Kleber Mathubara

12 março A1 - Estrutura da Informação Genética

Taxonomia e o dogma central

A prática taxonômica tradicionalmente baseada em caracteres morfológicos sempre foi a forma mais clara de se classificar a diversidade de biológica, mas possuí particularidades inerentes à ela, assim como: a demanda de uma grande expertise dos taxonomistas, consequentemente longo período de formação destes profissionais, subjetividade dos caracteres levantados, a variação morfológica nem sempre é discreta o suficiente para porque sejam reconhecidas entidades distintas, por exemplo de espécies cripticas. O estabelecimento do dogma central mudou o paradigma da taxonomia, buscando no material genético a identidade específica dos organismos em um nível de informação central para a existencia da vida e universal e sem ambiguidades dos caracteres entre todos os seres vivos. A taxonomia baseada em dados moleculares também tem suas peculiaridades, assim como, compreender a influência das alterações em cada códon é fundamental para a compreensão da relevância de uma mudança das mudanças de bases entre os táxons para a evolução e diversificação dos organismos em estudo. Em suma, o volume de dados e a objetividade dos dados moleculares são fundamentais para a compreensão biológica, entretanto, devem ser associadas e interpretadas com a morfologia.

Sugestão de texto para "Taxonomia e o dogma central"

Revisado por Cláudia

A prática taxonômica baseada em caracteres morfológicos, foi a primeira metodologia para classificar a diversidade biológica dos organismos. Com os avanços nos campos da genética e análises moleculares, foi proposto o modelo da molécula de DNA e estabeleceu-se um dogma central, mudando o paradigma da taxonomia. O Dogma Central, contempla os mecanismos da hereditariedade, buscando no material genético a identidade específica dos organismos. A taxonomia, recentemente aliada a estas áreas, analisa a influência das alterações no código genético para a compreensão da relevância de uma mudança de bases entre os táxons para diversificação dos organismos, evolução e reconstrução filogenética.

26 de março A2 - Teoria Neutra da evolução molecular

Teoria Neutra

A substituição de bases nitrogenadas ocorrem aleatoriamente no genoma e podem resultar na troca do aminácido. Quando a substituição não resulta na troca de um aminoácido a substituição é denominada sinônima. Quando resulta na troca de um aminoácido ela é denominada não-sinônima. Através de análises da taxa de substituições sinônimas e não-sinônimas é possível determinar se o gene está sob efeito de seleção ou de deriva genética. Segundo King & Jukes (1969), se a razão entre taxa de substituições não-sinônimas (dn) e substituição sinônimas (ds) tende a 1, podemos interpretar que estas substituições não estão sob efeito de seleção, mas de deriva genética. Se esta razão tende a 0, o gene pode estar sob efeito de algum processo de seleção.

Correção 02 de abril de 2019.

Feita por Tamires Andrade

Comentários:
- Atenção na coerência de plural/singular. Por exemplo: "A substituição de bases nitrogenadas ocorrem aleatoriamente no genoma e podem resultar na troca do aminácido", o que OCORRE e PODE resultar em algo é a substituição, que está no singular.
-Falta a Bibliografia
-Acho que você poderia retirar os significados de substituição sinônima e não-sinônima, deixando o parágrafo mais sucinto. Assim: "Através de análises da taxa de substituições é possível determinar se o gene está sob efeito de seleção ou de deriva genética."
- Na última parte do parágrafo, essa questão de explicitar substituições sinônimas e não sinônimas também pode ser retirada. (Acrescentei este comentário dia 3/4, quarta-feira, somando ao que discutimos em sala no terceiro comentário).

30 de abril de 2019

Three thinking

A interpretação de árvores filogenéticas é fundamental para a compreensão de relacionamento entre os sistemas biológicos em estudo. Além disso, com base nestes diagramas é possível dizer sobre séries de transformações de caracteres, traçar agrupamentos taxonômicos (Baum & Offner, 2008). Entretanto, como demonstrado por Baum et al (2017), boa parte dos entrevistados não sabiam interpretar um cladograma.

07 de maio de 2019

UPGMA

A UPGMA é um método que se basea em um método aritmético de calcular a distância, ou ainda as diferenças entre os OTU's. A partir deste cálculo é obtido um índice de distância entre OTU's o qual é utilizado para confeccionar uma matriz. Esses índices são a base para montar fenogramas que demonstram quais OTU's possuem menor diferenças entre si e o quanto é esta diferença (Portella).

13 de maio de 2019

escrita científica

De modo geral a escrita dos alunos é feita de frases muito longas, ideias que não são concluídas. Com isso, os parágrafos não têm uma estrutura, com apresentação de ideia e conclusão desta ideia. É forma comum de apresentação dos textos. E um defeito muito comum em minha escrita é a ansiedade de concluir e entregar o texto. Logo meus textos ficam muito confusos e com ideias incompletas.

21 de maio de 2019

Aula - Busca eurística de árvores

Sequências moleculares são precisas fontes de caracteres comparáveis entre taxa para recontruções filogenéticas, uma vez que temos apenas 4 estados de carater para cada posição. Entretanto, a capacidade de gerar muitos dados por táxon e de se comparar muitos taxa ao mesmo tempo pode gerar diversas possibilidades de relacionamento entre os taxa, que aumentam de forma exponêncial com o aumento de caracteres (Felsenstein, 1968).

A procura de buscas de árvores com menos passos por meio do uso de métodos estatísticos que incluam na busca de árvores parâmetros, como taxa de evolução das sequências, por exemplo. Enquanto a parcimônia leva em consideração apenas a transformação de caracteres para agrupar taxa, independente da taxa de evolução de cada nucleotídeo e posição na sequência, Maximum Likelihood é um método que estima estatisticamente uma árvore filogenética quando os dados (D) são submetidos a um modelo (M) (Felsenstein, 1968).

Esses dois métodos são apenas dois métodos de obtenção de árvores, mas são filosóficamente distintos, não há certo ou errado, apenas uma questão do que será levado em conta na análise. Se serão apenas a natureza dos dados ou se diante de um modelo evolutivo o que se pode estimar das relações daqueles taxa.

+28 de maio de 2019

O que são modelos evolutivos?

Porque utilizamos modelos?

Como escolher um modelo?

Existe algum modelo correto?

Ref:

https://link.springer.com/content/pdf/10.1007/0-387-27733-1.pdf
https://academic.oup.com/mbe/article/25/7/1253/1045159
https://github.com/ddarriba/jmodeltest2

imagens:
https://www.kuleuven.be/aidslab/phylogenybook/firstEdition/Chapter10.pdf
https://www.webpages.uidaho.edu/~jacks/Sullivan&Joyce2005.pdf

11 junho de 2019

Auto avaliação

Minha auto avaliação: 1,0

Acredito que pude aproveitar muito bem diversos aspéctos dos conhecimentos abordados, além de transpor estes conhecimentos de forma prática para o desenvolvimento de meu projeto. Desenvolvi um senso crítico muito mais amplo principalmente para a metodologia aplicada em recontruções filogenéticas. Toda esta base teórica foi de extrema importância para todo esta mudança na forma de enxergar a evolução molecular e de reconstrução filogenética.