Tamires Andrade

Ensaio Opcional. 12 de março de 2019

Publicado em 1970 por Francis Crick, o dogma central da biologia molecular é ainda hoje um dos principais tópicos em estudos biológicos. No campo da sistemática e taxonomia, através de análises moleculares é possível corroborar ou refutar estudos já realizados utilizando somente caracteres morfológicos, responder a hipóteses de parentesco entre grupos, estudar padrões biogeográficos, entre outros. Este tipo de análise é fundamental, por exemplo, quando lidamos com táxons recém divergidos, onde ainda não é possível verificar mudanças fenotípicas. A aplicabilidade de análises moleculares é também essencial na delimitação de espécies onde há conflitos entre pesquisadores quanto a caracteres morfológicos. A vantagem de uma abordagem molecular para estes estudos é a amplitude de caracteres que podem ser analisados. A biologia molecular é um campo fértil e têm crescido consideravelmente ao longo dos anos. O conhecimento da estrutura molecular básica de todos os organismos possibilitou o entendimento de como ocorre a evolução e é hoje uma das principais fontes de informação sobre relações filogenéticas.

Correção do Ensaio Opcional 12 de março de 2019 (19 de março de 2019)

• CORREÇÃO FEITA POR JÉSSICA

O conhecimento sobre o código genético universal e o paradigma central da biologia molecular fornece bases para investigações evolutivas e filogenéticas. No campo da sistemática e taxonomia, a aplicação de análises filogenéticas moleculares permite reconstruir hipóteses de parentesco de táxons até então reconhecidos apenas por dados morfológicos. Este tipo de análise é fundamental para precisa delimitação de táxons, especialmente em casos onde um ou mais caracteres morfológicos não são informativos ou estão em conflito.

Olá Tamires, realmente é um desafio trabalhar com tantos temas em apenas um parágrafo. Como estratégia, busquei identificar as informações chaves de cada sentença. Notei que a ordem de algumas frases não faz muito sentido, outras estão soltas e que algumas ideias estão misturadas (ex. sistemática não estuda biogeografia). Por isso, tentei diminuir o texto e excluir certas partes. O texto ainda precisa de uma conclusão.

Comentários adicionais:

1. Evite mencionar nome de pesquisador e data do artigo quando o foco do texto não é esse;
2. Na frase “Este tipo de análise é fundamental, por exemplo, quando lidamos com táxons recém divergidos, onde ainda não é possível verificar mudanças fenotípicas.” O que você quis dizer como “fundamental”? Se for para delimitação de espécies fica meio estranho…;
3. O texto pode seguir diferentes caminhos escolhi aquele que parece ser seu objetivo principal.

Ensaio 2. 26 de março de 2019

Segundo Kimura (1968), a maioria dos polimorfismos são resultado da fixação de variantes seletivamente neutras por deriva gênica, ou seja, essa variação é determinada por processos aleatórios que ocorrem nas populações. Isto significa que, apesar de algumas mutações serem deletérias ou vantajosas e fixadas pela seleção natural, a maioria que é fixada, é efetivamente neutra com relação ao valor adaptativo. No entanto, a teoria neutralista não rejeita a ação de seleção natural em algumas variações, e sim, afirma que a maioria da variação molecular tem baixo valor adaptativo.

Bibliografia:
Motoo Kimura (1968) Evolutionary rate at the molecular level. Nature, 217:624-26.
Futuyma D.J. (2009) Biologia Evolutiva, 3ª edição, FUNPEC-Editora, Ribeirão Preto.

Recomendações Ensaio 2. 26 de março de 2019

- Kleber Mathubara

- As frases estão claras e as ideias bem diretas, entretanto achei que a ordem das ideias não estão postas da melhor forma. Talvez dizer que a teoria neutra não rejeita a variação pode seleção natural seja a ideia principal, e o processo evolutivo o argumento que dá embasamento para esta afirmação, e assim a citação iria ao final do paragrafo.
- Existe uma citação bibliográfica que não foi utilizada. Então não deveria ser incluída.

Ensaio 3. 30 de abril de 2019

A árvore da vida é o testemunho e um dos principais princípios organizativos da biologia, sendo a representação da diversificação dos organismos (Woese et al. 1990; Ballen & Greeene, 2017). Desde o tempo de Aristóteles, os sistematas vêm tentando classificar os organismos, e a partir de Charles Darwin, descobrir as relações evolutivas entre eles. As primeiras abordagens descritivas da árvore da vida distinguiam os seres vivos com base em suas características físicas. Nos últimos anos, dados moleculares tornaram-se muito importantes para a inferência de filogenias, ampliando drasticamente a diversidade que pode ser incluída na árvore (Hug et al. 2016). A árvore da vida é a base para estudos biológicos. Muitos esforços têm sido realizados para estruturá-la com a maior precisão possível, ajudados pela diminuição dos custos de sequenciamento e melhores métodos para reconstruir e combinar filogenias. Um destes esforços é a plataforma Lifemap, que permite a exploração de uma representação completa da árvore da vida (de Vienne, 2016). Este tipo de ferramenta permite a difusão do conhecimento atual das relações evolutivas entre os organismos, extrapolando o campo de biólogos evolutivos.

Bibliografia:
- Ballen, C.J.; Greene, H.W. 2017. Walking and talking the tree of life: Why and how to teach about biodiversity. PLoS Biology, San Francisco, 15(3), e2001630
- Hug, L. A. et al. 2016. A new view of the tree of life. Nat. Microbiol. 1, 16048
- de Vienne, D. M. 2016. Lifemap: Exploring the Entire Tree of Life. PLoS Biology, 14(12); e2001624
- Woese, C. R., Kandler, O. & Wheelis, M. L. 1990. Towards a natural system of organisms: proposal of domains Archaea, Bacteria and Eucarya. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 87, 4576-4579

Comentários por Carolina Garcia (07/05)

O texto está muito bem escrito, claro e objetivo. A Tamires conseguiu abordar tanto o aspecto histórico quanto conceitual acerca das classificações filogenéticas.
Retiraria da primeira frase a seguinte parte "o testemunho e um dos principais princípios organizativos da biologia", deixando a frase mais direcionada, "a árvore da vida é a representação da diversificação dos organismos (Woese et al. 1990; Ballen & Greeene, 2017).

Ensaio 4. 14 de maio de 2019

Acredito que as dificuldades encontradas pelos colegas aos quais fiz a correção dos ensaios, sejam as mesmas que as minhas: conseguir expor suas ideias de maneira sucinta. O hábito de apresentar as informações de maneira mais detalhada possível, acaba tornando o texto extenso e cansativo. Ser objetivo, claro e não utilizar vícios de linguagem, como a voz passiva, são hábitos difíceis de serem superados principalmente quando escrevemos em outro idioma.

Ensaio 5. 21 de maio de 2019

Árvores filogenéticas são diagramas que representam as relações evolutivas entre os organismos. Existem vários métodos para a inferência destes diagramas, mas nenhum garante que a inferência empregada represente de fato, a verdadeira filogenia. Um método amplamente aplicado é a Parcimônia, que tem por objetivo procurar a árvore que apresente o mínimo de mudanças evolutivas. Isto significa que, quando os diagramas fornecem hipóteses igualmente válidas, o mais simples deve ser preferido. Existem dois problemas na busca por árvores sob o critério da Parcimônia: (1) Determinar a quantidade de mudanças de caráter, ou o tamanho da árvore e (2) procurar entre todas as árvores possíveis as que minimizem este tamanho. Devido ao tamanho do espaço de busca de árvores possíveis, torna-se um problema encontrar a que melhor otimize um determinado critério (Swofford & Sullivan, 2009).

Swofford, D. L. & Sullivan, J. 2009. Phylogeny inference based on parsimony and other methods using PAUP*, theory; pp. 267-288. In Lemey, P.; Salemi, M. & Vandamme, A. -M. eds. The Phylogenetic handbook, a practical approach to phylogenetic analysis and hypothesis testing. 2nd ed. 2009. Cambridge Univ. Press, Cambridge, England.

Ensaio 6. 28 de maio de 2019

Relógio Molecular: Teoria e Prática

- Introdução a teoria do relógio molecular
- Calibração do Relógio
- Uso do relógio para determinar o tempo de divergência entre linhagens (Vantagens e Desvantagens)
- Exemplo do uso do Relógio
- Conclusão

Ensaio 7. 4 de junho de 2019

• Introdução a teoria do relógio molecular

A ideia de que as substituições alélicas ocorrem em intervalos mais ou menos regulares de tempo esteve presente desde o surgimento dos primeiros modelos criados para explicar a evolução molecular. Comparando a quantidade de substituições de nucleotídeos em algumas proteínas e o tempo de divergência de algumas espécies, percebe-se que, no exame de táxons cada vez mais distantes, o número de substituições quase constante. A partir dessas observações, algumas proteínas passaram a ser uma espécie de "cronômetro" para estimar-se o tempo de divergência entre táxons.

Auto Avaliação: 1

A disciplina cumpriu com o proposta em sua ementa. Como aluna iniciante na Pós-Graduação, precisava saber os princípios de evolução molecular, principais conceitos, etc. No entanto, as aulas em que assuntos como Likelihood e am algumas momentos em que Análise Bayesiana foram abordados, ficaram um pouco abstratas para mim, como iniciante. Acredito que os slides em que os tópicos sejam somente siglas de programas exemplo, dificultam o entendimento e estudo posterior. A construção de parágrafos a cada aula foi muito importante para que eu pudesse desenvolver minha escrita. A conversa com o professor após a primeira avaliação foi fundamental para que eu pudesse entender quais os pontos que tenho mais dificuldade e o que preciso melhorar em minha escrita.

• Calibração do Relógio

• Uso do relógio para determinar o tempo de divergência entre linhagens

• Exemplo do uso do relógio

Moreau CS. 2009. Inferring ant evolution in the age of molecular data (Hymenoptera: Formicidae). Myrmecol. News 12:201–10