamero (24/03/17):

Achei legal seu texto, porque você conseguiu plasmar de maneira sucinta e clara muita da informação abordada na aula. Agora:
• Ainda quando todos os mecanismos/processos que você abordou estão relacionados, eu não tivera incluído informação sobre a replicação do DNA. Eu tivera incluído informação sobre a transcrição para deixar o paragrafo mais ligado, já que é a primeira etapa da síntese proteica.
• A primeira passagem não ficou muito clara para mim, mas não tenha certeza se seja por meu nível de português. Quando eu li essa passagem, eu fiquei com a sensação de que estava sobrando alguma coisa para ligar de melhor maneira a sentencia.
• Na ultima passagem: “Se o erro em qualquer das fases persistir na fita, será interpretado como uma mutação, podendo gerar conclusões errôneas dentro da análise molecular” Eu acho que seria bom pôr de uma forma explicita como é que a mutação poderia gerar conclusões errôneas. Ainda quando da para entender que seria pelo fato que apareceriam substituições não fixadas na população, talvez não todos os leitores consigam ler entre linhas.
• Conceitualmente eu entendo que a replicação ocorre na molécula inteira de DNA. Inicia em fragmentos específicos (bolhas de replicação), mas eles “crescem” até juntar-se e criar uma copia da molécula de DNA inteira. E também aclarar que cada trinca vai codificar para um aminoácido, e vários aminoácidos vão formar a proteína. Porque lindo o texto pode-se mal interpretar que cada trinca vai ser traduzida numa proteína.
• Finalmente e seguindo as recomendações do professor, seria recomendável fazer algumas das sentencias mais cortas.

Ótimo!

Correção Ensaio 01

É crucial evidenciar o percurso básico dos processos, e os problemas associados, quando falamos de replicação, transcrição e tradução de DNA. Na replicação do DNA, um fragmento do genoma de “X” amostra é recortado e replicado. Simplificando, uma cópia deste fragmento será feita. A tradução é a primeira etapa do processo, e irá traduzir uma proteína. Os erros neste percurso não devem ser ignorados, pois uma alteração por origem química ou mecânica pode não ser corretamente excluído ou restaurado pelo mecanismo de reparo, interferindo nos processos seguintes. Entenda que o fim do processo é identificar uma trinca de bases nitrogenadas (denominado de códon) e cada trinca vai ser traduzido num aminoácido, e o conjunto destes aminoácidos irão formar uma proteína de essencial importância para qualquer outro mecanismo ou fisiologia subsequente. Se o erro em qualquer das fases persistir na fita, será interpretado como uma mutação, podendo gerar conclusões errôneas dentro da análise molecular.

Ensaio 2 (24/03)

O âmbito da análise molecular e filogenia agrega hoje a linha de pesquisa experimental. A Evolução Experimental permite acompanhar os processos com uma metodologia não muito complicada. Os organismos são submetidos a ambientes com estresse químico, limites físicos ou presença de predadores. E todas as alterações morfológicas ou moleculares são acompanhadas como um linha do tempo. O pesquisador vê o que está acontecendo e acompanha o processo. Desta forma é possível estimar parâmetros gênicos e acumulações de mutações, por exemplo. Essas análises de evolução experimental são feitas somente com organismos modelos, com tamanho e gerações definidas, e escalas de tempo.

Revisão por Edgar Gamero (31/03):
Eu achei o texto bastante claro, gostei que você usou sentencias curtas, e também achei legal a ordem na que você colocou suas ideias. Eu só teria cuidado ao falar de “metodologias não muito complexas”, porque é relativo. Gramaticalmente você colocou “um linha” no lugar de “uma linha”. Só como algo extra, eu tivera escrito a razão de porque são usadas tipicamente as espécies modelo, porque o leitor poderia ficar com essa dúvida. Mas, como eu já falei, achei o texto baste conciso e direto.

Ensaio 3 (31/03)

Publico alvo: Para uma colega que começou agora o mestrado.

A abordagem genética populacional vem ganhando espaço e maior frequência em analises de ecologia molecular e de conservação (Poll et al, 2010). Estas análises populacionais ajudam na compreensão de como uma população (hipotética de estudo) consegue se manter e qual seu tamanho efetivo. O tamanho efetivo da população é mensurado por quantos indivíduos de uma população estão efetivamente contribuindo geneticamente para a próxima população. Entretanto é necessário calcular esse tamanho efetivo de forma minuciosa, com metodologia definida em “ Effective populations size and patters of molecular Evolution and variation” de Brian Charlesworth (2009). Numa população ideal, todos indivíduos contribuem igualmente para a formação da próxima geração. Problemas com o equilíbrio entre machos e fêmeas, cruzamento e fluxo podem limitar o tamanho efetivo de sua população, mas esse aspecto será claramente exposto em seu resultado do tamanho da população efetiva.

Referência Bibliográfica:
Charlesworth, B.. (2009) Effective population size and patters of molecular Evolution and variation. Nature Reviews, Genetics. doi:10.1038/nrg2526
Pool, J. E., Hellmann, I., Jensen, D. J., Nielsen, R.. (2010). Population genetic inference from genomic sequence variation. Genome Research. 20(3): 291–300. doi:10.1101/gr.079509.108

Correção por Camila Chabi (05/05)

Primeiramente parabéns pela escrita e minhas sugestões são para melhor seu trabalho:
1-Acredito que com o tema bem descrito, a leitura e o direcionamento do seu texto fica melhor;
2-Evitar escritas tipo: "efetivamente contribuindo geneticamente";
3- De acordo com o que aprendi com o professor, no caso da metodologia que você citou (Brian Charlesworth, 2009). Seria ter colocado que existem cálculos distintos para calcular Ne e colocar a referência no final do paragrafo;

Correção Ensaio 3

TAMANHO EFETIVO DE POPULAÇÃO

A abordagem genética populacional vem ganhando espaço e maior frequência em analises de ecologia molecular e de conservação (Poll et al, 2010). Estas análises populacionais ajudam na compreensão de como uma população (hipotética de estudo) consegue se manter e qual seu tamanho efetivo. O tamanho efetivo da população é mensurado por quantos indivíduos de uma população estão efetivamente contribuindo com a genética da próxima população. Entretanto é necessário calcular esse tamanho efetivo de forma minuciosa, com metodologia definida em “ Effective populations size and patters of molecular Evolution and variation” (Brian Charlesworth, 2009). Numa população ideal, todos indivíduos contribuem igualmente para a formação da próxima geração. Problemas com o equilíbrio entre machos e fêmeas, cruzamento e fluxo podem limitar o tamanho efetivo de sua população, mas esse aspecto será claramente exposto em seu resultado do tamanho da população efetiva.

Referência Bibliográfica:
Charlesworth, B.. (2009) Effective population size and patters of molecular Evolution and variation. Nature Reviews, Genetics. doi:10.1038/nrg2526
Pool, J. E., Hellmann, I., Jensen, D. J., Nielsen, R.. (2010). Population genetic inference from genomic sequence variation. Genome Research. 20(3): 291–300. doi:10.1101/gr.079509.108

Ensaio Opcional (28/04)

Correção e melhoramento de texto 1

** Texto está realmente bem melhor, mas ainda apresenta problemas de "ligação" **

A Teoria neutra foi proposta por Motoo Kimura em 1968 (posteriormente revisada em 1991) e abordada por King J. e T. Jukes em 1969. A Teoria Neutra evidencia que modelos matemáticos explicam eventos estocásticos da mutação nucleotídica e taxas de substituições. Nesta teoria é evidenciado que a probabilidade de um cenário de mutação por deriva genética é bem mais provável, do que um cenário por seleção natural (Kimura, 1968). As fórmulas matemáticas descritas por Kimura mostram que para uma mutação neutra, a carga substituída (substituições de bases nitrogenadas) pode ser baixa e sem limites para a taxa de substituição para genes na evolução. E a probabilidade desse novo gene ser fixado na população é igual à sua frequencia de mutação inicial, não levando em conta a hipótese desse novo gene ser recessivo ou prejudicial à população.

Em grandes populações no ambiente marinho, é possivel se deparar com um contraste dessas definições. Isso acontece porque em populações as mutações levemente deletérias serão eliminadas por seleção natural. O que acontece é que a taxa global de evolução molecular podem aumentar em populações menores, comparado à grandes populações (Palumbi, 1994). Certos locus gênicos podem indicar alguns processos relacionados à especiação, mesmo se o restante do genoma permanecer vulnerável ao fluxo gênico (Lessios, 2011). Há três critérios que definem um locus que indicam este evento de especiação, que basicamente abordam aspectos de isolamento reprodutivo e a divergência procedente da especiação e de como essa divergência interfere à outros genes (Lessios, 2011; Nosil e Schluter, 2011).

Outros autores propuseram dois mecanismos que possam explicar uma correlação entre as taxas moleculares e a evolução morfológica. Primeiro, uma taxa de substituição maior que pode elevar a frequência do fenótipo de mutações, influenciando o ritmo das mutações. Segundo, uma variável independente, como o tamanho da população, que pode influenciar nas taxas genotípicas e fenotípicas. Por exemplo, se a linhagem com processos rápidos de especiação forem caracterizadas numa população pequena, é possivel esperar uma aceleração nas taxas de fixação dos alelos com fraco efeito seletivo. Isso significa que dentro de uma população, todos os indivíduos fixaram um mesmo alelo num locus específico. Entretanto, o aumento desta taxa de fixação de alelos quase neutros pode levar a incompatibilidade híbrida , propulcionando um processo de divergência de linhagem (Davies & Savolainen, 2006).

Palumbi (1994) propõe que dificilmente modelos evolutivos baseados em pequenas populações irão explicar eventos de especiação no ambiente marinho com organismos que apresentam alto potencial de dispersão em longa distância. Entretando, é possivel perceber que certos parâmetros e teorias são aplicáveis em qualquer ambiente. O que talvez possa alterar levemente esse modelo é o tamanho da população, onde as taxas de substituições e fixação dos alelos podem apresentar um processo de especiação.

REFERÊNCIA BIBLIOGRÁFICA:
Davies, T. J., Savolainen, V.. 2006. Neutral Theory, Phylogenies, An The Relationship Between Phenotypic Change and Evolucionary Rates. The Society for the Study of Evolution, , 60(3), 2006, pp. 476–483.
Lessios, H. A.. 2011. Speciation Genes in Free-Spawning Marine Invertebrates. Integrative and Comparative Biology, volume 51, number 3, pp. 456–465. doi:10.1093/icb/icr039.
Palumbi, S. R..1991. Genetic divergence, reproductive isolation, and marine speciation. Annu. Rev. Ecol. Syst.. 25:547-72.
Kimura, M.. 1968. Evolutionary Rate At The Molecular Level. Nature, vol. 217, February 17.

Ensaio 4 (05/05)

Público Alvo: Estudantes de Graduação

Uma árvore filogenética apresenta um método ou ferramenta de organização dentro de um grupo de animais ou de vários grupos. Esse esquema dispõe de uma organização dentro de uma reconstrução histórica filogenética, propondo uma classificação para o grupo envolvido. O desenvolvimento desta árvore pode partir desde a programação do software para desenhar a árvore, ou da análise de dados utilizando o método já anteriormente proposto, para então construir a história dos grupos. Uma árvore filogenética representa uma relação de inferência evolutiva entre os grupos envolvidos (Baum & Offner, 2008). Mas a compreensão desta árvore e cenário de classificação, torna-se essencial para o questionamento da informação. E não somente aceitar o esquema proposto. E para essa compreensão da árvore, termos como Carácter (traços que variam); Monofilético ( grupo que por completo possui todos descendentes um mesmo ancestral comum); Parafilético (Grupo não monofilético, que inclui grupos descendentes, mas não todos eles ); Polifilético ( grupo que possui descendentes de diferentes ancestrais) (Baum & Offner, 2008) são importantes para começar a interpretar as informações dentro de uma árvore.

Correção Ángela Márquez (12/05):
Olá Stefany! Segundo as sugestões feitas pelo professor, deixo aqui os meus comentários
1. Em geral o texto está bem estruturado, não vejo frases cortadas por pontos e existe uma fluidez na leitura.
2. Acho que seria bom concluir seu texto com uma frase que derive da ideia central da segunda parte do texto, “Mas a compreensão desta árvore e cenário de classificação…”;
3. Acho que esta é uma ideia só, poderia melhorar sua estrutura ou colocar coma, “Mas a compreensão desta árvore e cenário de classificação, torna-se essencial para o questionamento da informação [acho uma ideia completa aqui, iria coma] E não somente aceitar o esquema proposto".

Correção do Ensaio 4

Uma árvore filogenética apresenta um método ou ferramenta de organização dentro de um grupo de animais ou de vários grupos. Esse esquema dispõe de uma organização dentro de uma reconstrução histórica filogenética, propondo uma classificação para o grupo envolvido. O desenvolvimento desta árvore pode partir desde a programação do software para desenhar a árvore, ou da análise de dados utilizando o método já anteriormente proposto, para então construir a história dos grupos. Uma árvore filogenética representa uma relação de inferência evolutiva entre os grupos envolvidos (Baum & Offner, 2008). Mas a compreensão desta árvore e cenário de classificação torna-se essencial para o questionamento da informação, e não somente aceitar o esquema proposto. E para essa compreensão da árvore, termos como Carácter (traços que variam); Monofilético ( grupo que por completo possui todos descendentes um mesmo ancestral comum); Parafilético (Grupo não monofilético, que inclui grupos descendentes, mas não todos eles ); Polifilético ( grupo que possui descendentes de diferentes ancestrais) (Baum & Offner, 2008) são importantes para começar a interpretar as informações dentro de uma árvore. Finalizar Texto

Ensaio 5 (12/05)

Publico Alvo: Familiares

Tema: Qual a vantagem da reprodução sexuada?

Em uma reprodução assexuada uma cópia do gene é transferida para a próxima geração, já em uma reprodução sexuada metade do gene contribui para a próxima geração. Então qual a vantagem da reprodução sexuada? Uma reprodução sexuada permite uma recombinação genética . Com isto um haplótipo mais vantajoso tem mais chance de surgir. Mutações benéficas podem ocorrer de modo mais rápido por meio desta recombinação dos genes na reprodução sexuada, do que na reprodução assexuada. Uma vez que essa ultima passa uma cópia do gene para os descendentes. Outra vantagem é que da mesma forma que mutações benéficas tem maior chance de ocorrer, as mutações deletérias são eliminadas.

Comentários (Caio Gueratto):

Temática do texto OK. Bom trabalho. Porém, seguem algumas sugestões:

Achei a primeira frase, que é a frase-tema do parágrafo, muito longa e confusa. Poderia ter sido quebrada em 2 frases e tirando os artigos indefinidos. Meu exemplo particular: Na reprodução assexuada uma cópia doS geneS é transferida para a próxima geração. Já na reprodução sexuada, metade doS geneS contribui para a próxima geração. (Com o artigo definido, em minha opinião, a ideia torna-se generalizada a toda reprodução sexuada/assexuada)

Vírgulas empregadas de forma incorreta e falta de vírgulas em alguns casos. Isso torna o texto um pouco confuso. Exemplos:
"Então qual a vantagem da reprodução sexuada?" (Então, qual a vantagem…)
"Mutações benéficas podem ocorrer de modo mais rápido por meio desta recombinação dos genes na reprodução sexuada, do que na reprodução assexuada. Uma vez que essa ultima passa uma cópia do gene para os descendentes" (Sem necessidade da primeira vírgula. Ponto final separando frases que não deveriam ser separadas).
"Outra vantagem é que da mesma forma que mutações benéficas tem maior chance de ocorrer, as mutações deletérias são eliminadas." (Outra vantagem é que, da mesma…)

Acredito que, se essas correções fossem feitas, o texto seria mais fluido e claro. :)

Correção Ensaio 5

Em uma reprodução assexuada uma cópia dos genes é transferida para a próxima geração. Já em uma reprodução sexuada metade dos genes contribui para a próxima geração. Então qual a vantagem da reprodução sexuada? Uma reprodução sexuada permite uma recombinação genética . Com isto um haplótipo mais vantajoso tem mais chance de surgir. Mutações benéficas podem ocorrer de modo mais rápido por meio desta recombinação dos genes na reprodução sexuada do que na reprodução assexuada, uma vez que essa ultima passa uma cópia do gene para os descendentes. Outra vantagem é que da mesma forma que mutações benéficas tem maior chance de ocorrer, as mutações deletérias são eliminadas.

Ensaio 6 (26/05)

Publico alvo: Familiares

Tema:Seleção Sexual

A existência da copula implica em encontrar um bom parceiro, que traga vantagens reprodutivas. A seleção sexual tem sua origem na competição entre indivíduos da mesma espécie e do sexo escolhido. A seleção sexual é composta por 2 fatores: competição entre machos (que envolve o macho visualmente mais forte, brigas territoriais, líderes) e a escolha pela fêmea (fêmea mais vistosa, mais forte). Este processo acontece em grupos monogâmicos e poligâmicos. O sucesso reprodutivo e a sobrevivência devem estar em equilíbrio. Pois um macho muito vistoso pode atrair predadores e sua estratégia reprodutiva não irá manter sua sobrevivência. Num estudo de caso que avalia o espermatozoide em peixes (Fitzpatrick et al, 2009), foi possível esclarecer que a competição entre machos influenciou evolutivamente alterações no tamanho e mobilidade do espermatozoide. Quanto maior a competição entre machos, maior era o tamanho do espermatozoide e mais rápida era sua natação.

Comentarios Edgar:

Sentenças em geral curtas, legal! Aqui minhas sugestões:

  • Está faltando a referência bibliográfica da cita que você usou (Fitzpatrick et al, 2009).
  • Eu teria colocado citas para suportar as ideias que você colocou no texto.
  • Eu não tenho domínio do português assim que desculpas se eu estiver errado. Mas, eu tiraria algumas palavras para ter um texto menos cumprido (p. ex. A existência da copula implica encontrar um bom parceiro…; …reprodutiva não manterá sua sobrevivência…).
  • Também tiraria alguma vírgula (…um bom parceiro, que traga vantagens reprodutivas…)
  • Eu acho que está faltando uma última frase para fechar o paragrafo.

Bom trabalho!

Ensaio 7 (02/06)

Publico alvo: Alunos de Ensino Básico (linguagem de fácil entendimento)
Tema: Diversidade da vida

Há uma enorme variedade de indivíduos no mundo, incluindo seres terrestres e marinhos com diferentes abundancias, e para isso damos o nome de Biodiversidade. As primeiras classificações e descrições foram feitas por Aristóteles, onde ele pode mencionar a diversidade macroscópica, ou seja, a diversidade que conseguimos ver a olho nu. Ele conseguiu distinguir diferentes tipos de animais, incluindo-os em grupos como os mamíferos, por exemplo. No decorrer da história, pesquisadores e historiadores incluíram um grupo muito importante que não podia ficar de fora do que reconhecemos como Biodiversidade: os seres Microscópicos. Ao perceber a quantidade de grupos e seres tão distintos, houve a necessidade classifica-los de uma maneira melhor, o que chamamos de Reino. Entretanto essa diversidade de grupos ainda causa muitos questionamentos sobre essa classificação atual. Um recente estudo estimou o numero de espécies conhecidas no mundo, já que anteriormente este numero parecia muito vago e inimaginável. Através de pesquisas em diversos bancos de dados e colaborações de diversos especialistas, chegaram ao número de 8 750 milhões de espécies, onde 2 210 milhões são espécies marinhas. Entretanto, muitas espécies podem chegar a extinção antes mesmo de classificarmos todas elas. Haja visto que pouco conhecemos vários ambientes pouco explorados na Terra.

Ensaio 8 (09/06)

Tema: O inicio das pesquisas em Molecular clocks

Molecular clocks (relógio molecular) define que a evolução molecular ocorre em uma taxa uniforme de divergência ao longo do tempo, onde há uma similaridade entre espécies morfologicamente diversas. Essa hipótese foi apresentada em 1960, após alguns anos do conteúdo genético ser definido como material hereditário. Porém o uso da hipótese nas pesquisas se iniciou em 1962. Os estudos iniciais dataram as origens em diferentes globinas (proteína globular) num grupo de espécies, onde os resultados indicaram uma uniformidade nas taxas de divergência acumuladas no grupo de espécies estudado, supondo que a evolução ocorreu exatamente na mesma velocidade em todos organismos, incluindo ingroup (grupo interno) e outgroup (grupo externo). Essa comparação de taxa evolutiva entre ingroup e outgroup é chamada de abordagem relativa. Entretanto a hipotese que o relógio molecular corre a mesma velocidade em diferentes grupos de espécie foi questionado com a posição de que a evolução é muito complexa e variável para a dependência do tempo ser uma função simples (Mayr, 1965). Apesar dos questionamentos, as pesquisas com abordagem relativa pode explicar os aspectos estatísticos da relação dentro da distância evolutiva e tempo geológico.

Referência unica: Kumar, S. 2005. Molecular clocks: four decades of evolution. Nature Reviews, genetics, vol.6.

Comentarios Domingo:
Gostei do texto. A ideia é bem transmitida. Somente fazo umas poucas sugestões.

· O texto deberia ser referenciado. Cada frase tem uma autoria original.
· A referência unica não aparece no texto, e se toda a informação sai da referencia unica, deberia aparecer no final do texto como (Kumar, 2005).
· Tem mais uma referência no texto, (Mayr, 1965) que esqueceu incluir nas referências.
· A frase topico poderia ser mais geral, já que o texto trata em grande parte sobre os estudos historicos que levam a á compreensão dos relogios moleculares.
· Ultima sugestão, e acho a mais importante, tente escriver um ensaio em inglés ou traducir algum dos seus textos ao inglés. A ciencia é feita quase toda em lingua inglesa para chegar ao maximo de publico internacional. Aprender a usar o inglés para transimitir ideias cientificas abre muitas portas a colaborações e demais.

E muito obrigado pela sua correição!!

Ensaio 9 (23/09): Auto-avaliação

A disciplina foi extremamente importante para eu ligar alguns pontos dentro da pesquisa em biologia molecular. Quando entrei no mestrado iniciei sem saber muito coisa, mas precisei correr atrás de informações para dar andamento no meu projeto. No inicio tive que aprender tudo ao tropeços, mas isso foi bom para aperfeiçoamento pessoal e profissional. Confesso que na disciplina achei que o conteúdo seria passado do "beabá". Mas isso não quer dizer que foi ruim. Pois novamente me desafiei em leituras e conversas que pudessem encaixar algum pontos no meu próprio projeto e dentro de outros assuntos na biologia molecular. Me dediquei dentro da disciplina e também me preocupei em identificar meus erros a partir dos comentários dos colegas, em algumas vezes até corrigindo o texto original. E o mais importante, vi o resultado da prática em escrever e em ler com frequência.

Nota de auto-avaliação: 1

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